巴拿马运河位于北纬9°，北美大陆分水岭在该处剧降至其最低点之一。运河并不是如一般人所想像的由东向西横过地峡。而是在大西洋一侧科隆的入口向南通过加通水闸进到加通湖的最宽处；然后急转向东，沿一条大致向东南的航道到达太平洋一侧的巴拿马湾。其位于巴尔博亚附近之终点在科隆附近之起点的东南，相距约40公里。
船只从大西洋通过运河到太平洋时，先经由利蒙湾内长约11公里的进口航道到达加通水闸。在加通有连续3座水闸将船只升高26公尺，进入加通湖。加通湖系由查格雷斯河上的加通水坝拦蓄而成，湖水源自阿拉胡埃拉湖，面积425平方公里，水深14～26公尺不等，至甘博阿长约37公里。切穿大陆分水岭的盖拉德人工渠就是从甘博阿开始的。这条人工渠平均水深约13公尺，延伸约13公里至佩德罗米格尔水闸。佩德罗米格尔水闸将船只降低9公尺，进入高于海平面16公尺的米拉弗洛雷斯湖。船只通过一条长约2公里的水道，在米拉弗洛雷斯由两级水闸降低至海平面。运河的最后一段是挖掘而成的进口航道，长约11公里，船只经此进入太平洋。运河全程的底宽至少150公尺；在加通湖，航道的宽度不等，介于150公尺至300公尺之间，而在米拉弗洛雷斯湖段航道宽度为225公尺。
中国方面也知道巴拿马运河开通之后会对中国产生巨大的威胁，也采取了不少应对的措施。在几年前的战争中，中国击败英法两国之后，从法国那里取得了位于小安的列斯群岛的瓜德罗普岛，使得中国的势力伸进了加勒比海地区。同时，中国在哥伦比亚租借的图马科海军基地和从厄瓜多尔租借的圣克鲁兹岛海军基地，都使得中国具备了在战时以最短时间的时间封锁巴拿马运河的能力。目前，中国海军太平洋舰队的主力已经从夏威夷群岛的珍珠港转移到了圣克鲁兹岛的阿约拉港。在图马科海军基地部署的则主要是轻巡洋舰和驱逐舰，便于对巴拿马运河附近进行侦查，一旦发现美国海军的主力舰通过巴拿马运河，则立刻向太平洋舰队司令部进行汇报！