朱燮元慷慨言：“我誓与此城共存亡！”，贼薄城，朱燮元使土司坤汝常乘贼，指挥常恭等火炮助之，贼稍却，斩贼先锋一人。次日，贼数千人，障革裹竹牌进，矢石不得近，朱燮元命架七星炮，火箭火砖冲击之，杀数百人。至暮，贼拥钩梯数千，攀城欲上，朱燮元命士卒第放火炮、矢石，至天明，贼积尸陵城下。时冬，濠水涸，贼帅降民，持篾（劈成条的竹片）束薪，载濠土垒如山，上架蓬荜，形类行屋，以避铳石。伏弩仰射，城中垂帘蔽矢石。
朱燮元夜缒壮士，持刍涂膏，杀守者纵火。火举山隤（倒下），贼大阻。朱燮元又遣人决都江堰水至濠，濠满，贼乃治桥，得少息。因缉获城中与贼通者二百人，悬其首陴上。贼又于城四面立望楼，高与城等。朱燮元曰：“贼设高楼望，必四出剽掠，其中实空虚。”遂命死士五百人，突出击之。贼果无备，斩三贼将，烧楼而还。当是时，诸道援兵相继至，十二月二十四日复安岳县，二十八日复乐至县，与贼战于倒流镇、石桥、永清铺，俱有斩获。
各路兵或转战得至城下，或溃败去。秦良玉兵三千亦至。然贼兵亦日益增，无退意。贼围城八十余日，岁且尽，城中人伏腊不祭，王正不贺。贼城外日发诸人冢墓，城上望见皆泣。会有俘民脱归者，言贼旦夕须旱船一决胜负。
朱燮元知道《文选.杨恽.报孙会宗书》有言：“岁时伏腊，烹羊炮羔。”因为被贼人围城，城中物质缺乏，本来好好的节日是过不成了。
贼人数千自林中大噪而出，视之有物如舟，高丈许，长五百尺，楼数重，簟左右板如平地。一人披发仗剑，上载羽旗，中数百人，各挟机弩毒矢，牛数百头运石毂行，旁翼左右两楼，高耸入云，俯视城中，老幼妇女皆哭。
朱燮元曰：“此吕公车也。破之非驳石不可。”驳石者，巨木为杆柱，置轴柱间，转索运杆，千钧之石飞击如弹丸，贼舟不得近。朱燮元复募敢死士，以大炮击牛，中其当轭者，牛骇返走，乘势纵击败之，然城中亦力竭矣。禆将刘养鲲言有诸生范祖文、邹尉陷贼中，遣孔之谭来约。贼少却。有诸生陷贼中，遣人言贼将罗象乾欲反正。朱燮元令与罗象乾俱至，呼饮戍楼中，不脱其佩刀，与同卧酣寝。
罗象乾誓死报复缒而出，自是贼中举动无不知，乃遣部将诈降诱奢崇明至城下，罗象乾因自内纵火，奢崇明父子遁走泸州，罗象乾遂以众来归，成都城围百二日而解。
初，朝廷闻重庆变，即擢朱燮元佥都御史，巡抚四川，以杨愈懋为总兵官，而擢河南巡抚张我续总督四川、贵州、云南、湖广军。未至而成都围解，奢贼据新都，缮城积粟为守计，因克安岳，攻保宁，声言直取潼关，人心震动，安绵副使刘芬谦、湖广监军杨述程合兵攻之。兵至牛头镇，贼以骑数千、步万人来援。秦良玉、谭大孝等夹击败之，遂复新都。
贼退入兰州，复遵义府。时有湄潭叛民王伦引贼焚掠。湄潭为川、贵险要。都司陈一龙追至水西境，降之。诸军进驻遵义。官军乘势复州、县、卫所凡四十余，惟重庆为樊龙等所据。重庆，古渝州地也，三面临江，春水泛涨，一望弥漫不可渡。其出入必经之要道，惟佛图关至二郎关一路。贼自通远门城濠至二郎关，连营十七座，宿精兵数万。监军副使丘志充、杨述程，总兵杜文焕帅兵进攻之，再战，几入其垒。
翌日，杜文焕帅参将杨克顺等直抵贼营，石柱宣抚官秦民屏率部兵绕出其后，贼惊败，遂连复佛图、二郎二关，杀贼三千余人，积尸深沟，两岸俱平，乘胜进逼重庆。
其地三面阻江，一面通陆，副使徐如珂率兵绕出佛图关后，与秦良玉攻拔之。奢崇明发卒数万来援，徐如珂迎战，檄同知越其杰蹑贼后，杀万余人。监军佥事戴君恩令守备金富廉攻斩贼将张彤，樊龙亦战死。天启皇帝告庙受贺，进戴君恩加官sān_jí。朱燮元所遣他将复建武、长宁，获伪丞相何若海，泸州亦旋复。朝议录朱燮元守成都功，加兵部侍郎，总督四川及湖广荆、岳、郧、襄、陕西汉中五府军务，兼巡抚四川，
当是时，奢崇明未平，贵州水西土目安邦彦叛。安邦彦，安尧臣别枝也。安尧臣冒陇姓，并陇地，受抚，得袭其兄安强臣世职。安尧臣死，妻奢社辉、子安位年幼，安邦彦挟之反。时四十八马头与头目安邦俊、鲁连、安若山、陈其愚、陈万典等，蜂起和之。都司杨明廷以三千人败没于毕节。参将尹启易等自乌撒奔回沾益，炎方、松林皆不守，平夷卫亦为贼党李贤所破。
贼围普安、安南。云南都司李天常帅兵四千救之。贼将罗应奎伪降，诱至迭水铺遂发动，伏兵四动，李天常全军皆没。于是交水、曲靖、武定、寻甸、嵩明之间，骚然苦兵矣。贼分遣王伦、石胜俸下瓮安，袭偏、沅以断我军。王伦等，杨应龙余孽也。洪边土司宋万化纠苗仲九股，据龙里，安邦彦自统蜀贼苗仲数万，进围贵州。
自二月初九日薄城下，造云梯，制滚厢，筑墩台，百计攻城。按臣史永安悉力御之。贼沿山札营，四面伏路把截，以断城中出入，尽掘环城坟墓，杀掠甚惨。置木栅垒户墙，鸟雀不能飞渡。镇将张彦芳将兵二万赴援，隔龙里不得进。贵州总兵杨愈懋、推官郭象仪与贼战于江门白杵营，死之。
先是，水西未叛，管良相私与人曰：