等到众人再次叩头谢恩之后，徐应元依旧没有让众人起身，而是将身边的所有跟随着的小太监都赶出帅帐。
很快帅帐之中就只剩下站着的徐应元和跪着的勇卫营诸将。看着孙应元们一脸迷惑的样子，徐应元微微笑了笑，又从怀中拿出了第三道圣旨。而后在众人惊愕的表情中，再次宣读了起来。
这第三道圣旨无论是行文还是语气都与前两道完全不同。在这道圣旨中崇祯皇帝用平白的话语，告诉勇卫营的众人。新的军职将归为军机处单独管理，所有的晋升降罚都与兵部毫无关系。此外，任何外部官员无论是文臣还是武将，无论官职的大小，只要他身上没有新的更高的新军衔或是皇帝的圣旨，他都无权管理勇卫营中的任何事情。