当务之急还是军务，不是东南及西南战局，而是部队的整编。涉及到直隶境内近三万北洋军的存在，龙谦必须先处理此事。
10月7日下午，龙谦在自己所住的海晏堂底楼召集会议，研究军事整编问题。参加会议的为龙谦在北京的核心班底，武将系统有鲁山、宁时俊、石大寿、邓清华、范德平、郑双庆、商凤春、熊勋、程二虎、蒋存先，文官系统的陈超、方声远、洪粤诚，另有情报系统的江云，军法系统的曹敏忠及许公持，加上龙谦和欧阳中，共计十八人。
“时间很紧迫，大事很多，但要逐件办理。”龙谦主持会议，“最要紧的是北洋军的整编问题，我来了北京，再不办此事有可能引起北洋诸将的疑心，所以要先研究此事。但不能单独办，要综合考虑，将第一期整编问题一并考虑解决。今天我先说在武昌时与司徒总长商议的方案，大家琢磨一下有没有不妥之处。”
龙谦喝了口水，从衣兜里摸出上午写的一张条子，“部队的整编涉及到政治、军事体制问题，不单纯是增加几个师番号。考虑到国内的现状，不可能一下子建立完备的政府机构，采用目前的军事管制方式是适宜的，也是有效的。因此，决定在完善国防军总部机构后，着手成立几个大军区，代行对地方的管理。在大军区之下，逐步设立省级军区，并编入相应的野战部队。”
龙谦让大家消化一下自己所讲的内容，“可能大家对军区设立有所不解，不要紧，马上你们就明白了。先说总部。我计划将总部设在北京，因为我预定将首都设在北京了，这个大家先不要外传。国防军总部最终分为两个系统，即军政系统和军令系统，前者的机关为国防部。后者的机关为总参谋部、总联勤部以及两总部之下的二级部。目前情况下，即政府机构未成立之前，国防部的职责由总政治部代行。也就是暂时以三总部形式管理全军。总政治部主任，拟由曹敏忠任主任。总政的职责主要是人事、薪饷、监察、宣传及奖惩，待国防部成立，还要研究国家的战略问题。总参是军队的指挥机构，也是军队的大脑，是军令系统的核心。总参谋长当然是司徒均了，拟以商凤春、张玉林为副总长，协助司徒均抓好总参的工作。总参要成立和完善作战、情报、动员、通讯等部门，还要设立兵种部，成立炮兵、工程兵、通信兵等二级司令部，以加强特种兵建设。还要设立航空局。大力研究发展航空事业。总参还要管军事院校，现在我们手里有三所，山东是军官学校，广州其实是一所士官学校，北洋手里有一所保定军校。一共三所。将来要调整、充实、扩建，建军先建校，这是规律，更是经验。各个专业军种都要成立自己的军校以培养人才。联勤总部还是老宋，职责就是后勤的一大摊子，不止是被服、粮草，还有医疗系统的完善。还包括武器的采购，以及我们头上股份的管理。军事情报局负责全军的情报工作，江云还是局长，该局暂由我直接管辖，将来归总参领导。军情局脱胎于情报科，目前的业务比较杂。除了军事情报外，其余方面的情报也搞，这不行。将来还要成立新的情报机构，分离军情业务，实现军事情报的专业化。
“总部的设置大的方面就是这样。今后蒙山军化身为国防军，承担着保卫祖国的神圣职责，军队建设是一个长久性的课题。我们慢慢来，但大家要适应军队转型为国防军后带来的变化，要向正规化、专业化迈一大步。我们与北洋的战争，证明我们蒙山军建军之路是正确的，我们在装备、训练、情报等方面全面超越了北洋，但是跟列强军队相比，我们的差距很大，要认清差距，迎头赶上。千万不可沾沾自喜，夜郎自大。
“下面我讲一下军区设立的初步方案。北方军区：负责东三省及山西、内外蒙地区，拟由鲁山为司令官，辖四个师，司令部设在长春，将来要将吉林省的省府迁至长春去，因为长春的地理位置优于吉林。西北军区：负责陕西、甘肃以及新疆的防务，辖两个师，拟由封国柱为司令官，司令部设兰州。西南军区：负责四川、贵州、云南及西藏四省的防务，辖两个师，拟由蓝心治为司令官，司令部设成都；东南军区：负责福建、浙江、江苏、江西四省防务，辖两个师，拟由王明远为司令官，司令部设江宁；南方军区：负责两广、两湖防务，辖两个师，拟由胡宗玉为司令官；中央军区是策应四方的预备军区，辖区有山东、河南、安徽三省，辖两个师，拟由叶延冰为司令官，司令部设济南。首都设卫戍区，负责北京、天津以及直隶的防务，辖两个师，其中一个师负责天津至山海关的防务，拟由石大寿为司令官。这样，全军要编十六个师。我们目前的情况是，南方军三个师，北方军三个师，其中含张作霖的二十一师。山东军两个师，只有八个师。所以要扩出八个师出来，否则难以应对现实情况。我跟司徒总长在武昌研究的意见是，由南北洋系统的军队整编三个师，由我们三个方面军现有部队再扩编出五个师出来。整编后的师分甲乙两种，甲种师辖三旅九团，配足炮兵、工兵等部队，是我们对外作战的主力军，乙种师编两旅六团，特种兵相应减少一些，为承担守备任务的部队。拟以第1、2、3、6、7、9、10共七个师为甲种师，其余为乙种师。以上方案，请大家讨论，包括人事配备，都