土著们对于天花的抵抗力比移民们差的多，移民们最高约三成的死亡率，而岛上的土著因以前便有天花流传过，所以抵抗力不像印第安人那般死伤惨重，但患病死亡率最高的部落也有五成之高，而土著们对于烈性传染病的防范总归没有移民们那般严谨，此时许多的土著部落人口因天花之故，十去三四的不在少数！
新港城确实开发出了原始疫苗，但原始牛痘疫苗的脓浆获取不易，每一波采集都得等上十来天，牛或是人感染后除了接种的地方出现的小规模脓疮外，再不能获取更多痘浆，且耕牛和人类得病后便不会再得，所以前期的供应量不足，取得的所有疫苗必然先供应各地移民们。等到移民们都获得抗体后才考虑通过牛痘疫苗+粮食组成的胡萝卜，配合枪支火炮组成的大棒，迫使各地土著部落臣服。