日本人的冷淡是一方面。更令孙文恼火的是党内的反对声音越来越高，特别是陶成章为代表的光复会势力和谭、宋为代表的原华兴会势力的分离趋势越发明显。8月10日的会议得到了验证，同盟会事实上分裂了。
孙文当然痛苦。但性格坚毅的他颇有些愈挫愈奋的劲头，思虑再三。孙文拿出的对策是改组组织，成立中华革命党。
经他亲手修订的新党成立宣言中颇有些封建意味的东西，“此次办法，务在正本清源：一、屏斥官僚，二、淘汰假革命党，以收完全统一之效，不致如第一次革命时代，异党入据，以伪乱真。
为此，孙文新成立的中华革命党要求党员入党时必须按指模。立誓约，愿意服从孙文的个人指挥。
孙文还对建国提出了三个时期的理论，及军政、训政和宪政三阶段。军政阶段是以积极武力扫除一切障碍而奠定民国基础，训政阶段是以文明法理，督率国民建设地方自治。等到自治完备之后，才创制宪法进入宪政时代。孙文认为，宪法颁布之日，即为革命成功之时。在此之前，都叫做革命期。
孙文明确强调，在宪政未成之前，一切军国庶政。悉归本党负完全责任。他还异想天开地将党员分为三等，明确他们不同的权利。在革命军未起义以前入党的为首义党员，他们在革命时期都称为元勋公民，享有一切参政执政之优先权利。革命军起义后入党的是协助党员，在革命期间称为有功公民，有选举和被选举的权利。等革命政府成立后入党的是普通党员。称为先进公民，只享有选举权了。
对于广大的非党员，在所谓的革命期之内，不得有公民资格。
国内局势如火如荼，孙文则埋头于东京寓所制定他的革命大纲。终于。上海传来了光复的消息，陈其美这个死忠竟然一举成功了。而且，武昌举义成功，谭宋二人在长江中游竟然也干成了！紧接着，江苏宣布光复，民主革命意识较强的江苏巡抚程德全顺应民心，促成了江苏的异帜。这样，长江下游的富庶地区全部被革命党所掌控。
这下子孙文坐不住了！他急忙找到忍辱负重一直支持他的黄兴，提出回国主持大局的建议。正好，陈其美也派人来了，请他速回上海。
权力欲极强的孙文当即与黄兴回国。一到上海，立刻感受到了在日本完全感受不到的火热气氛。那是一种天下大变来临的气氛，连普通人都感受得到，何况是置身其中的政治家？孙文兴奋异常，立即在陈其美的大力支持下接过了最高指挥权。他要做两件事，一是派黄兴赴武昌，组建武昌军政府，出任军政府大元帅，控制成分复杂的起义军，坚决与龙谦的北伐军打到底，决不能让其占领武昌这个重要的工业城市及南北交通枢纽！第二件就是抓紧成立中华民国临时中央，占据道义的高度以号令天下！
于是，在9月3日，孙文召集了上海、浙江及江苏的革命领袖们齐聚上海，研究对当前局势的应对之策。上海虽是江苏辖区，但事实已然自成一体，所以，这次会议也叫做三方会议。
在会上，主持会议的孙文提出了自己的纲领，那就是建党、建军、建国两大主张。
孙文说，无数先烈的鲜血早就了今天大好的革命局势。各省风起云涌的独立运动证明了同盟会建立民国，驱除鞑虏的主张已深入人心，满清已经完了，北洋军也完蛋了，我们必须抓紧行动，立即以三地的革命武装成立革命军正规部队，以保卫革命成果，立即成立中华民国临时政府以号令天下。二者互为表里，没有大义相召，军队难以建立，经费难以筹措；没有忠于革命的军队，革命万难成功。所以，这两件事要一起办。建国之事，我责无旁贷，建军之事，却要有劳克强。为今之计，必须牢牢抓住武昌义军这支革命武装，千万不能坐视其被蒙山军消灭或招降。另一方面，三地要抓紧将民国军队建立起来，此事则交给了陈其美、陈炯明、许崇智、李烈钧数人，以陈其美总其事。
陈其美表字英士。因为上海起义的成功，成为了孙文眼中的第一大功臣。会议虽然邀了浙江、江苏乃至广东的代表，但明确将主导权归于自己的嫡系。
至于建党，孙文认为同盟会已经完成了其历史使命。而且，近年来的斗争证明，同盟会缺少严明的组织纪律（这确是事实），难以承担领导全国完成革命的重任。因此，改组同盟会组建新党势在必行。建党的原则，必须强化对领袖的忠诚，这是革命成功的最关键条件。这件事，孙文交给了胡汉民和汪兆铭。
一样对全国巨变的形势兴奋不已的黄兴并不在意建党以及建国，他作为同盟会事实上的二把手，精力始终在军事上。黄兴问孙文。蒙山军怎么办？我们对他们采取何种政策？
孙文坚定地说，龙谦是同盟会的敌人，他们跟满清一样，是阻碍革命成功的绊脚石！当然，如果龙谦幡然悔悟。同意加入我民国政府，其部接受我的领导，过去的事，可以既往不咎。龙谦反清有功，未尝不可以在中央给予安置。
黄兴似乎不赞成与蒙山军为