朝廷中，古旧派对光绪十七年公武派废除科举制度的《新科令》狙击未果，对于光绪十八年刘云提出《满汉合一谕暨除剃法令》进一步发动了最激烈的狙击。许多老臣以头戗地，叩头出血，次日朝会之前，倒悬宫门要求维持祖制的大臣有数十人，刘云奏请“凡闭蒙不思进取者，其心与后党同。”一下子吓住了大部分的古旧派群臣，光绪也有些色变。
文易、刘云二人当夜入宫（刘云管理宫廷宿卫，古旧派大臣非朝会不得见驾）向皇帝密陈，至天明方回。其后两天光绪未上朝（据说次日光绪自闭于屋中整日，再次日召见次谋部众官员，众臣出来后面带惊喜色，京城大小绣房当夜接到官家急活连夜开工）。其后第十一天，光绪又未上朝，次谋部众臣也未到场，只见全副武装的内卫军官带着大队士兵在殿中。在古旧派众臣沸沸扬扬，数十人齐声高声呼唤“圣上”的混乱中，光绪皇帝，在抛弃了假辫子，文官一律西服革履，武将一律身穿帝礼服的次谋部众臣簇拥之下缓缓而出。只见他身穿 “肩挑日月，背负星辰” 对襟、阔袖的正黄九龙衫袍，头上没有了辫子，不长的头发被通天冠束住，其他众臣见了俱是目瞪口呆。海军大臣张之洞学识渊博，立刻热泪盈眶，五体投地涕泣道：“圣天子万寿无疆，万岁万岁万万岁！”数位汉人大臣也纷纷伏在地上嚎啕，哽咽着称“万岁”不已。
内卫军官一声令下：“除辫！”内卫官兵纷纷把帽子取下，拽掉了假辫子。“反了，反了……”无数满族古旧派大臣面色如土，有几个行将就木的老臣受不了刺激，当场口吐白沫晕厥过去。光绪皇帝下诏道：“中华本属一统，复国制本合天意，朕乃中华之子，当为万民表率。”命内卫向所有大臣当庭发放新的朝服立刻更换，赐金剪刀允许自由剪辫，公武派及不少汉族大臣纷纷凑趣。随后，光绪帝在带领众臣到达天坛祭天，并写祭文送往盛京祭祖，宣布《除剃发令》（规定剃留自由）立即生效，并下诏各级官员按先中央，后地方逐渐易新服。
后来分十年废八旗制度的《民族法》、废除等级森严的贵族制度的《勋爵法》和建立先中央后地方、先特殊后一般，在光绪二十五年基本建立新型司法体系的《法院法》的一系列改革政策，虽出自次阁手笔，但多为光绪宣诏亲自宣布，古旧派大臣已经无力发动大规模抵搪行动。最后一次反弹是光绪二十年春，京畿八旗“清君侧，复古制”的旗丁暴动，还被卫戍师事先得知，尽数俘灭。为首的庆亲王世子载振死于乱军之中，庆亲王奕劻被新成立的最高法院合议庭宣判有罪，判处终身圈禁，成为司法改革后的第一个祭品。从此，朝中古旧派大臣式微，内阁为公武派完全控制。
虽然政见分别不大，但从光绪剃发事件开始，皇帝和内阁官员争相标榜民意进而争夺改革主导权的竞争却隐隐开始。退出行政的古旧派转而利用其尚被承认的社会地位，进入立法和司法机构，特别是常在主导立法的资政院设计对内阁的杯葛。因为资政院和内阁均在名义上对皇帝负责而不存在隶属关系，“院阁之争”成为控制行政的内阁推行帝国新政的主要障碍。有时，不愿意“武力干预民主制度”的内阁，也不得不依赖皇帝出面平衡资政院的反击。
改革自上而下强制推行起来也引发了不少问题。最根本的问题在于虽然政府机构中的反对派可以镇压，但民众观念的改变却也颇费时日；激进的改革甚至就在中央如何实际落实有时也是很难办的事情。
新科举推行后，罗素兰面对国家的师资力量严重欠缺的数所空壳大学欲哭无泪，绞尽脑汁去节省每年一亿元的西学教育经费。他彻查手下有没有贪污到了神经质的地步，甚至熟睡中听到“贪”字就能从床上跳起。千省万省，三千多万学校设备采购维护费、超过四千万元西方专家学者的聘金和近二千万的翻译费用是无论如何省不下来的（这还是在他强拉无数同志客串教师的前提下，如始作俑者马丰曾在一开始被他勒令每周完成28小时以上的教学任务，不得不把铺盖和每天的文件带到大学，每天夜里讲完了就在教师休息室继续办公）。幸好军事方面的教育特别经费不算在内，要不然连教育署少得可怜的经办人员们的月薪都发不出了。
而扛了一个中央银行的空壳的莫宁除了要保证军费，支持国家工商业（莫宁每次都是