妈祖是福建莆田望族九牧林氏后裔。最早史料记载于，南宋廖鹏飞于绍兴廿年所写的〈圣墩祖庙重建顺济庙记〉，谓：“世传通天神女也。姓林氏，湄洲屿人，能预知**福……”又载：宣和五年，“给事中路允迪出使高丽，道东海。值风浪震荡，舳舻相冲者八，而覆溺者七。独公所乘舟，有女神登樯竿为旋舞状，俄获安济……”这些足证明了历史中确有其人。南唐清源军(含今莆田）莆田县湄洲人(今福建省莆田市秀屿区湄洲岛)，妈祖祖父莆田人林孚，官居福建总管。父亲莆田人林愿（惟殷），宋初官任都巡检。在她出生之前，父母朝夕焚香祝天，祈求，就在这个女婴将要出生前的那个傍晚，邻里乡亲看见流星化为一道红光从西北天空射来，晶莹夺目，照耀得岛屿上的岩石都发红了。所以，父母感到这个女婴生的异常奇特，也就倍加疼爱。因为她出生至弥月间都不啼哭，便给她取名林默娘，父母唤她为默娘，人们尊称为林默娘。长大后，她立志终生行善济人，矢志不嫁，父母顺从她的意愿。她专心致志地做慈善公益的事业，平素精研医理，为人治病，教人防疫消灾，大家都感颂她。她性情和顺，热心助人。不断为乡亲排难解纷，还经常引导人们避凶趋吉。世人遇到困难，也都愿意跟她商量，请她帮助。
生长在大海之滨的林默，还通晓天文气象，熟习水性。湄洲岛与大陆之间的海峡有不少礁石，在这海域里遇难的渔舟、商船，常得到林默的救助，因而人们传说她能乘席渡海。她还会测吉凶，必会事前告知船户可否出航，所以又说她能“预知休咎事”，称她为“神女”、“龙女”。
九百八十七年（宋太宗雍熙四年九月初九），是年仅二十八岁的林默羽化飞升之日。这一天，湄洲岛上群众纷纷言看见妈祖乘长风驾祥云，翱翔于苍天皎日间&此以后，航海的人又言常见林默娘身着红装飞翔在海上，救助遇难呼救的人。因此，海船上就逐渐地普遍供奉妈祖神像，以祈求航行平安顺利。