然而宫闱争斗并未真正结束，在泰昌、天启年间更为剧烈地展开，“红丸案”、“移宫案”接踵发生。
明光宗朱常洛自幼不得其父喜爱，13岁才出阁读书，又长期辍读，经历坎坷。朱常洛即位后，颇具心计的郑贵妃又竭力笼络泰昌帝的宠妃李选侍，二人谋合，欲为己请封皇太后和皇后之号。泰昌帝由于忧心国事，本已虚弱的身体，不几日更是“圣容顿减”，“病体由是大剧”。
此时，司礼监秉升入诊帝疾，他用去热通利之药，希使泰昌帝腹泻排毒，却遭到东林攻击。这些人攻击皇帝生病是纵欲过度；崔文升进药是受郑贵妃指使，欲置皇上于死地。众太医于是束手。此后鸿胪寺丞李可灼又自称有仙丹妙药可治帝疾，对其药大臣们多不主张皇帝服用。但皇帝由于无计可施，决计服用。初服一丸，四肢和暖，思进饮食，再进一丸，于次日凌晨即崩。此药为红色，称“红丸”，以铅为主，以参茸为副。
东林于是开展攻击，称郑家有意谋害皇帝。继泰昌帝而后新登极的天启皇帝朱由校迫于舆论压力，准许内阁首辅方从哲退休，将崔文升发配南京，李可灼充军，此案草草收场。“红丸案”成为明宫疑案之一。转年，东林孙慎行等复官，又曾发此案以攻击方从哲。
“红丸案”这是千古疑案之一，光宗是有被毒死的嫌疑，不过东林党们一样也有胡乱议论干预治疗并耽误病情的嫌疑，不过结果却是和东林党对立的内阁首辅方从哲退休，东林党实力大增.王安则是内外积极沟通，为东林党冲锋陷阵立下了大功.
天启皇帝朱由校曾经以为东林党的目的是为了独霸朝廷，出于对东林党支持自己父子登基的功劳，朱由校也是一忍再忍，然而东林党却是不单单要控制朝廷，甚至要控制皇帝自身，于是又发动了“移宫案”！