新年的钟声再次敲响，时间进入1997年。迈向新一年的旅程，困难的案件仍然与日俱增。明明已经过了一年，可所有人都忽视了这个问题，仿佛又回到了起点。每个人的年龄都没有增长，大家依然保持着各自的容貌。柯南依然是帝丹小学1年级的7岁小学生，千钧依然停留在高中二年级。在大家的印象中，这一年依然在继续，唯一改变的只有日历。千钧回到横野家，跟父母、小妹、祖父、藤野爷爷一起过完这个热闹的元旦。同样，其他人也都回到自己家与家人团聚，在这个疯狂的世界里每个人都非常珍惜亲情。
元旦过去不久，大家都还在寒假的假期中，千钧陪着晓月参观了她的冷月动漫社，对妹妹取得的成就千钧大为叹服。柯南依然不情愿地呆在毛利家，继续扮演小学生的角色，对着电视屏幕玩格斗游戏。小兰拍着桌子大吼，“喂，柯南！我说的话你到底有没有听到？”柯南回过头来，小兰恼怒，“我在问你父母的事情啊……”柯南哦了一声，满不在乎地回头继续玩。小兰跑到他身边，“哦什么哦！他们自从到海外出差，就一直把你一个人留在这里，实在太不像话了！你想想看，你寄放在我们家多久了，都有12个月，你父母一点音讯都没有，你真的是太可怜了！”柯南摇头，小兰摸着柯南的头，“你是不是会感到很寂寞？”柯南笑着说，“一点也不！”
小兰还在抱怨柯南的父母太过分了，连过元旦都不来接柯南回去团聚。小五郎深有同感，“你那是什么父母啊！从来不露面，连个联络都没有，甚至没见到一封信，至少要跟我打声招呼吧……”柯南暗暗叫苦，自己变成这个样子，实在太不可思议了，连自己的父母都没告诉。小五郎站起来，“这个小鬼不是阿笠博士寄放在这里的吗？那就去问问博士，看怎样跟他父母联络吧。”柯南大惊，急忙跳起来阻止，小五郎有些诧异，“怎样？跟你父母联络不行吗？”柯南头上冒汗，支支吾吾说不出话来。千钧告诉过他，帮他建造档案时，填写的父母都是千钧跟博士合伙伪造的，根本不存在，一问之下立马就要穿帮。如果不敢快想办法，工藤新一的身份就要立马曝光了。
这时，门铃响了，小兰将门打开，进来一位戴眼镜的胖大婶。小兰很是高兴，“柯南，有人来接你了。你看看门口的是谁？”柯南有些疑惑，这个欧巴桑不认识啊。小兰笑道，“你妈妈终于来接你了！”柯南大惊，“我妈妈？”胖大婶走过来，“小南，真是对不起啊，让你一个人留在这里，你一定很寂寞吧……哦，我可怜的孩子……”说完蹲下身紧紧抱住柯南，“不要担心，妈妈来接你回家！”柯南惊骇莫名，“你是谁啊？我不认识你！”小兰有些疑惑，胖大婶急忙道，“哎呀，你这孩子又在胡闹了！还在怪妈妈不早点来接你吗？都怪我留下他一个人寂寞太久了……”胖大婶拿出名片给毛利父女看，江户川文代，正是柯南的母亲，这个名字确实是千钧和博士在档案上伪造的。
小五郎点头，他的确见过柯南的身份证明文件，当然是千钧拿给他的。柯南大惊失色，“才不是呢！”柯南脑子急速转动，江户川柯南的名字是临时编的，他的母亲当然也是虚拟出来的，根本不存在，而且自己从来没有见过这个女人，千钧和博士那边如果有安排，肯定会事先打好招呼的。那么，这个女人为何要自称是柯南的母亲，这个人究竟是谁？
文代将柯南带了出来，门口停着一辆汽车。文代向毛利父女致谢，“多谢你们这段日子一直细心照顾柯南，我改日一定带厚礼登门致谢！”小五郎大喜，“好啊，我随时在家等候你的谢礼……”小兰有些伤感，“柯南，你到了那边记得给我写信啊！”将柯南送上车，小兰再次叮嘱柯南跟她常联系，“再见了，柯南！”大叔挥手大喊谢礼千万别忘了。
车子行驶在路上，柯南忍不住问道，“大婶，你究竟是谁啊？”文代大笑，“我不是说过吗？我就是你的母亲啊！”柯南恼怒，“才不是，我妈妈是……”文代冷笑，“工藤有希子！”然后说出了工藤有希子的生平。日本首屈一指的红影星工藤有希子，19岁时以出色的演技和美貌风魔了全世界，在20岁结婚嫁给了著名的推理藤优作，并退出了演艺圈，随后生下一子。目前将儿子留在日本，自己和丈夫在国外过着只羡鸳鸯不羡仙的生活。“我说的没错吧，你就是那个留在日本的独子，平成年代的福尔摩斯，工藤新一！”
柯南大骇，立即推断这个人可能是黑衣男子的同党，弄不好就是那个组织的成员。柯南情急之下想要跳车逃走，一把枪顶在柯南的额头，“小鬼，别想逃走！子弹是不长眼睛的，你如果乖乖听话，我会带你去个好地方！”柯南暗暗叫苦，想要找机会用徽章呼唤千钧，文代伸手从他怀里拽出了徽章，“你还想要找帮手啊，你还是死了这条心吧！等解决掉你的问题，我们的人会大举出动，去找你那个可怕的助手，也是你最后的王牌！平成年代的华森医生，千水千钧！”
柯南脸色大变，他们已经掌握了自己所有的情报，如果不赶快想办法的话，大家都会有危险。当车行到十字路口时，柯南突然用力拽了一下文代，文代的方向盘被带歪，车子斜着漂移出去，文代急忙踩刹车，在路口中央堪堪将车停住，差点就车毁人亡，引起周边行人