辽西暂时平定下来，秘密的谈判一直都在进行。
这就苦了陈新甲，身为兵部尚书，既要考虑到与后金的谈判，又要考虑到李自成和张献忠两路流寇，可谓是焦头烂额，偏偏他与内阁首辅钱士升的关系一般，钱士升也好像看热闹一般，不帮忙出主意，也不过问。
可能是因为太忙了，陈新甲将与后金商谈的最后文书，放在了家中的书房桌上，管家疏忽，没有及时收起来，结果被前来拜访的内阁首辅钱士升看见了。
这一下子掀起了轩然大波。
后金鞑子是大明朝廷最大的敌人，身为内阁次辅、兵部尚书的陈新甲，不想着如何打败后金鞑子，收复失去的土地，反而想着与后金鞑子媾和，这简直就是出卖大明朝廷，上对不起皇上和祖宗，下对不起亿兆的百姓。
此事随即在朝中产生了巨大的争论，陈新甲自持有皇上撑腰，还自我辩解，殊不知这个时候皇上也不会公开为他撑腰了。
陈新甲很快被投入到大牢之中，与后金议和之事不了了之。
更大的打击随即而来，辽西之战结束之后，皇上和朝廷以为太子太保、兵部尚书、蓟辽总督洪承畴已经战死，敕封其为太保，以表彰其誓死抵御后金鞑子的事迹，想不到辽西方面很快传来消息，洪承畴和祖大寿等人被后金鞑子生擒，已经于五月投降后金了。
盛怒之下的皇上，撤销了洪承畴的所有封号，将其贬为庶人。
这个消息犹豫寒潮，影响到了朝廷上下的心境。
钱士升等人借着这个潮流，要求皇上处死与后金勾结的陈新甲。
朝中还是有有识之士，一些人私下里提出来了，认为陈新甲与后金议和，也是为了能够稳住辽西的局面，让朝廷能够休养生息，可惜这样的意见，早就被愤怒的情绪淹没了。
狱中的陈新甲，得知洪承畴投降后金的消息，面如死灰，他知道自己的死期恐怕也要到了，为了能够活命，陈新甲吩咐家人上下打点，为的就是能够让皇上和朝廷放过他，之前的硬气此刻也不存在了。
可惜陈新甲的所有努力都成为了无用功。
自知死期已到的陈新甲，终于绝望了，他在狱中写下了信函，秘密交给了家人，得到大量银子的狱卒，睁一眼闭一眼，没有去过问，至于说这份信函究竟是给谁的，没有人知道。
崇祯十五年七月中旬，陈新甲被公开斩首。
而这个时候，大明朝廷已经陷入到水深火热之中，后金在辽西虎视眈眈，李自成和张献忠两路流寇愈发的庞大，李自成的兵锋已经直接指向山西太原，而张献忠则是调整了进攻的方向，大军前往四川，在攻克了夔州等地之后，兵锋直指成都。
一直到这个时候，都没有谁提及郑勋睿和郑家军，陈新甲被斩首之后，内阁完全被钱士升等东林党人掌控，朝中东林党人的力量大盛，被发配到山海关的钱谦益和瞿式耜悉数都回到了京城，解除了流放。
朝中的文武大臣发现，皇上突然变得有些消沉了，尽管说早朝还是参加，可神态完全变化，很多时候呆呆的不说一句话，似乎是对一切都失去希望了。