天启元年（1621年），秦邦屏、秦民屏渡浑河与清军血战，秦邦屏战死沙场，秦民屏突围而出，秦良玉于是亲率三千前往，所经过的地方秋毫无犯。明熹宗朱由校下诏给秦良玉加二品官员服饰，并封秦良玉为诰命夫人，封秦良玉儿子马祥麟为指挥使。秦良玉上言秦邦屏的死状，请求从优抚恤，兵部尚书张鹤鸣也建议朱由校厚待秦良玉家的家人。朱由校于是下令赠秦邦屏都督佥事，子孙世袭，秦民屏官进都司佥书。[6]
同年九月，兵部让秦良玉再回乡征兵二千，秦良玉与秦民屏回乡后，恰逢奢崇明造反，其部将派遣使者前来想与秦良玉结盟。秦良玉将使者斩杀，立即发兵率领秦民屏及秦邦屏的儿子秦翼明、秦拱明逆流西上，至重庆南坪关，断贼归路。秦良玉设伏兵袭击两河，将敌人的船只烧毁。而后秦良玉分兵守忠州，派快马带檄文至夔州将翟塘一带的贼兵消灭。[7]秦良玉上表秦民屏的战功，朝廷升秦民屏为参将，秦翼明、秦拱明为守备。[8]
天启二年（1622年），奢崇明包围成都，巡抚朱燮元传令秦良玉前去征讨。秦良玉率军攻取新都，长驱直奔成都，将奢崇明击败，解了成都之围。奢崇明败走后，秦良玉率领秦民屏等攻克二郎关、佛图关，收复重庆。朝廷于是授命秦良玉为都督佥事、总兵官，授马祥麟为慰使，秦民屏为副总兵，秦翼明、秦拱明为参将。授官后，秦良玉又收复红崖墩、观音寺、青山墩等，奢崇明兵败自杀，秦良玉彻底平定奢崇明四川之乱。朝廷因功多次赏赐秦良玉金币。[9]
天启三年（1623年），总兵李维斯打了败仗，还对秦良玉闭门不见，皇帝朱由校于是下诏文武大臣必须以礼招待秦良玉。[10]
天启四年（1624年），秦民屏随巡抚王三善率军在陆广作战失败，王三善率先逃走。秦民屏在大方大破贼兵。退兵时，遭到贼兵袭击，奋战而死，秦民屏两个儿子突围而出但也重伤。秦良玉上书请求抚恤，朝廷于是追赠秦民屏为都督同知，并立祠祭祀，两个儿子封官，秦翼明、秦拱明官至副总兵。[11]
进京勤王
崇祯三年（1630年），清军大举进攻，永平四城失守，皇太极进围京都。秦良玉率秦翼明奉诏勤王。皇帝朱由检于平台召见秦良玉，赏赐秦良玉钱币牲畜酒水等，并赋诗表彰秦良玉的功劳。皇太极退兵后，秦良玉率兵回，而秦翼明就在京畿附近驻扎。[12]
崇祯四年（1631年），孙承宗修筑大凌河城，秦翼明领一万人进行保护，修成后率兵回。[13]
逆战反王
秦良玉画像
秦良玉画像
崇祯七年（1634年），张献忠在四川作乱，攻陷夔州，秦良玉率军赶到，张献忠不战而走。秦良玉率军追击，与正好回川的儿子马祥麟前后夹击，打败张献忠，使之退走湖广。而后张献忠受朝廷招安。[14]
崇祯十三年（1640年），张献忠联合罗汝才再次造反，罗汝才率兵攻打夔州。秦良玉率军前往，罗汝才不战而走，秦良玉追至马家寨，大破罗汝才，斩首六百级，秦良玉又率军追击，先后在谭家坪北山、仙寺岭大破敌兵，将其首领东山虎斩杀，活捉塌天，并夺取了罗汝才的帅旗，罗汝才军逐渐走向衰落。[15]
同年，杨嗣昌自请为督师入川剿贼。四川巡抚邵捷春领二万兵马守重庆，所倚重的将领只有张令和秦良玉，但邵捷春不争山夺险，就在重庆附近设防，派遣张令守黄泥洼。秦良玉深刻指出这种布防的弊端，但邵捷春已经移营至大昌，秦良玉乃向已经辞官的绵州知州陆逊之感叹，以与邵捷春一同战死为耻。[16]
十月，张献忠先后与观音岩、三黄岭大破官军，随后从上马渡进军，秦良玉与张令急率军于竹箘坪阻击。但不久张令战死，秦良玉也随即战败。秦良玉于是去见邵捷春，建议发二万吾溪峒卒用来击破贼军，但邵捷春不用。[17]
遗憾终老
崇祯十六年（1643年），张献忠攻陷武昌，处死楚王朱华奎，率兵再次进犯四川，秦良玉建议巡抚陈士奇派兵守十三个关隘，但陈士奇不用，秦良玉又找巡按刘之勃，刘之勃同意秦良玉的计策，但是却无兵可派。[18]
崇祯十七年（1644年），张献忠领大军再次进犯夔州，秦良玉率军前往救援，但寡不敌众，被击溃。张献忠攻下成都后，秦良玉对部下说：“我兄弟二人都战死沙场，我一个妇人，受国恩二十年。到现在这种地步，也敢与贼势不两立！”于是秦良玉分兵守卫石砫境，张献忠到处招降四川土司，却不敢来石砫。[19]
清顺治三年（1646年），张献忠与清军作战，兵败身死，而明朝也已被李自成所灭，秦良玉寿终而死。[20]
2历史评价
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张廷玉：马世龙等值边陲多事，奋其勇略，著绩戎行，或捐躯力战，身膏原野，可谓无忝爪牙之任矣。夫摧锋陷敌，宿将犹难，而秦良玉一土舍妇人，提兵裹粮，崎岖转斗，其急公赴义有足多者。彼仗钺临戎，缩朒观望者，视此能无愧乎！[21]
钱海岳：良玉以巾帼效命疆场，古所未有也，迹其忠忱武略，足愧须眉已。
秦良玉进京勤王时，皇帝朱由检曾作诗四首表彰秦良玉，秦良玉去世以后，后世很多人都对秦良玉大加赞赏。清代词人钱枚作《金缕曲》赞颂秦良玉，[22]清末志士秋瑾也作诗歌颂秦良玉。[23]此外又有秦