诏令刚刚发出宫门，朝廷又闻汉中太守苏固急报，有汉中巫人张修率五斗米道教徒在巴郡发动叛乱，扰乱东川，攻打周围郡县。张修本系道家，又擅长巫术，常为当地百姓治疗疾病，凡被治愈者以五斗米为酬，并自愿归为部下教众，尊张修为五斗米师，图谋造反。苏固事先听了部下探报，见五斗米道乱状渐成，遂先发治人突发大军，将张修及其徒众一场奇袭，赶出汉中。张修失了汉中，只得向南逃到巴郡一带活动，因其身为巴巫，对巴人巫术自是十分熟悉，并以此传道，时刻图谋东山再起。至此灵帝中平元年，闻说张角率太平道在冀州反了，张修也于同年七月在巴郡发动五斗米道徒，趁势反于巴郡、汉中，攻夺州郡。
灵帝得此急报，心下大慌，只得再次问计于大将军何进。何进闻报心下也是惊慌，但以眼下军力，也只能是顾此失彼，无力兼顾。再三权衡之后，便奏劝灵帝道：“陛下休慌，臣以为汉中地处偏远，地广人稀，巴郡更是群山叠障，穷山恶水，自古以来飞鸟难度，能成甚么大事。汉中太守苏固手下兵多将勇，并颇晓谋略，区区张修不足为意。如今幽冀黄巾猖蹶，实为大患。可在平息冀州黄巾之乱后，派遣一员宗室勋将入蜀，叛乱即可平定。眼前只顾督促皇甫嵩、朱隽与董卓出兵，务必限期剿灭黄巾贼军，再剩胜西顾为上。”那灵帝本来是个没有主意的，听了何进之言，便不理苏固奏报，即刻下诏催促皇甫嵩和朱隽进兵。
皇甫嵩、朱隽领了朝廷限令，因见黄巾军势大，实在难以短时扑灭，遂面面相觑，坐困兽愁城。二人正在无计可施，忽闻报帐外有三员大将，领了五百军马前来报号，自称是涿郡刘玄德，奉了中郎将卢植之命，引关羽、张飞二人前来助战。皇甫嵩闻说是卢尚书派来之兵，不由意外之喜，急令请入帐中，相见已毕置酒相待，为其三兄弟接风洗尘，并问卢尚书广宗战况。刘备有问必答，将河北战事简单说了，又于酒席之间进献火攻夜袭之计，自告奋勇愿为前部先锋。皇甫嵩大喜从之，果然一夜间趁敌不备放火攻破宛城，杀了守将韩忠。皇甫嵩乘胜而进，接着大破张梁、张宝，复夺了颖川郡城。二张引败残军士夺路而走，却又遭遇骑都尉曹操，率一支朝廷禁卫兵马拦住，被大杀一阵，斩首万余级。张梁、张宝死战得脱，张梁逃往曲阳，张宝逃奔阳城。曹操见过皇甫嵩和朱隽，报说自己功劳。皇甫嵩对曹操大加抚慰，言说定将其大功奏报朝廷，曹操大喜，随即请命，引兵追袭张梁去了。
刘备见颖川贼兵大败，遂将卢植约会合兵之事向皇甫嵩、朱隽说了，即引兵复回广宗，向卢植复命。不料行到半路，却遇到从广宗败下来的官军，后面漫山塞野，黄巾军盖地追赶而来。玄德弟兄三人飞马引军而出，一阵冲杀，黄巾追军大乱，败走五十余里。汉军遇救，一个为首的将领过来向玄德致谢。玄德就问卢中郎何在？那员汉将惊异道：“将军尚不知道么？卢中郎因恶了钦使左丰，被他进谗言所害，今已解送朝廷问罪去了。现新任总兵，乃是骑都尉董卓。因他不知城中贼兵底细，以致误了战机，才有此败。将军即是卢中郎旧部，又救了我等，可随某去见董将军，必被见用。”刘关张弟兄三人听了，略一商量，因与那董卓素不相识，只得辞了那员汉将，连夜引军再来投奔朱隽。朱隽闻说卢中郎被奸人陷害，于是劝解玄德，定与黄甫嵩力保卢中郎；一面重新部署军力，与刘备合兵一处进讨张宝。
此时皇甫嵩已与曹操合兵北上，与张梁大战于曲阳，连胜七阵，阵斩张梁于城外。直到平定河北之后，才知张角已死，遂发开张角之棺，戮尸枭首，送往京师。大将军何进闻说河北之乱已平，贼首张角首级入朝，不由大喜，乃奏请朝廷加封皇甫嵩为车骑将军，兼领冀州牧，镇守河北之地。皇甫嵩又表奏卢植有功无罪，何进趁机逼勒百官联名上奏朝廷，声言十常侍一党把揽朝政，屈害忠良。灵帝只得下诏，罢黜左丰之职，即复卢植原官。曹操因杀贼有功，况且走了大将军何进的门路，当即被封济南相实职，即日班师赴任去了。
朱隽闻报张角、张梁两路贼兵皆平，便催促军马，率刘玄德三兄弟与张宝战于阳城。张宝急于为二兄报仇，率全军在城外列阵，声言要与朱隽决战。两阵对圆之处，刘玄德催马突出，觑得真切，暗处发箭射中张宝左臂，黄巾军大乱。朱隽趁势挥军大进，张宝带箭逃入阳城，坚守不出。朱隽催军全力攻打，围城十余日，四面水泄不通。挨到第十一日，城内绝粮，人心大慌。黄巾军遂起内变，部将严政刺杀张宝，出城献首投降。朱隽遂以得胜之师连平数郡，与刘、关、张率三军掩杀。得意之余却不防备，被黄巾党首孙仲引贼众赶到，复夺宛城。朱隽闻知宛城得而复失，急率刘、关、张三人杀回，离城十里下寨，一时无计可施。忽见正东旌旗招展，一彪人马前来，为首一将生得广额阔面虎体熊腰，却是吴郡富春人孙坚，现任下邳丞，因见黄巾寇起，聚集乡中少年并淮泗精兵一千五百余人，前来接应。朱隽大喜，便令孙坚攻打南门，玄德攻打北门，自己攻打西门，三面攻打，只留东门。
那孙坚领本部军来至南门之外，果然勇猛如虎，喝令催动战鼓，架起长梯攻城。孙坚附梯而上，独身一人首先登城，亲自斩杀二