.a.众人将幕后黑手的帽子扣在马尔斯身上，与处于休整期的大红龙达成协议，登上对方的飞船前往泰坦空间站救出赵竹衣，郑辉为洗清怀疑也偷偷登舰。对一切心知肚明的龚安居带足人手亲自出马，也利用众人，出乎所有人意料地将泰坦空间站占为据点。东方银白和辛西娅大打一场，最后辛西娅却死于莱多尼之手，辛西娅唯一的愿望就是东方银白的自由。一番波折救回赵竹衣，林遵在外太空过了意义重大的生日并且成为了觉醒者。郑辉的影像被接了相应合约的青阳猎团拍到。艾克的朋友秋碧和青阳打了一场电子战，毁掉了影像，撤掉了合约。
新学期开始，.a.立刻受到了阿斯塔的责问，忍气吞声后大家安慰小萝莉，所有人都相信她。.a.在秋碧的帮助下开始调查魂务处。艾克建议将在营救赵竹衣时意外获得的大笔财富用于外域居点的建设，同时也可以躲开觊觎.a合约优先权而不断上门挑战的各路社团。莱薇则建议就安置在泰坦空间站，青阳猎团大找麻烦。郑辉被禁足，.a.众人答应她尽快回来。秋碧带来了自己的飞船，同时对据点的建设大感兴趣，也带来了五位主管消息：阿斯塔*谢兰是早已退役淡出所有人视野的上代银河联邦舰队总指挥官的名字，有传闻他参加了统一教；郑辉没有任何资料可查。众人推测出阿斯塔极有可能是总指挥官的克隆体，为了统一教吞食而合一的理念存在。
随即，学校内的异教典研究ghk员全部死于大火。秋碧的调查被严重阻碍。
人类文明议院和周边种族文明的小摩擦有升级的迹象。.a基本完成了泰坦空间站据点的建设，秋碧建了一所孤儿院。申请的校外期还有一段时间，.a直接注册为正式的星际猎。艾克一心想要测试新的铭文系统的效果，被青阳算计，经由秋碧的父亲秋禅客推荐，秘密接下外交部长巴斯蒙委托的侦测一个殖民地外种族活动情况的任务。没想到地方人类武装突袭，摩擦直接演变为小型战争，林遵第一次见识到战争的残酷。.a众人被人类武装和殖民地武装双面攻击，勉强杀出一条血路，为了救艾克林遵失去左臂昏迷，艾克的颈带被打断，露出真容—她实际上是塞拉瑞的王女莉迪雅*拉蔻洱，塞拉瑞反抗突锐侵略者的最后希望。此役艾克和莱薇成为觉醒者。最后被其他安全返航的.a成员找来的秋碧，带着颈带救回两人，众人发现了冲突背后统一教的影子。
长回左手的林遵对昏迷时照顾他的莉迪雅念念不忘。林遵向龚安居询问关于阿斯塔的信息，对方要求的代价是获取某星球的持剑淑女的分布资料。这是一种制作新型毒品的植物原料。大红龙获取后需要按点销毁。打算在该星球势力的核心区偷取资料的.a，碰见了实力极强的星际独行大盗黑隼。黑隼打败了.a所有人打算带着资料离去，却被莱薇阻止了。事后询问，原来黑隼真名为尼尔*卡夫瑞，是莱薇的父亲。更多的莱薇不愿说，林遵只好拜托秋碧调查，同时自己也以伪造身份发布委托想吊黑隼出来。
回到地球的.a.参加完期末考。林遵把持剑淑女的资料交给龚安居，换取了关于阿斯塔的真相：作为克隆人的阿斯塔，诞生便被总指挥官用统一教的秘法植入了小部分总指挥官的灵魂。那之后他自己的灵魂就和总指挥官的灵魂一直在争夺身体。还能保持自我的时候，他逃跑了，同时借助一个古老的铭文系统，把总指挥官的灵魂再次分割并隔离出来一部分，连同那个铭文系统一起封印在了逃跑时抢夺的总指挥官的外孙女身体里，女孩儿沉睡但阿斯塔得以苟延残喘。阿斯塔逃至地球，出资参与了觉醒大学的二次扩张建设，将真相告诉了初代的大红龙骑士团团长，并且定下长期合约：时刻监视他的灵魂波动，一旦发生变化就将他强制留在地球上，给予的代价是大红龙在学校里的超然地位。到如今也有五十年了，十三年前郑辉苏醒并成长，这给了阿斯塔极大的恐惧。
在一次争夺身体成功后，总指挥官定计，借助【基督的见证人】终于毁掉了一直以来对阿斯塔魂波的监测记录和大红龙保留的合约刻本。
艾克在检查了阿斯塔的魂波正常后，.a.众人和他一谈，阿斯塔痛苦地承认了一切。郑辉偷听到了谈话，察觉到的阿斯塔情绪激动，身体失守。.a众人和总指挥官大打出手，惨败。情急时林遵二次觉醒，还是惨败，之后东方银白和赵竹衣再次觉醒，还是惨败。最后龚安居出手帮忙，才让阿斯塔恢复正常。铭湖底传来骚动，一个黑发的年轻男子醒了过来，爬上岸。
众人对指挥官的实力有了深刻认识。赵竹衣教给了阿斯塔固守本心的秘法。林遵和诸位妹子的关系近了一层。
暑假各人过着各自的生活。名为星海的黑发男子找到了林遵，他似乎认识林父。星海和林遵打了一场，一直强调这是宿命，还有更加严苛的命运等待着林遵。
新学年，林遵的冰冷系妹妹林瀞入学。.a.一阵鸡飞狗跳。
为了缓和与突锐人之间的关系，人类文明议院邀请突锐使团参观学校，由外交部长巴斯蒙*埃德勒陪同。使团尤其对恢复元气的大红龙感兴趣，导致骑士团很多活动被迫停止。星海加入了大红龙。龚安居委托.a进行调查。发现使团与部长真实意图是搜索逃至地球的塞拉瑞之子莉迪雅。为了维持原来与艾克的协议，龚安居迫使林遵设局