平定萧铣，虽然大部分计策都是李靖出的。但作为这支大军真正的主帅，李孝恭还是得到了他应有的奖赏，被拜为荆州大总管，负责统辖荆州地区。后来，李孝恭又招降了岭南的冯家，让李家的统辖范围扩张到了南海之滨。
到了这时，李渊差不多已经统一天下了。
不过，值得一说的是，在隋末这场逐鹿天下的战事当中，有一个很有意思的现象，那就是北强南弱。隋末最强的几个割据势力，如李密、王世充、窦建德、李渊等势力，几乎都在北方。而南方，除了萧铣之外，其他势力基本都比较弱。至少，相对北方的那几个，是很弱的。在江浙一带，当时有个叫杜伏威的割据势力，在武德三年初就归降了李渊。然后，在李渊的支持下，这个人很快扫平了江浙一带，所以江浙一带也算不战而降。等到李渊打垮了窦建德的旧部刘黑闼以后，地盘彻底和杜伏威相接。这个时候，杜伏威并没有什么别的意思，而是直接去了长安，安心做一个太平王爷。
但问题是，杜伏威愿意降，他麾下的势力可不一定愿意。
就在杜伏威抵达长安之后，他麾下一个很重要的大将，直接拥兵自重，再次叛出李唐。因为当时杜伏威的势力，已经基本拿下了整个江浙地区，所以辅公祏这一反，整个江浙地区瞬间就丢了。
到了这时，李渊不得不派出李孝恭为帅，前去征讨辅公祏。
顺便说一下，当时的李渊，其实也没有别的更好的选择。他的次子李世民虽然更加能打，但是，先后扫平整个北方的李世民，声威已经太大了，严重威胁到太子李建成的地位。所以，自从李世民打垮了刘黑闼之后，李渊基本上就不让李世民再碰兵权了。
当然，虽然换上了李孝恭，结果还是一样的。当时唐朝已经占据了大半个天下，李孝恭麾下，又有李靖、李绩等顶级名将。这要是还能输了，李孝恭干脆撞豆腐死了算了。
李孝恭出兵之后，仅花了不到半年时间，就灭了辅公祏。至此，唐朝彻底统一天下。
从整个唐朝统一天下的过程，我们也可能看出。北方的几场硬仗，全都是李世民打下来的。而南方，则大多是由李孝恭打下来的。虽说前者难度肯定更大，但从战功来看，其实相差不多。
但是李孝恭和李世民相差的，或许也就是李渊儿子这个身份而已。
扫平了整个南方的李孝恭，这时非但没有任何得意，反倒开始有些害怕了。
因为他的功劳实在是太大了。
当时作为李渊儿子的李世民，都尚且受到限制，何况是他这个侄子?至于像李世民那样去争取皇位，李孝恭很清楚自己的斤两，干脆就没这个打算。
等到辅公祏被平定之后，这时的李孝恭，已经有了树大招风的迹象。毕竟在当时，大半个南方几乎都受他辖制。就在这个时候，有人开始诬告李孝恭谋反。对于这项指控，李渊选择了坚决彻查，将李孝恭召回了长安。当然，经过一番审查之后，发现李孝恭并没有任何谋反的迹象，所以就把他放了，然后封为宗正卿，实封一千两百户。
后人推测，当时诬告李孝恭谋反这件事，极有可能是李渊在背后指使的。因为当时李孝恭的权力，实在是已经有点大的吓人了。大到李渊不得不节制自己这个侄子。而通过这场子虚乌有的谋反案，先将李孝恭调回来，然后再彻底除去他的兵权，无疑是最好的选择。当然，若是李孝恭真的有意要造反，那自然更好，可以提前查出来。可以防范于未然。
就这样，自武德七年以后，李孝恭开始身居长安，做了一个安稳王爷。
身居高位、功劳极大，却又没有实权的李孝恭，其实最是安全。在后来的玄武门之变当中，满朝文武基本上都需要站队的时候，聪明的李孝恭是怎么做的呢？他选择了中立，既不帮李建成，也不帮李世民，因为他知道，无论最后谁坐上了皇位，他都是皇亲国戚，何必去做那可能掉脑袋的事情呢？
事实证明，李孝恭的这个选择是正确的，后来李世民登基后，并没有追查李孝恭，而是对他继续重用。
当然，李孝恭也知道“伴君如伴虎”的道理，虽然身居要职，但始终非常低调。到了晚年，李孝恭的郡王府中歌女舞女近百人，整日花天酒地，沉迷在歌姬舞女之中难以自拔，这样的生活一直持续了十四年之久。
历史上的贞观十四年，李孝恭因病暴亡，享年五十岁。追赠司空、扬州都督，陪葬献陵，谥曰元，配享高祖庙庭。
回顾李孝恭的一生，他能成功，能成为当时唐朝除李世民之外最大的一个功臣，主要靠三个优点：一是家世出身好：二是队友太牛;三是自己相对谦虚，能听得进李靖的劝诫。
而后来拿下了整个南方，完全可以说是功高盖主的李孝恭，竟然还能平稳落地，安享晚年。最大的原因，恐怕就是他知进退，不贪恋权力了。
所以罗逸觉得李二作为杀功臣比较少的皇帝，可以说有因为他的原因，也有因为这些个武将都是识时务的。
尤其是李孝恭，观其事迹，罗逸觉得他对于李二的威胁其实挺大的。但是他却能充分做到明哲保身。
而罗逸与他寒暄了一会儿