铃原幸，因为意外事故，灵魂重生在这个新的世界，祸不单行，在年幼之时被组织以“银色子弹”作为人体试验，受尽折磨，最终试验成功存活。“银色子弹”试验成功了，但是留下旧疾，各种奇异病痛缠身，折磨了幸多年。好在组织中一位刚继承父亲代号“深水炸弹”的年轻科学家草薙八云，积极用特殊的药物抑制幸试验所带来的病痛，幸才能缓过气在组织成长。
幸并不知道自己服了长生药“银色子弹”，单纯以为是自身意志坚毅才大难不死，后来经历过不少生死劫难，尤其是组织一位代号“人头马”的科学家背叛组织，用研究的病毒兴风作浪，意图毁灭日本。幸在阻止人头马的过程中，身中数枪，子弹还贯穿了心脏，却奇迹般存活，自己还感染了人头马研发的100％致死的病毒，在没有注射疫苗的情况下自动痊愈，使幸逐渐明白童年时组织在自己身上做的实验是什么。
幸后来摧毁了组织，可是之后被朗姆迫害，朗姆丧心病狂地用病毒杀害了幸的朋友们，柯南、毛利父女、阿笠博士、少年侦探团等人。
幸一度颓废，不过因为哀还活着，他还没有放弃希望，希望用自己渺茫的力量尽力保护好她。在组织的时候，幸深感自己和哀是同一类人，同病相怜，并且在自己童年之时，机缘巧合下邂逅哀，因为她那张纯真烂漫的笑脸，使他心动不已，因此内心大受振奋，捱过了一切磨难，多年后两人再次相遇，经历了各种生死磨难，互生爱意，成为了一对情侣。
只可惜，因为朗姆一直针对幸，哀在他身边也受了牵连，两人被逼得走投无路，连绵的爆炸声在耳边响起，他们掉进了朗姆设下的陷阱，不过，两人没有一丝惧意，如果能和自己爱的人死在一块，未尝不是一件美事。
幸缓缓睁开眼，苏醒过来，发现自己毫发无损，也对，受“银色子弹”的影响，他是永远不会死去。幸发现哀不在他的身边，后来，更震惊的是，他发现周遭的一切十分陌生，花费了一番功夫，无意间从路人口中得知年份，仿佛在做梦，是那么的真实，他穿越到了半个世纪前。
正当幸浑浑噩噩地流浪街头，发现了穿着白大褂的志保，他又惊又喜地追上去，走近一点才发现，这只是一位跟志保容貌气质极度相似的女人。
那女人自称她叫伊莎贝尔，不叫什么志保，这个时候，几名黑衣男子招呼她回去，幸无意间听见他们唤她做“香槟”，猛然想起，他曾在朗姆的办公室看过她的资料。
幸出于某种目的，暗中跟了过去，潜入了乌丸集团的总部，却被伊莎贝尔发现，不过，善良的她并没有向同伙揭发幸，还好心收留了他。
没过几天，黑衣组织又做坏事，抓了一些幼童回来，幸惊讶地发现，哀也在其中。哀没有死，尚活在人世，幸喜逐颜开，不过很快忧心忡忡起来，因为马上就要对这批幼童进行人体试验。
在伊莎贝尔的帮助之下，幸偷偷放走了这些幼童，把哀救了回来，两人都很感激伊莎贝尔。伊莎贝尔说出自己的苦恼，一直处于黑暗深渊的她，厌倦了这样的生活。哀为了报答她的恩情，毅然服用了ax4869的解毒药剂，恢复成了成人身体，变回了宫野志保。因为她们两人很相似，所以志保冒充伊莎贝尔暂时稳住这里的人，幸带着伊莎贝尔逃离组织。然而，幸只是离开了几天，重返组织想接志保脱离的时候，朗姆偏偏在这个时候掀起动乱，反抗乌丸莲耶。志保多次尝试逃跑，却被抓了回去，关在了地下室。
幸费尽千辛万苦找到了志保，整个人都懵了，志保已经成了一具没有生命的尸体，她身上没有一点伤痕，也没有中毒的迹象，恐怕是用了特殊的药物将她毒害的。
幸悲怒交加，找朗姆算账，正撞上朗姆亲手了断了乌丸父女的性命，同时发现，这个时候的朗姆已经是不会死的了。朗姆不会死，而且他势力庞大，着实比自己强多了，贸然动手只是白搭，幸对于朗姆的研究，有所耳闻，又想到志保的死，还有朗姆在以后用研发病毒害死了朋友们，幸产生了一个长远的念头，一个字：忍。
幸大胆地盗走了乌丸唯的尸体处理掉，易容成她的模样出现在朗姆的面前，与其讨价还价，最终朗姆没有铲除组织。
幸使用乌丸唯副总的身份，外加早就死掉的乌丸莲耶的声望，加上朗姆的积极辅助，让差点死掉的乌丸集团慢慢还魂。
幸希望借助乌丸集团的资源，以及朗姆的能力，研究出“银色子弹”，复活志保，朗姆以为死去的志保是他心爱的女人伊莎贝尔，非常积极投入这场研究，征召了大量的人气和财力。
“银色子弹”的研究并不顺利，一直到多年后，被朗姆胁迫加入了组织的宫野厚司、宫野艾莲娜这对夫妇，他们进行的研究才开始有了突破和起色，很不幸，关键时刻他们意外丧生，研究的资料也毁了一大半。在宫野夫妇去世不久，一个没什么本事的科学家竟然有了重大的突破，“银色子弹”就此诞生了。
接下来的剧本，幸相当清楚了，亲眼目睹着小时候的他被做了人体试验，成为了“银色子弹”的唯一存活着。幸照着剧本走下去，虐待小时候的自己，逼他痛恨组织，埋下摧毁组织的根源。一切尽在掌握，幸造就了组织，造就了自己，自己和自己的组织做斗争，最终幸复习了一遍剧本，看着自己摧