黎珠逃往南定，惊魂过后即派人快马往升龙主府报讯，所派之人和范永锦派去报讯的是前后脚进的升龙城。
闻听水师全军覆没，升龙府的一干大越朝臣都是心惊，一向在深宫之中不闻世事的皇帝黎维祺也被这消息惊动，派人往主府询问郑柞明人为何会大举来犯，前方战事又如何，明人是否会深入腹地威逼京师。
黎维祺虽是傀儡，但面子上郑柞对他还是尊重的。他没有告诉皇帝明军来犯是因为他想讨好清朝所以扣押了明朝公主一行，并且事实上直到现在，郑柞也并不知道明军水师大举来犯的目的何在。
郑柞遣人对皇帝说，明人因受制于北面清军，且皇帝弃国，在国内无处立足，这才渡海来犯，妄图取大越一两地以为根据。战事方面，虽水师遭受大败，但明军亦无力深入，眼下尚在海阳水寨。
事实上明军现在已向山南关进军，但黎珠撤退太过匆忙，逃到南定之后慌里慌张的就上报升龙府，范永锦那边也是不知明军内情，以致二人都没将事情报清楚。郑柞这边自然不知具体情况。
黎维祺得此回报，自是大怒，发下旨意要郑柞即刻派兵剿灭明人，大越之土绝不能为明人所占，百姓更不能为明人荼毒。
郑柞接旨后，便召朝臣于主府商议派兵进剿之事。郑氏政权沿后黎朝官制，却是仿的北面他们看不起的明朝，相应官衙职署大体相同，南方阮主政权却是自设一套，以差司、将臣吏司、令吏司及知县知府等官员体系统治。
郑柞被皇帝黎维祺册封为西定王，按理其处所当称西定王府，但不管朝臣还是百姓，却皆称之为主府，意为郑氏之主府。而百官十之七八皆由主府出，郑家牢牢把控了这大越朝的权力。
最终，郑柞没有采纳大臣黎有德和陈玉厚的建议派人与明军谈判，以交还公主一行为条件换取明军退兵，而是委任都督统帅陶玉饶和大将武良率优兵一万三千余奔赴南定府反击明军，同时行文海阳、京北、山南、南定等十数沿海府州县，命各地召回在乡一兵，并行招募义勇，奋勇抗击明人。
郑柞这是被水师覆没给激怒了，自他接位以来，便战无不胜，还未尝有一败，尔今却是叫都已亡国的明人欺上门来，真可谓是可忍孰不可忍！
决意坚决予以还击明军后，郑柞又给北方的丁文左发去谕令，让他马上派人到云南和清军取得联系，在尽可能为大越争取最大利益的前提下，将那个明朝的大长公主和随行人员交给清方，以彻底断绝明人的指望。
陶玉饶领军出征之时面见郑柞，请示是否将兵败的黎珠锁拿解回京城治罪，郑柞思虑之后以黎珠乃郑家三代老臣，且一直忠心耿耿，许他在南定戴罪立功。
陶玉饶和武良率优兵出京之时，太平军第十一镇在都督赵自强的指挥下，已经夺取山南关，正向南定方向进军。而第十二镇在留下一旅兵驻防山南关的同时，分兵攻掠左右州县，以为大军补充钱粮。
水师方面也没有闲着，吴远派郑成魁和周胜各领一支船队攻打北面的鸿基港和南边的清化。郑、周二人得到的命令是尽最大可能抢掠安南人的粮食，然后将青壮年抓回船上，分批送往广东。
在明军水陆大举并犯之时，郑主谕令下达地方，郑氏所控沿海各级官府立即召回在乡一兵，并贴榜招募义勇。各地百姓闻北吴人事隔两百年再次来犯，均是同仇敌忾，踊跃报名参加义勇，积极支持和配合当地驻军对来犯明军作战。导致明军所到之处，无不遭到当地人的抗击。水师偏将周胜率师朝北攻陷鸿基，发兵四下掳掠之时，当地民众便自发组织起来袭击明军，迫使周胜不得不率水师退守鸿基港。
六月十三日，太平军第十一镇前锋甲旅抵达南定府所辖果安城，果安说是城，其实不过一小镇，根本无城墙可守，因此明军不费吹灰之力就拿下了果安。
胆怯的黎珠知道明军到达果安后，害怕明军会来攻打南定府城，便擅自派人与赵自强开始谈判，以期明军能够退军。但由于赵自强提出条件过于苛刻，黎珠不敢签订，结果风声走漏，郑柞大为不满，命将黎珠革职，由陶玉饶统一指挥南定左右安南军队作战。
十七日，赵自强不满黎珠突然被撤，探马又报左近发现不少安南军队，遂先下手为强，命令十一镇攻占南定府城的门户庆安城。陶玉饶闻讯派武良统优兵四千配一兵三千余增援庆安。结果庆安的安南守军虽英勇顽强，但终因寡不敌众被明军破城。武良救援不及，便令优兵1700余人，于黑夜出动，挈火箭、喷筒，夜袭庆安城，掷火焚烧，欲将城中明军烧死。明军派1500兵反攻，于夜色之中多扔轰天雷，结果安南军队抵挡不住溃退。
陶玉饶不甘庆安失败，又陆续调集兵勇准备反击。26日，陶玉饶以兵力已足，决定从三面同时反击，企图一举收复庆安、山南关、果安三地。结果接战均不利，纷纷撤回原驻地。
29日，驻山南关的第十二镇丙旅乘势攻打山南府，山南安南军队大败，被杀两千余人。30日，十二镇数百兵在奉命抓人抢粮时激起当地安南百姓反抗，16名士兵被打死。随后，该镇安南男女老少在村中集合，以黑旗为令旗，约定旗进人进，旗退人退。同时，还联络了附近的数千百姓，手持大刀、长矛，冒雨袭击明军驻地。
因天降大雨，火药受潮，明军无法发挥出火器