郑勋睿没有仅仅停止在调整江西巡抚和江西府州县官吏的基础之上，他按照徐望华和杨廷枢等人的建议，亲自给福建总兵郑芝龙和黔国公、云南总兵沐天波写去了信函。
之所以亲自写信函，是因为徐望华等人起草的信函，郑勋睿都不是很满意，口气太软了一些，要求也不是特别的明确。
郑勋睿亲自写出来的信函，清晰明了，要求非常的明确，就是告诉郑芝龙和沐天波两人，接下来需要怎么做，若是达不到要求，要么自行离开福建和云南，要么就被郑家军围剿。
郑勋睿提出来的要求，可以说是严苛的，郑芝龙和沐天波必须降服郑家军，自身不能够掌控任何的军队，本人要到南京来，可以出任南京的官员，但不能够回到福建和云南等地，不得与当地有什么接触，包括他们的家人都要跟随来到南京，他们麾下的军队交给郑家军处理等等。
这样的要求，一般人是不可能接受的。
按说郑勋睿也不应该提出来如此过分的要求，不过郑勋睿没有闲心思去和郑芝龙、沐天波等人纠缠了，他没有那么多的时间去慢慢解决问题，若是北方发生了巨变，南方尚未基本稳定下来，那么郑勋睿面临的处境就有些恼火了。
徐望华和杨廷枢等人不是很明白郑勋睿的意思，曾经就如此强硬的书信提出了异议，郑勋睿耐心的给他们解释，主要是分析北方的局势很有可能在短时间之内大乱，而南方必须在短时间之内稳定下来，郑家军才有可能真正将大部分的兵力投入到北方去，平定北方的局势，以至于真正的统一大明之天下。
徐望华和杨廷枢勉强接受了郑勋睿的看法，不过他们还是有异议，他们认为南方的南直隶、浙江、山东以及江西等地稳定下来，包括湖广和四川也稳定下来，郑家军就有了足够的依靠，完全可以放心的征伐北方，而不需要整个的南方都稳定下来，郑家军一旦稳定了北方，同样可以抽调兵力，继续来稳定南方，一切的行动都要看失态的紧急程度。
应该说徐望华和杨廷枢的建议是可行的，也是正确的，任何的事情都不可能做到十全十美，郑勋睿的做法，有些过于的追求完美了，其心思已经放到了整个的天下，不局限于某一地了，这样会让自身很累，有些事情也不可能做的很好。
经过了数次的讨论和辩论，甚至在淮北主持治理大运河的周延儒也专程回到了南京，参与了这一次的讨论，周延儒同样是支持徐望华和杨廷枢的，认为南方彻底的稳定需要时间，不能够一味的采取强压的态势，郑芝龙和沐天波在地方上经营多年，有着雄厚的基础，完全采取军事进攻的方式，可能引发不必要的波动。
郑勋睿最终接受了众人的建议，修改了给郑芝龙和沐天波的书信，他也认识到自身的心急和完美主义了，治理这么大的地方，有些事情的确不能够着急，欲速则不达，这是最为简单的道理，想要南方各地都如同南直隶一样，那是不可能的事情，几百年之后这种发展不平衡的状况都无法彻底改变，就不要说现如今了。