而文书司，审计司这两个直接由商毅管理的部门主事，都由叶瑶瑱来出任。
其实按商毅本事的想法，叶瑶瑱应该是只管文书这一块，因为商毅考虑到自己未来有可能会长期征战在外，真正能管理行政的时间不会很多，家里必需要留一个自己信得过的人坐镇才行，周世奇的能力虽然不错，但一来年岁大了些，二来他的家族在自己的集团中占了很大一块，难保不会行些私弊的事情，必须对他的权力有一些制衡才行。
叶瑶瑱本身就俱被很强的亲和力，而且在这次北京之行中，商毅发现叶瑶瑱其实也有很出色的组织才能，加上她又是自己的正房妻子，当然是最合适的人选。但是在目前来说，商毅手下精通算术的人材不多，而审计司同样也是一个相当重要的部门，一直还找不到合适的人选，而叶瑶瑱以前做过财政，对审议的一套也比较了解，因此只能由叶瑶瑱来兼任。这样一来，以后自己出征在外，家里有叶瑶瑱和周世奇共同处理，应该可以让自己放心的。
整个民政系统就这样确定下来，而在**部方面，参议司主事是唐镇，其实目前来说，这个部门的主要任务还是训练士兵，战斗计划基本是由商毅来制定，因此唐镇是最适合这个位置的人，因为虽然后来的战斗他基本都没有参加，但后期加入穆陵军的士兵基本都是由他来督促训练的。
军情司主事是周琦，他本身就是侦察营的营长，而商毅集团目前的情报工作，还是以临阵打探敌情为主，碟报，暗哨，长期潜伏的人员暂时还没有，因此这个职位自然非他莫属了；军器司主事仍然是孙和鼎，这一点没有变化；只有后勤司这个位置一时还找不到合适的人选，只能先让孙和斗来担任。
这下各部门的主事人员都确定下来之后，商毅命令各部门下面的分支结构的安排和工作人员都有各主事人员自行设定和委任，并在十天之后甴各位主事将本机构工作人员名单和工作计划都交给商毅来确定。同时商毅对各司的工作责任要求，规章制度都做出了比较详细的规定。
整个行政系统建立起来之后，商毅也十分满意，如果试行一段时间，能够不出大问题，那么估计用这样一套班子，可以稳定的保持相当长的一段时间了，就算是自己以后能够建立一块新的根据地，也是基本上也都足用了。
行政机构完善下来之后，商毅也立刻开始建全军队的建制,这也是为出兵南下作准备。
目前穆陵军的整编工作以经基本完成，五个团和两个独立营的人员以经全部到位，接下来是各团营的武器装配、作装行动统一标准和糸统训练，以及后勤保障方面的事情。
商毅首先确定，对军队正式定名为商家军。对这个名字，军中的诸将都没有反对意见，因为在明朝本来就出现过一支以主将姓氏命名的军队——戚家军，有这个先例在，别人也说不出什么来。而且这支军队也确实是商毅一手创建起来的，商毅不仅是这支军队的最高指挥官，同时也是全军的精神支柱，可以说一但商毅不在了，这支军队就会立刻瓦解。
按照商毅的想法，第一团将留守在穆陵关，以第二团和第三团，骑兵营和两个侦察连为主力，出兵南下，第五团为预备队，第四团付责运送粮草物资。这一点相当重要，因为打仗从一定程度上说，就是拼后勤，尽管按明朝的规定，军队所到的地方，都甴当地提供粮草，但商毅现在可不敢相信明朝各地的官员，另外穆陵军是以火器为主的军队，对后勤的依赖相当大，就算地方上能提供粮草，也不可能供应弹药，因此还是自立更生为好。
按照商毅制定的标准，毎个团应该配备的主要火器是一千八百多支火枪和二十门火炮。
而商家军原来有火枪两千多支，这段时间以来，又修复和制造了一部份火枪，而且商毅从北京又拉回来了大量的火枪火炮，因此目前全军共有各种火枪五千五百多支，俱体为：燧发枪加上改装的共八百余支，鲁密铳一千二百余支，鸟铳三千二百余支，自行生产的火枪三百余支。迅雷铳四十八支。火炮六十六门，其中有两千斤红夷大炮六门，一千斤红夷大炮六门，一号佛朗机炮八门，二号佛朗机炮十六门，三号佛朗机炮八门，四号佛朗机炮六门，虎蹲炮十六门。
按现在的火炮、火枪数量，缺口还很大，仅仅只能够装配三个团。对此商毅决定，将第二团和第三团按标准配置装配，毎个团装配两千斤红夷大炮二门，一千斤红夷大炮二门，一号佛朗机炮三门，二号佛朗机炮四门，三号佛朗机炮三门，虎蹲炮六门。一千八百九十二支火枪。
而第四团和第五团因为是预备军和运输部队，因此不用装配比较沉重的红夷大炮和一号佛朗机炮，只配备较轻的二号佛朗机炮四门，四号佛朗机炮三门，虎蹲炮二门。另有只装一个营即八百四十二支火枪。只有第一团暂时不装配任何火器。
武器的分配就这样决定下来。但由于火枪一下子增加了一倍多，虽然商家军一直保留着一部份预备火枪兵，但依然出现了大量缺额，必须训练新的火枪兵。同时商家军还增加了十二门红夷大炮，这可是商家军以前从未使用过的大炮，因此炮手们必需尽快熟悉红夷大炮的使用性能才行。
训练大体分为两类，新火枪兵仍然从基本的火枪射击和三段连射开始练习，而老火枪兵则开