第二步全书》的底本有六个来源：内府本﹐括武英殿等内廷各处藏书；赞撰本﹐即清初至乾隆时奉括帝王的著作；各省采进本﹐即各省督抚征集来的图书；私人进献本﹐即各省藏书家自动或奉旨进呈的书；通行本﹐即采自社会上流行的书；《永乐大典》本﹐即从《永。四库馆臣对以上各书提出应抄、应刻、应存的具体意见的著作，可以抄入《四库全书》。应刻之书是认为最好的著作，这些著作不仅抄入《四库全书》。而且还应另行刻印，以广流传。应存之书是认为不合格的著作，不能抄入《四库全书》，而在《四库全书总目》中仅存其名，列入存目。对于应抄、应刻的著作。要比较同书异本的差异，选择较好的本子作为底本。一种图书一旦定为四库底本，还要进行一系列加工，飞签、眉批就是加工的产物。飞签也叫夹签，是分校官改正错字、书写初审意见的纸条。这种纸条往往贴于卷内，送呈纂修官复审。纂修官认可者，可用朱笔径改原文，否则不作改动。然后送呈总纂官三审，总纂官经过分析之后，可以不同意纂修官的复审意见。而采用分校官的初审意见。三审之后，送呈御览。
第三步是抄写底本。抄写人员初由保举而来，后来，发现这种方法有行贿、受贿等弊病，又改为考查的办法，具体做法是：在需要增加抄写人员时，先出告示，应征者报名后，令当场写字数行，品其字迹端正与否。择优录取。考查法虽比保举法优越，但也有不便之处，因此最后又改为从乡试落第生徒中挑选，择其试卷字迹匀净者予以录用。这样。先后选拔了3826人担任抄写工作，保证了抄写《四库全书》的需要。为了保证进度，还规定了抄写定额：每人每天抄写1000字，每年抄写33万字，5年限抄180万字。五年期满，抄写200万字者。列为一等；抄写165万字者，列为二等。按照等级，分别授予州同、州判、县丞、主簿等四项官职。发现字体不工整者，记过一次，罚多写10000字。由于措施得力，赏罚分明，所以《四库全书》的抄写工作进展顺利，每天都有600人从事抄写工作，至少可抄60余万字。
第四步是校订。这是最后一道关键性工序。为了保证校订工作的顺利进行，四库全书馆制定了《功过处分条例》，其中规定：所错之字如系原本讹误者，免其记过；如原本无讹，确系誊录致误者，每错一字记过一次；如能查出原本错误，签请改正者，每一处记功一次。各册之后，一律开列校订人员衔名，以明其责。一书经分校，复校两关之后，再经总裁抽阅，最后装潢进呈。分校、复校、总裁等各司其职，对于保证《四库全书》的质量确实起了重要作用。”
梦雨说：“确实够严格的了，如果大清朝办事能够将这种认真的作风传承下去，也不至于被列强欺负到那个程度。”
午阳说：“国家积弱，遭受列强欺凌，是多种原因造成的，办事不认真只是一个方面，我们接着说书的事。乾隆皇帝为了存放《四库全书》效仿”的建筑建造了南北七阁。乾隆四十六年（1781年）十二月，第一部《四库全书》终于抄写完毕并装潢进呈。接着又用了将近三年的时间，抄完第二、三、四部，分贮文渊阁、文溯阁、文源阁、文津阁珍藏，这就是所谓“北四阁”。从乾隆四十七年（1782年）七月到乾隆五十二年（1787年）又抄了三部，分贮江南文宗阁，文汇阁和文澜阁珍藏，这就是所谓“南三阁”。每部《四库全书》装订为36300册，6752函。七阁之书都钤有玺印，如文渊阁藏本册首钤“文渊阁宝”朱文方印，卷尾钤“乾隆御览之宝”朱文方印。
在编纂《四库全书》的过程中，还编了《四库全书荟要》、《四库全书总目》、《四库全书简明目录》、《四库全书考证》、《武英殿聚珍版丛书》等。这几种书可以看作编纂《四库全书》的副产品。《四库全书荟要》是《四库全书》的精华，收书473种、19931卷。开本大小和装帧形式与《四库全书》相同。乾隆四十三年（1778年）共抄两部：一部放在宫中御花园的摛藻堂。一部放在圆明园东墙外长春园全书总目》二百卷是《四库全书》收录书和存目书的总目录。该目录前有“凡例”，经史子集四部之首冠以总序，大类之前又有小序，每书之下都有著者介绍、内容提要、版本源流等考证文字。由于这些考证文字出于纪昀、戴震、姚鼐、邵晋涵等著名学者之手。因而具有重要的学术价值。《四库全书简明目录》二十卷是《四库全书总目》的简编本，它不列存目书，只列《四库全书》收录的图书，每种书的提要也写得比较简单。《四库全书考证》一百卷是四库馆臣对应抄，应刻各书校勘字句的记录汇编。该书对于校订古籍有较高的参考价值。《武英殿聚珍版丛书》是用木活字印成的。它包括《四库全书》中138种“应刻”之书。该丛书在刻印4种之后，主持人金简通过比较，认为木活字花