就在琉球岛上的战事如火如荼的时候，在西南太平洋战区，婆罗洲战役仍在激烈地进行。离预定的进攻日本本土还有5个月时间，麦克阿瑟在马尼拉几乎无事可做。他不甘寂寞，决定亲临婆罗洲前线进行巡视。6月3日，他在艾克尔伯格陪同下登上“博伊西”号巡洋舰南下。他们大致沿着1942年逃出科雷希多时的路线，先到民都洛，然后到棉兰老，接着又去了宿务、内格罗斯和巴拉望。艾克尔伯格中途返回棉兰老，继续指挥那里的战斗，由肯尼接替他陪麦克阿瑟前往婆罗洲。
6月8日，麦克阿瑟一行离开巴拉望，前往文莱视察将在那里进行的登陆。
6月1o日，澳军在未遇多大抵抗的情况下顺利上陆，并向腹地推进。登陆两小时后，麦克阿瑟和肯尼等也上了岸。附
近仍有日军不断射击的枪声，这使肯尼感到非常紧张。但麦克阿瑟却无所顾忌地大步往前走，显得很开心，还不时地同士兵们交谈。这时，一位一直跟在麦克阿瑟身旁的摄影记者被敌人的一颗子弹击中了肩膀，肯尼借此强行把麦克阿瑟拉回到舰上。第二天，他们又上了岸，坐上一辆吉普车去寻找更多的麻烦。他们来到丛林深处，被一位澳大利亚军官挡住了去路。麦克阿瑟表示抗议，仍要往前走，但那位军官不听邪，就是不放行，还说这是他生平头一回看见一位总司令当尖兵。
结果，他们在附近转了一圈，最后觉得再没什么可看的了，才返回“博伊西”号。
6月12日，“博伊西”号经和乐岛和棉兰老北返。麦克阿瑟回到马尼拉后，正赶上哈尔西从莱特前来见他。这是他们一年来的次晤面，自然异常高兴，一起共进了午餐，并谈起仍在进行的冲绳岛战役。麦克阿瑟批评这次战役代价太高，太浪费，认为与其用正面强攻去消灭敌人，不如以逸代劳，建立防御阵地，将敌人困死。哈尔西则批评斯普鲁恩斯对舰队的使用不当，认为他不是用其对日本本土进行战略袭击，而是束缚于冲绳附近进行消极防御。他们谈得非常投机，情绪都很激昂。
6月中旬，澳军在打拉根登陆成功后，开始准备在婆罗洲的巴厘巴板实施第二次也是最后一次登陆作战。巴厘巴板是著名的石油产地，日军在此建有最坚固的水际滩头防御工事，布设了大量水雷和障碍物，并在岸滩后面的高地上配置了火炮以封锁滩头阵地。为摧毁这些工事和障碍物，盟军在登陆前16天就开始了舰炮火力准备，共射16万炮弹，为西南太平洋部队实施预先火力准备时间最长、规模最大的一次。期间，扫雷艇和水下爆破队完成了登陆水域的清除任务。6月27日，麦克阿瑟为观看巴厘巴板的登陆情况而再次乘“博伊西”号南下。
7月1日，登陆跟行动刚开始不久，麦克阿瑟即命令马上派一艘汽艇来送他上岸。但负责作战的海军将领认为当时滩头正处于敌人的炮火之下，因此未按预定时间派汽艇来。麦克阿瑟让手下人告诉这位将军：“立刻派汽艇来！”5分钟后，汽艇果然来了。上岸后，他在一个离日军阵地不到2oo码的高地上驻足，与战地指挥官一起查看地图。这时，日军一挺机枪向他们射来，溅起一片尘土。其他人都卧倒在地，唯有麦克阿瑟仍站在那里若无其事、一动不动地还在看地图。末了，他把地图交还给那位军官，并指着附近的另一个高地说：“我们去那里看看。”当他们从高地上下来时，那挺机枪又扫射过来，打落了他们身旁树上的树叶。麦克阿瑟转身对那位指挥官说：“顺便提一下，我想最好派几个人干掉那挺机枪，免得它伤了什么人。”过后，美国的一家报纸以《卧倒，将军，卧倒！》为题，强烈呼吁麦克阿瑟下次再生这样的情况，听到卧倒的命令后，可别再站着不动了，以免带来毫无意义的牺牲。该文还讽刺说：“您真以为危险是那么甜滋滋的，她的脸蛋是那么白哲，使您沉迷不能自拔吗？常识断定应该卧倒，您就要卧倒。您不必使您的士兵信服您是一位勇士。您不必使我们这些纳税人和战争债券的购买者信服。”
7月5日，麦克阿瑟返回马尼拉。在前一天，他已宣布菲律宾战役正式结束。实际上，克鲁格在吕宋的清剿作战还远未结束，他只消灭了1o万余日军，还有6万多躲在吕宋北部山区，他们直到战争结束才投降。但这股几近弹尽粮绝、疲惫不堪的残敌，此时已构不成什么威胁。在菲律宾战役(包括莱特、吕宋和南部诸岛作战)中，日军共被击毙4o余万人，而美军则只伤亡6.2万人(其中亡1.4万)。与日军的损失相比，美军的伤亡是微不足道的：每阵亡1人，就有3o名日军被打死。在婆罗洲战役接近尾声时，麦克阿瑟还拟制了爪哇登陆计划，以夺取荷属东印度群岛，恢复荷兰人的殖民统治。但参谋长联席会议考虑到进攻爪哇在战略上没有什么意义，且盟军要全力用来准备对日本本土动进攻，故未批准该计划。对此，麦克阿瑟认为这是一个严重错误，是政治在干涉军事。
为彻底摧毁日本的战争潜力和日军的抵抗意志，创造进攻日本本土的有利条件，美军从3月份开始还加强了对日本的空中轰炸和海上封锁。第2o航空队在柯蒂斯李梅将军指挥下，从关岛出动第一次低空大规模“火攻”，共投燃烧弹1667吨。东京顿时成为一片火海，1／4以上的市区被烧毁，8万多人被炸死或烧死，1oo万人无家可归。