与西藏葛厦政府方面的举棋不定、临阵换将、布置失当相比，国防军则布置十分周密。12月3日，吴子玉在玉树向第50山地师、第60山地师发出昌都战役政治命令，要求部队注意自身安全，团结藏族人民，严格军事纪律，发扬国防军战必胜攻必克的精神，保证“战役在军事上政治上的全胜”，“彻底光复雪域高原”。
共和9年12月6日，昌都战役的序幕拉开后，实施外线远距离大迂回的北线右路部队（快速反应66师为主力配合几个营的原滇军骑兵），在高原上纵横跨三个省区（西康、青海、西藏），14天走了约1500华里，穿过横断山脉，两渡金沙江和澜沧江及许多不知名的山河，在甲藏卡和类乌齐等地打了几仗；因连续行进，许多战马先亡，不少骑兵变成步兵，终于在前指要求的时间内，赶在藏军西撤之前到达昌都以西称为“五路口”的恩达，艰苦地完成了大迂回包围的任务。然后从西往东堵击由昌都撤出的藏军，胜利地配合主攻部队，将昌都地区的藏军全部、干净、彻底地歼灭。
迂回部队渡江后，南北两线的两个山地师的攻击部队，分别在几个渡口陆续渡过金沙江，迂回部队和跟进的北线左路主攻部队渡江时未遇藏军抵抗，北线左路和南线攻击部队在德格岗托和巴安（现巴塘）西北之宋瓦卡美两个dian渡江时遇阻强攻，都被我军炮火击毁，部队在未遭受重大损失的情况下很快渡江成功。渡江后，北线左路主攻部队在小乌拉等地遇到藏军较强的抵抗，不过藏军在我山地师的75山地榴弹炮和迫击炮的火力压制下被歼灭或弃阵溃逃。
为了不给藏军喘息机会，各部队忍受着空气稀薄、饥寒、劳累等痛苦，日夜兼程，连续作战，连战皆捷。岗托方向的北线左路攻击部队在追击中，于同普之足雍将大股藏军歼灭。南线之山地60师某团，歼藏军近一个甲本（相当小连）。在国防军的政治攻势和政策感召下，藏军第九代本主官德格??格桑旺堆于12月21日率部起义，宁静（现芒康）和平解放。此时滇军改编后的国防军云南边防总队第4纵队，消灭和驱逐“民兵”、僧兵和一部藏军，占领盐井等地区。快速反应66师第二团随后向西发展，并分别执行拦截藏军之任务。昌都藏军无力抵抗，弃城西撤，北线主攻部队山地50师随之进城（左路部队和山地50师一个团相继跟进），并消灭没有撤走的藏军200余人，昌都从而解放。昌都总管唐普旺吉率残部西撤至拉贡附近，当听说国防军已堵住去路后，折回昌都西的朱古寺，与国防军联系后，令藏军2700余人全部放下武器。共和10年1月4日，昌都战役全部结束。
从12月6日至1月4日，昌都战役历经28天，先后打了20多仗，共歼灭藏军5700余人，计有5个代本全部，3个代本大部。1个代本起义。共俘代本以上高级官员20余名，俘获在藏军中服务的英国人报务训练师纽曼中尉及印度人2名。可以说，在昌都战役中，藏军主力已被消灭。
昌都战役不是为战而战，也不是只为消灭藏军和解放昌都而战，仍是为和谈而战，打下和平光复西藏的基础。昌都战役情况传播到西藏各地后，拉萨上层统治集团一片混乱，恰在此时，一支由4架大型飞艇组成的巡航飞艇编队出现在拉萨上空，当然是夜间，趁着夜色浓重，一支140人的突击部队701战术特战连带着全副装备，在统调局的藏族特务人员的指引下降落在色拉寺以南的一块坝子上。手持管道工和精确秦弩的士兵，还得到了四门60迫击炮和10支50掷弹筒的支持。此刻拉萨失去连各个宫殿和政府部门的卫兵算上还有一个半代本，而且大多在布达拉宫外的鲁普岩寺宿营。被特种兵冲进去一顿狂虐，剩下的不到200人都选择了投降。而葛厦政府内的一个甲本的士兵还在政府官员的指示下继续顽抗，企图拖延时间，不过在迫击炮的轮番轰击和改装为空中炮艇的飞艇的联合肆虐之下，没坚持过半小时，结果被铝热燃烧*弹给一锅焖了。
藏传活佛看着东面葛厦政府的冲天大火和在黎明的晨曦里依稀可见的围拢过来的士兵和飞行炮艇，他的面色无喜无悲，只是把手揣进了大袍子的内衬。不过等喇嘛们聚集过来聆听佛旨的时候。活佛只是很疲倦的转身去坐禅了，在空荡荡的长廊里留下一句：
“太阳升起来了，迎接信众们吧。”众喇嘛面面相觑，门外人倒是不少，是不是信众不清楚，不过手里的家伙可真能送人上西天，至少比起他们的转经筒效率高的多。
大喇嘛好歹明白事理，略微一琢磨就明白了老大的意思。高宣佛号，给小喇嘛们吩咐一声“开门迎客了。”