只要稍微了解曰本历史的人，便知道这个决定并不可笑，因为曰本的和尚比中国的和尚可牛多了。他们虽然冠以出家人的身份，但实际和普通人一样可以娶妻生子喝酒吃肉，还有不纳税，不服役等特权。
当时的各大寺庙都十分强悍，其中一向宗的势力最强。作为一向宗的总本山——石山本愿寺，在战国时期聚集了为数众多、向心力极强的武装门徒，面积和人口不断扩大，并在最后成为了拥有八个街区，幅员数十平方公里的大城郭，还在周围修筑了护城壕、碉堡以及与之相对应的城防工事。与其说是寺院，不如说是为战争而准备的坚城，又位于通往京都的要道上，战略地位十分重要，成为连战国大名都不得不害怕，却又想尽办法拢络的庞大宗教势力。
在第一次‘信长包围圈’中，石山本愿寺扮演了很重要的角色，他们不仅居中协调，组织各家出兵，还向各地的门徒发出了‘蜂起’的法旨。全国各地的狂热门徒众在各自的所在地发起战斗，破坏桥梁，烧毁物资，袭击守军。使信长一方陷入了无边无际的人民战争中，而反信长联军则因此游刃有余，连战连胜，将信长逼上了绝路。
一向宗的门主显如，是一个聪明的战略家，他准确地抓住了信长的命门。按照他的想法，只要联军能够拖住信长的主力，那不断蜂起的教徒起义，必然能够使信长那不多的剩余力量转战各地，疲于奔命，最终消耗殆尽。也许不用经过什么大的战斗，就可以将信长包围网越拉越紧，从而将信长活活给勒死在这张网里面。
可惜，这个反信长联合体是一个各自为战，没有统一指挥的无头巨人，所以显如尽管机关算尽，依然对信长无可奈何。尤其是武田信玄突然逝世，武田军退回甲斐之后，信长通过天皇与各家达成和解后，把矛头指向了一向宗，本愿寺不得不依靠自己的力量来和信长作正面冲突。战略的大逆转就此形成。
隆庆五年五月，重整军备的信长发起了反扑，发誓要屠尽敌人。事到如此，显如也只好硬着头皮单干了。
可是已经从包围网中解脱的信长早就是游刃有余了。腾出手来的他终于可以和一向宗算总账了。为了攻陷这座坚城，织田方在本愿寺的周围一连修筑了十多座支城，并在沿岸地区加修了碉堡，封锁水路。顷刻间，显如苦心经营的‘信长包围网’变为了‘信长的包围网’，把显如自己给兜了进去。而本愿寺的灭亡似乎也近在眼前，不可避免了。
但这时候，在遥远的西方，又一个反信长势力粉墨登场，从后台来到了前台。由由毛利辉元统领的毛利势，在将军的推动下，撕毁了和信长的盟约，加入了反对信长的行列中。当然，辉元也不是那种被人家一说就动的主儿。他和信长撕破脸的主要原因，还是因为他认识到了如果本愿寺被亡之后，那信长下一个要对付的就是自己的这个事实，所以他要全力支持本愿寺这个反对信长势力的重镇，以期拖住信长，为自己赢得时间。
当是时，信长家的水军将领九鬼嘉隆，已经截断了本愿寺军的海路并且封锁了海岸，为打通本愿寺的补给线，一直为辉元所引以为傲的毛利水军开始行动，为处于封锁内的石山输送补给物资，双方爆发了激烈的海战，最终毛利海军大败由九鬼所统领的织田水军，将重要的兵粮悉数送进了大坂，极大地提高了本愿寺方的士气和勇气。
这时候，显如通过联姻，又为自己在东面获得了一个强援，与武田信玄不分伯仲的上杉谦信。于是，本已岌岌可危的本愿寺再次起死回生，由被动转为主动。受此激励，反信长势力的活动再次达到了高潮，原先投降信长的势力纷纷反叛，投入了本愿寺、毛利的怀抱。
对信长来说，本愿寺真像一个多头怪物，每次砍掉他一个脑袋，他很快又在别处伸出一个来继续和你做对，简直成了打不死的九头蛇。但织田信长岂能善罢甘休，为了对付毛利方的精锐水师，织田军开发出了战国最初的铁甲战舰——大安宅船。这种以铁甲覆盖，不怕火箭和火枪攻击的巨舰的登场，宣告了毛利氏制水权的易手。在时隔两年后的第二次海上交手中，以六艘铁甲舰为核心的织田水军，重创了号称无敌的毛利水师，本愿寺与外界的水路联系，眼看又一次要切断了。
然而双方快要分出胜负的时候，一支神秘的舰队杀进了战团，这支舰队快速敏捷、火力凶猛，让曰本人见识到什么是真正的炮击。几次穿插，几次齐射，就让不可一世的铁甲舰燃起了熊熊大火。有这支舰队缠住了六艘铁甲舰，战局登时逆转，行将崩溃的毛利水军重新振作起来，对织田军的其余战舰展开了猛攻。
最终在不速之客的帮助下，毛利水师歼灭了织田水师的大部，又一次取得了胜利。
得知自己耗尽家底组建的无敌水军覆灭，织田信长失神良久，长叹一声道：“天下不再是我能夺取的了……”事后他调查得知，那支突然杀出，改变战局的水师，竟然是显如和毛利辉元，花重金雇佣的五峰舰队。虽然恨极了这些中国海盗，但是为了扭转不利态势，他还是主动向毛海峰派出了使者，表示无论显如和毛利辉元许给他什么报酬，自