澳门总督举办欢迎宴会期间有人询问明军实力及对此战预测结果。对此，英国商馆馆主回应道“若无西洋海军助战，大明必胜”。消息辗转传到清军的耳里，亲眼目睹了琼海一战的马光深以为然，但大军行止已然钦定，他根本无权更改，不得已，多生了一个心眼的马光在集结的过程中动了手脚，以至于开战之日，粤省水师足足比闽省水师晚出发了一个半时辰。
五月十日上午，浙江，福建，广东地的三省清军水师同时祭旗出战。一个半时辰后，海坛方面的浙省水师率先点齐二百六十艘战船及二万三千名水陆官兵驶出海坛海峡直奔台湾本岛；又过了半个时辰，在金门外海集合完毕的三百四十艘闽省战船及三万二千水陆绿营也开始杀向澎湖方向而去；只有患得患失的马光还在慢悠悠的集合手下二百八十条战船
“该死的蝇蛆。”坐在最先的战船上，闽省水师闽安协副将宋帆冲着目光中时隐时现的明军快船放声咒骂着，要知道这两天敌军快船仿佛如附骨之蛆自金门外海开始便轮流跟着清军的船团，时不时还消失一条，由此可见清军的动向已经全部被掌握了。“有胆子就放马来跟你爷爷做一场。”宋帆的话音未落，一队高耸的桅杆突然跃入了他的眼帘。“该死，好的不应，坏的应。”宋帆再度咒骂着，同时命令道。“通报军门，敌军来了。”
清军由西向东原本是不顺风的，不过清军的硬帆船可以受八面之风，因此风向对他们的影响不大。而为了抢占丁字阵头，从东往西截击的海军却是自西南方向而来，完全是顶风状态，因此吃亏较大。
也许是看出了面前的海军处在不利的风向上，清军先头船约二十余艘下意识的做出了抢风迎战的举动，然而还没有等清军先头部队与走之字形的六艘海军炮船接近，从上风方向突然杀出新的一队海军炮船。
在强劲的北风作用下，快似烈马的巡洋舰以令人瞠目结舌的速度追上刚刚转向完毕的清军先头船队，兜着清军战船的屁股就是一阵排炮。清军先头舰队措手不及，刚刚想有所反击，却又遭到最初六艘炮船的夹击。面临着如雨一般宣泄的炮弹，完全以跳帮战为设计思路的清军战船根本无法抵御，很快便纷纷起火，等到追上来的清军主力船团靠近的时候，最初的二十余艘船中尚且能动弹的不足半数。
南下疾行的海军炮船已经不可追了，但还在之字形行进的北上炮船却成了清军
眼中的最好猎物，一众清军将领极力恳请施琅同意对其实施追击，但施琅却直觉认为敌军的行动有诈，可他还没有说出个子丑寅卯，另一队海军战船又从东北方向杀向清军的后卫。
“该死！”施琅立刻明白过来。“敌军所用乃骑战之术，不断以小队切削我军，譬如石榴剥子一层又一层，又譬如旋刀刮削一圈又一圈，如此周而复始，不断削减水师的人、船。”但明白过来又怎么样，茫茫大海，除非能缠住对方，否则来去如风的对手完全可以用骑兵对付步兵的办法慢慢吞掉整个水师。“传令各船以本官帅舰布圆阵，炮口对外，跟伪逆对射。”已经离开金厦半天水程的施琅原本也可以下令向金厦突围的，但考虑到出兵即告失败的后果，再考虑到粤省水师即将到来等因素，无法壮士断腕的他终于选择了一条不归路。“固阵自守，最忌自乱阵脚，予伪逆可乘之机。”
可是结成圆阵有什么用，先不说在结阵的过程中冒着海军炮火的清军的战船损失了多少，结阵成功后，清军战船也不可能彼此之间不留缝隙，如此一来，直面海军一条战船侧舷的也最多撑死了四五条船头，以四五门轻重不一，口径各异的火炮而已，籍此来对付海军，其结果自然是不言而喻的。
而且海军并非停泊不动的跟清军拼消耗拼伤亡，面对采取一次齐射便扬帆而去的海军炮船，原本连死靶都打不太准的清军炮手更是抓瞎，匆匆忙忙射出的实心炮弹偏离甚远，只有一二枚能造成威胁的却也不过是近失弹，即便如有神助的命中一发，也最多造成海军一两人伤亡，一两处随手可灭的小火灾而已。
当然因为海军采用行进间炮击的战法，因此命中率也不高，但怎奈何海军出动的炮船数目较多，三十多艘炮船分成六组往复不断的出没于清军船团的周遭，给南北两极及四条弦渐开线上的清军外围战船造成了极大的压力。再加上海军广泛使用火弹，开花弹，因此战斗持续了半个时辰之后，清军便彻底置身于水深火热之中了。
顺风燃烧的清军战船在失去驾驭者后撞上了自己的同伙，进而引发了更大规模的混乱，特别是引燃了一部分清军自己的纵火船，于是情况更加不堪了。施琅见到要继续保持圆阵已经不可能了，不得已，只得下令突围。
可突围也绝不是轻易可以达成了，海军的炮船有足够的数量实施分头追击。跑又跑不过，打又打不赢的清军战船不是在突围的过程中起
火沉没就是知机的主动降下蓬帆宣布投降，只有围绕在施琅旗舰周边的清军战船还在负隅顽抗着。
施琅在一众亲随幕僚的注视下拔出宝剑压在自己的脖项上：“本官死后，你们自可以向明军请降，死的人太多了。”
看着或是投降或是星散的清军战船，魏大川也极为头疼，如今还有两股来犯清军船团尚未剿灭，此时决不可能轻易分兵追击，因此收拢部