万历四十八年（16）七月二十一日皇帝驾崩，熊廷弼失去了强有力的支撑，不久就遭到以东林党为首的言官全力攻击，不得不离开了辽东督师的职务，取代熊廷弼出任辽东经略的是东林党人袁应泰，这个时候东林党人是认为后金不过是土蛮造反，是刷功勋的好地方，根本不知道他们的这种盲目乐观不但害了自己，也害了大明朝，害了天下百姓。
袁应泰此人，公正的说是一个东林党内难得的好官，太行山，开挖广济河渠，成二十五堰，溉田数万顷，邻邑皆享其利，至今广利渠首还有明代“袁公祠”。但是另外一方面他不懂军事，却固执己见，他十分迂腐地认为应该宽仁爱民，于是改变了不少熊廷弼时期严格的军纪。
此时又因为小冰河期的原因，蒙古诸部大饥，多入塞乞食。应泰又为了笼络蒙古人收留了许多，却不注意蒙古雇佣兵的纪律，无视蒙古雇佣兵在劣势的情况下，屡次开城投降满洲的教训。
混河血战之后，明朝失败，面对满洲的进攻，蒙古降人和一些汉奸引导叛军扑向各个要地。导致辽东战略重镇沈阳、辽东政治中心辽阳相继沦陷。袁应泰佩着尚方宝剑和官印自缢而死_______就是一个胡乱指挥，又有气节的不肯投降的典型东林的形象.
袁应泰惨败后，朝廷不得不重新起用熊廷弼为辽东经略，于是有了熊廷弼第二次出山，但是，同时任命东林党人叶向高的弟子王化贞为辽东巡抚，对他加以牵制。导致“经抚不和”——经略与巡抚互相冲突，王化贞有了老师叶向高这个首辅的支持，落于下风的当然就是熊廷弼。
实事求是的说王化贞也不是无能之辈，辽东失陷，此时唯独王化贞能坚守广宁，任用毛文龙游击敌后，给满清增加了一个巨大的麻烦，如果能和熊廷弼团结一致，还是能有一番作为的，结果由于守城成功，王化贞认为满洲人不过如此，加上孙得功自称策反了降敌明将李永芳，王化贞犯了和东林党人袁应泰一样轻敌冒进的毛病。
但是战事一开始孙得功做先锋就叛变，而后又诈降骗取了广宁城门，广宁失守。
此事成为党争的一个大题目。为了怕王化贞出事牵连到东林党的首辅叶向高，东林党把王化贞的惨败，硬是变成了指责熊廷弼弃土的罪名。
东林内部为了“保熊斥熊”自相内讧的时候，杨连等人因为熊廷弼有才，于国有大用而来保熊，另外的派别则出于团结首辅叶向高的需要，主张以熊廷弼给王化贞抵罪.
这个时候王化贞却已经意识到东林党大厦将倾，就果断抛弃了还在为自己“重列朝班”而奔走辩护（顺便参与陷害熊廷弼）的“东林君子”们，投奔魏忠贤。魏忠贤趁机利用他揭露东林“贪污辽东军饷”，一举击溃了东林的残余力量。天启五年（1625年，天命十年）八月，熊廷弼以“失陷广宁罪”慷慨赴市，传首九边（辽东、蓟州、宣府、太原、大同、延绥、固原、宁夏、甘肃）。相比之下，懂潜规则，会倒戈的王巡抚日子好过许多。他和杨镐住在监狱里等待机会。而伺候明朝任命王在晋为辽东经略。
然而，崇祯即位后面对连连失败的遭遇，怒而开始将这些死缓犯陆续祭旗。王化贞也在此过程中被人们想起，于崇祯五年（1632）被斩首。
而刘白羽说的那些和魏忠贤势不两立的东林党呢?天启四年杨涟等一大批愤青东林被搞死了.
东林前期领袖毫无疑问是叶向高，没有叶向高就没有东林党。叶向高的政治斗争能力是一流的，其它东林的政治斗争能力就是基本为负数，杨涟等一大批愤青东林其实就是一群书呆子气十足到处得罪人的书生。而叶向高为了维持住这群呆书生不被自己的傻气全部搞死，更多时候在支持东林的对手，适当的支持浙党甚至阉党,保持微弱的政治平衡。
东林前期领袖叶向高这个人，不然把他杨涟等一大批愤青东林相提并论,说得好听些天启年间能够不崩盘，叶向高功居第一，调和能力超一流。说的难听些,就是首鼠两端.
他在对待魏忠贤问题上和杨涟等一大批愤青东林可以说是截然相反的,魏忠贤重修西山碧云寺，叶向高为之撰记，对魏忠贤大为称颂。魏忠贤杀王安，叶向高也上疏指斥王安，支持魏忠贤。
东林干将周宗建上疏弹劾魏忠贤，叶向高又压制周宗建，称赞魏忠贤“即满腹诗书者不能道，奈何以不识字自谦哉”，事情不了了之。以东林后来反扑的标准，叶向高肯定够上逆案名单，而且名在前列。
杨涟一事，叶向高也是试图将东林和阉党双方都压下，杨涟等人遂痛恨叶向高，有些东林甚至认为叶向高是阉党智囊。叶向高自己在奏疏中批露：“举朝哄然，即臣等亦被其指摘。甚者疑为忠贤画策，当以焦芳同传矣”。
叶向高这个人也是狡猾或者说是智慧的,根本就不会和杨涟等一大批愤青东林那样不顾形式的和魏忠贤纠缠不清,而且因为王化贞这件事,已经不得不离开权力中心了.
现在朝廷里的东林领袖,如果以官职来看,还就是后来因为袁崇焕杀毛文龙作为后台出名的钱龙锡,钱龙锡也是一个疑似穿越者的存在，开始和魏忠贤的关系相当的要好，天启四年杨涟等一大批愤青东林被搞死了，钱龙锡却超升为礼部右侍郎。
天启五年开始钱龙锡又极为及时的和魏忠贤闹矛盾，先调到南京任吏部右侍郎，