自广州府巡防营整顿开始，各种报告纷至沓来，让出身文官系统的孚琦也发现问题严重了。特别是广州府巡防营管带莫新江为了躲避龙谦委任的巡防营统领王明远的抓捕躲进了将军府。莫新江和他沾着一点亲，是他一房小妾的表弟。莫新江哭诉了龙谦第五镇的残暴。要他给自己做主。孚琦大怒，立招龙谦来府，龙谦却借口有事没来，只是派了他手下大将王明远来。向他报告了广州巡防营的种种劣迹，声明整顿巡防营并抓捕私通会党贪污军饷的莫新江犯罪事实确凿，要求他交出莫新江依律治罪。
私通会党完全不可能，贪污军饷孚琦可不敢保。但他决不能将莫新江交出去，那样他不仅在官场上丢尽了人，在家里也彻底抬不起头了！所以，孚琦厉声呵斥了王明远，并且要求王明远转告龙谦，立即停止对巡防营的整顿。否则。他将禀报朝廷。弹劾龙谦。
这件事本身就不正常。孚琦发现，他对于手握军权，麾下有上万精兵的龙谦。他其实毫无办法。所恃者唯朝廷耳。但朝廷对于拥有实力的武将也没有多少办法，庚子年已经开了不好的先例。袭击王府劫财杀人的董福祥反出京师。如今还在甘肃逍遥自在，朝廷根本没有武力缉拿其归案的打算。用兵陕甘是一场噩梦，但用兵岭南的困难绝对不在陕甘之下，而龙谦这厮麾下精兵绝对超过了董福祥……种种因素叠加，孚琦不认为朝廷会用武力逼迫龙谦就范。
果然，龙谦不理会他的怒火，该怎样干就怎样干。肇庆府之后，惠州再次发生流血冲突，死伤惊人。惠州府的巡防营被第五镇驻军彻底“消灭”了。此事甚至惊动了水师提督李准，因为李准的水师营就设在惠州。李准向他报告了第五镇与巡防营的冲突，并为此感到极端的忧虑。
孚琦不能再坐视不管了。他终于知道了，龙谦这不是为朝廷整顿，而是要将全省的巡防营全部解散重组。目的只要一个，且不可告人，那就是要将广东军力一统于他的指挥之下！
广州、肇庆连续发生流血冲突，舆论沸腾。朝廷想必早有所闻。不为巡防营那些忠勇的将士考虑，也要为自己考虑了。孚琦终于行动起来，再次对龙谦下了命令，命令龙谦立即停止对巡防营的整顿。不等龙谦回话，孚琦亲自跑到总督府面见周馥，要求周馥出面制止龙谦。
“制台大人，龙谦太不像话了！我们没法向朝廷交代了！他是你旧部，他可以不把我这个广州将军当回事，但不能不把你当回事。大家同朝为臣，他又是平乱功臣，本官也不为己甚，只要他停止对巡防营的整顿，恢复旧观，本官也就不具折弹劾了。不然，还请老大人与本官联名，定要向讨个说法。”
孚琦这年周岁五十，但周馥年已七旬，所以孚琦以老大人相称。
“将军勿虑。龙退思念念不忘太后对他的简拔之恩。不过是做事操切了些，其用意还是好的。待我召他相问，再做打算。”周馥自然也听说了广州、惠州两府因整顿巡防营引起的冲突，但他又有一番打算。倒不是说他已经彻底倒向龙谦，图谋晋身之阶了。像他这样的老派官僚，在满清官场上混了几十年，到了这个年纪，一万个人中间也未必有一个赞同造反的。
周馥所虑者，不过是晚节不保的问题，千万不要因革命党生事而导致自己被朝廷追责。所以，龙谦提出的剿匪、解散会党，整顿巡防营等方略深得其赞同。周馥不止一次对总督府属员讲，几个会党竟然搅得全省不安，震动中枢，简直是笑话！山东匪患多年，连康乾盛世都未曾禁绝，不也在一两年内次第扫平吗？可见关键在于人，在于军队！广东之军，非得好好整顿不可，不然要出大乱子的。
另一个原因就是他对龙谦极具好感。既有他的观感，也有周学熙的影响。所以，周馥与孚琦在整顿巡防营的认知上有着根本的偏差。
周馥还是召见了龙谦，就在龙谦委任洪粤诚为第五镇高参的第二天。周馥开门见山说了孚琦的怒火，“退思，虽然王明远急于整顿巡防营的用意是好的，但过于操切了！须知欲速则不达，巡防营积重难返，哪有一下子就办好的？惠州死伤逾百，朝野震动，即便孚琦不说，朝廷肯定会有旨意的！退思，立即下令王明远罢手吧，等过了这一阵风声再说。”
“老大人，乱党可不会等过了这阵子风声再举事。第五镇是朝廷野战兵马，不可能久驻广东。依朝廷成例，如果福建举事，朝廷十有八九会调第五镇东向。广东依赖谁？我急令王明远整顿巡防营，不惜从第五镇抽调精锐军官出来促成其事，既为国家。也为老大人您啊。老大人本来已归隐乡里，但临危受命出镇两粤要地，自然是朝廷看重老大人的治才啊。但是，两粤民风强悍，受外来影响远胜内地。孙文乱党所鼓吹之歪理邪说，在两广颇有市场。日本等国又唯恐我国不乱，明资暗助，和乱党勾结一气。如果不整训强军，震慑小丑，万一龙谦带兵离开，老大人何以自处？明远在三府的整顿，已经发现种种弊端，甚至勾结乱党土匪的也有，如何敢掉以轻心？”龙谦说的大义凛然。
“这个，老夫自然