同治三年五月。江苏巡抚李鸿章奏调丁日昌到上海筹办洋务。丁日昌甫到上海，便协助李鸿章解决了“常胜军”裁撤问题，“常胜军”按期裁遣后，李鸿章对丁日昌的能力备加赞赏，并上奏朝廷，委丁日昌为苏、淞、太道。并要他创办江南机器制造总局。丁日昌买下美商旗记铁厂，合并上海、苏州两个制炮局，顺利创建了当时中国最大的枪炮厂——江南机器制造总局，再次显示了过人的能力。
同治六年夏秋之交，江苏境内风雨大作，清水河洪水滔滔滚滚，冲决了堤坝。淹没了大量田庄。时丁日昌在两淮盐运使任上，受江苏巡抚李鸿章委任前往治理。沿途只见生灵涂炭，哀鸿遍野。丁日昌心急如焚，行装甫卸即率各级官吏督修堤坝，并亲自担石填堤。然而，在湍急的洪流中，投下的石块泥沙多被冲走，收效甚微。丁日昌眉头紧锁。苦苦思索，想到一法，叫人砍来大批青竹，编成一个个肚大口小的箩筐，然后将沙石装入其中，再加投掷。此举果然奏效，不旬日间。堵住了决口。而后，丁日昌督率民役，昼夜奋战，筑起了坚固的堤坝。后来。当地群众称这道堤为“丁公堤”，纪念丁日昌的功绩。
同治六年十二月，丁日昌升任江苏巡抚。当时官场多为贪婪庸碌者充斥，吏治一片黑暗。丁日昌为自勉及训诫各级官吏，作一楹联贴于抚衙朱红大柱上。联云：“官须呵出，干来若处处瞻顾因循，纵免刑章终造蘖；民要持平，看去使个个流离颠沛，忍将膏血入私囊。”丁日昌主政江苏2年多时间，励精图治，仅清理积案就达27万多宗。朝廷为之诏示各省，以丁为勤政榜样。
事实上，林义哲和丁日昌的交集，很早就开始了，尽管二人并未谋面。
二人的第一次交集，是在天津教案期间。津案发生后，清廷谕示直隶总督曾国藩办理。但是法国方面狮子大开口，以至案件迁延不决。清廷谕令丁日昌星速赴津，帮同办理。丁日昌于七月二十五日到达天津后，进行了深入调查，在同法国方面交涉时，丁日昌一再指出法国驻天津领事丰大业开枪致使民情激愤，要求法国方面逮捕丰大业治罪；至于焚毁教堂等建筑及误伤无辜，亦属事出有因，除严办下手之人外，损毁建筑由总理衙门与各国协商赔款，误伤者后事由大清协助办理。法国公使等在确凿的人证物证面前，无可奈何，法国皇帝拿破仑三世得知后下令逮捕了丰大业。天津教案后来在林义哲的暗中斡旋下得以顺利解决，而在教案交涉期间，曾国藩心力交瘁，都是由丁日昌出面交涉，教案的解决，丁日昌其实也是出了不少力的。
在天津教案顺利了结后，丁日昌深深的感到，积弱的中国，欲图强盛，必须把造就人才作为第一要务。逗留天津期间，多次向曾国藩进言，鼓动曾国藩上奏朝廷派遣学生公费出国留学，得到了曾国藩的赞同。加之林义哲和李鸿章的助推，曾国藩的力奏得到了清廷的允准，外派官学生留学终于得以实现。是为二人第二次交集。
同治九年，丁日昌经深思熟虑后，上《条议海防》奏折，提出《海洋水师章程》，建议设立北洋、东洋、南洋水师，大力鼓吹洋务，深得朝廷嘉许，所提建议多为采纳实施。但如此一来，丁日昌却受到了保守顽固派的忌恨，虽然他能力出众，清正廉明，勤政爱民，但却被清流党骂为“鬼奴”，每当朝廷要升他的官时，总会有人跳出来阻挠，象这一次他本来是要由江苏巡抚转为福建巡抚兼总理船政大臣的，但因为清流党参劾他“结党营私”。结果只以巡抚衔担任了总理船政大臣。
“他们越是提这夷夏之防，我便越是要破了他们这个身之根本，为洋务之兴扫平道路。”
林义哲知道丁日昌脾气急，现在又在病中，生不得气，便适时的将谈话内容转移到了二人都感兴趣的造船上来。
“那些奸佞宵小，自有收拾他们的人。雨生兄不必理会。我等实心任事，干出一番经天纬地的事业出来，无愧于天地良心即可。”林义哲说道，“象雨生兄主持船政，新造之‘元凯’、‘登瀛洲’工期得以提前，早入海军。这成绩是明白摆着的，朝廷绝不会视而不见。”
“此二舰工期之速，并非我督导之功，实是船政员匠手艺已成，说起来还是你的功劳。”丁日昌笑了笑，说道。
而一提起造船，丁日昌的兴致明显的高了起来。刚才的抑郁之气也一扫而光。
“我看过鲲宇所设计之‘开济’舰图纸，精妙绝伦，法人亦赞叹不置。若能于我在任时得见此舰入我海军之列，则平生之愿足矣！”丁日昌兴奋地说道。
“雨生兄过誉了，以