西域人抱住班超的马腿不放。班超也不忍抛弃西域，上书汉章帝允许他继续待在西域。汉章帝同意了。
班超只带着少数随从留在西域，以西域都护的身份继续管辖西域，组织西域联军抗击北匈奴。
后来北匈奴内乱造成28万人脱离北匈奴逃入汉朝境内投降。北匈奴实力大损，无力顾及西域。
班超组织西域联军向西进攻莎车国。莎车因为不相信班超有能力控制西域，归附了龟兹国。班超于是决定拿莎车立威。
班超组织了两万多人的胡人部队进攻莎车。西北的龟兹国派兵五万试图救援。班超假装撤退吸引龟兹追击，然后突袭龟兹大营，将龟兹军队一举击败。
莎车见状立即向班超投降。
班超凭借此战威震西域，让西域人相信自己有能力维护西域的稳定。
丝绸之路通向国外的道路也因此被重新打通。
不过刚打通了西路，东路又被羌人截断。羌人在陇西发动叛乱。
安夷县（青海省海东平安县）的一个县吏强娶羌人女子为妻。这个羌人女人是有夫之妇。她老公一怒之下把这个县吏给杀了。县长不能不管，带人追捕这个杀人的羌人，进入到羌人聚集区。羌人哪管汉人的法律，见汉人跑到自己地盘来抓人，一哄而上把县长给杀了。杀完人开始后怕，担心官府报复，羌人索性起兵叛乱。勒姐、吾良、烧当等周边羌人部落也群起响应。
叛乱的羌人进攻金城郡（甘肃兰州），打败了金城的汉军。陇西羌人纷纷加入叛军。叛军达到五万之众。陇西烽烟四起。
汉章帝可以放弃西域但绝不能放弃陇西，当即组织兵力平叛。
三万汉军开往陇西，三战三胜平定了陇西。羌人战败逃回青海。汉章帝因为国内多事，不愿扩大战争，赶走羌人便收兵回营。
三万汉军开往陇西，三战三胜平定了陇西。羌人战败逃回青海。汉章帝虽然明白除恶务尽的道理，但身为儒生不好战争，赶走羌人便收兵回营。汉章帝没有乘胜追击彻底解决羌人之乱，给陇西留下隐患。后来羌人又反了。这是后话暂且不提。
汉章帝上台时没赶上好时候。荒年连连，粮价上去了，流民也开始增多了。汉章帝督促地方**做好赈灾工作。灾民如果想迁到其他地方，不要阻拦，妥善安置。流民如果返乡让沿途驿站提供免费食宿。汉章帝要求地方**重视农业生产，抓好春耕。
由于汉章帝措施得力，灾荒并没有造成社会动荡。
汉章帝以身作则大力倡导节俭，禁止车马住宅过于奢华、婚丧大操大办等铺张浪费行为。
马太后的侄子奴婢千人，宾客数百，马匹成群，宅院成片。汉章帝不留情面地下诏谴责。从此马氏外戚失去皇帝的宠幸。
汉章帝的皇后姓窦，是东汉功臣窦融的曾孙女。马氏外戚失势后，窦氏外戚宠贵日盛。窦皇后的哥哥窦宪恃宠欺人，连沁水公主都敢欺负，低价强买沁水公主的田庄。沁水公主是汉章帝的妹妹。汉章帝知道后大发雷霆，严厉训斥了窦宪，令他把田庄还给沁水公主。从此，汉章帝也不再重用窦宪。
东汉吸取王莽篡权的教训严防外戚掌权。但到了汉章帝这一代有点好了伤疤忘了疼。所幸外戚不争气，没成了气候。