所有重要的日本战犯都被统一收容在东京巢鸭监狱，这里还关押有大量的日军被俘官兵。重要战犯每人独居一室，房间长八英尺半，宽五英尺，高十英尺，配备有桌子、洗脸设备的厕所，地上铺着稻*垫。其他战犯2至6人同居一室。室内卫生由战犯自己打扫，看上去倒也干净整洁。牢房的灯昼夜不熄，美国宪兵在走廊里不断走动，见有人躺下，就走过来用棍棒敲门或用脚踢，还打开外面的铁丝门，以防战犯自杀等不测。
早晨6点，美国宪兵就拎着大串的钥匙，哗哩哗啦地依次打开囚室的铁门，用生硬的日g高喊：“起来!喂，大川周明起来!”“土肥原贤二起来!”
战犯们起床漱洗、入厕、打扫卫生，然后都集中到院子里去做操。做操时有的揉进了剑道枪术，不知是为了健身还是表达一种反抗精神；有的则无精打彩，前外相重光葵只有一条有筋有血的腿，只是敷衍一下了事。
接着开早饭，无论是大将还是中尉小队长，一律都捧着自己的饭盒在走廊里排队打饭打菜，帝**队森严的等级制度都是昨夜的梦，大小战犯的身分都是战犯。
白天根据不同的条件和兴趣，有的下围棋、象棋、打麻将，有的闭目养神想拳经，有的闲得无聊向监狱的军官学做杜松子酒。《读卖新闻》社怀着浓厚的兴趣，整日默默无言地在囚室一角潜心阅读《夏日漱石全集》。庭院用镶上木板的栅栏围住，里面种了几棵喜马拉雅杉树，树萌下摆放着旧折叠板桌和凳子，可供打牌下棋用。有人则和衣躺在上面。梨本宫守正还摆出一副落落大方的皇族气度，常以一种开玩笑的口吻对美军宪兵说：“你们要对我尊敬_些，我可不是一般的人物。我是作为皇族代表到这儿来的。”
荒木贞夫也表现出然的态度，好像不是来蹲监狱，而是来静养修道的。有马赖宁却总是一副垂头丧气的模样。井野硕哉就跟他打趣说：“听天由命吧，胜者王侯败者贼嘛，有什么想不开的。”
松本广正则自嘲地说：“这座监狱是我任法务大臣时建造的。早知有今日，我无论如何要把它建造得好一些，搞几个高级套房，以供我等享用。”
战犯们在紧张而又狡黠的气氛中等待着看清他们晦暗的命运。
远东国际军事法庭，就设在前日本陆军省，审判大厅就是前日本陆军省的大礼堂。
依据《远东国际军事法庭宪章》的规定，美国的j.b.季南被麦克阿瑟指派为检察长,同时兼任美国的陪席检察官,其他各国指派的陪席检察官分别是：中国的向哲浚先生、英国的a.s.科明斯;卡尔、苏联的s.a.高隆斯基(后由其助理检察官瓦西里耶夫接任)、澳大利亚的a.j.曼斯菲尔德、加拿大的.f.b.穆尔德尔、新西兰的..梅农和菲律宾的p.罗伯茨。
由于工作繁重，法官、检察官各一人不足以应付错综复杂的局面，于是罗致人才，物色谙习英文又对国际法有研究的人士辅助。毕业于东吴大学法学院的方福枢和裘劭恒，均干过多年的律师，经梅汝墩和向哲溶的推荐，两人分别担任了法官和检察官的秘书。赴日月薪为3oo美元，虽不菲薄，而当时他们从事律师职业的收入远不止此数，但他们的血脉中燃烧着民族的耻辱和仇恨，因而决然乐从。
由于日本侵华是审判的主要部分，事务繁杂，中国又特派倪征燠、鄂森、桂裕及吴学义为中国检察官的顾问。刘子健、杨寿林、高文彬等参加了秘书工作；中国翻译组有张培基、周锡庆、刘继盛等人。
按照宪章的规定，远东国际军事法庭由以下11名法官组成：苏联最高法院军事委员会委员少将法官扎里亚诺夫，美国前陆军军事检察长少将克拉麦尔，中华民国立法院外交委员会主席梅汝墩，英国最高法院法官派特立克，法国一级检察官贝尔纳尔，澳大利亚昆士兰州最高法院院长韦伯，荷兰乌德勒支市法院法官、乌德勒支大学教授洛林，印度某大学教授巴尔，加拿大最高法院法官马克都哥尔，新西兰最高法院法官诺尔斯克诺夫特，菲律宾最高法院法官扎兰尼拉。澳大利亚的韦伯为席法官。
检察官也是上述盟国各遣1人。中华民国上海高等法院席检察官向哲溶为11名陪席检察官之一。检察局设在明治生命大厦里。美国大律师约瑟夫;季南被麦克阿瑟任命为检察局局长，任命的这一天正好是日本偷袭珍珠港4周年日。
法庭的审讯工作基本套用美英模式，日常安排也无不仿效美英的惯例。法官与检察官表面上互不过从，住所也分在两处，法官均下榻在东京帝国大旅馆，检察官则分别住进其它几家宾馆。随员助手们均住东京第一旅馆，仅次于帝国大旅馆，系接待盟军校官以上人员的场所。
对于国际军事法庭的审判工作，中国国民政府并不重视，想当然的以为日本法西斯犯下的血腥暴行和弥天大罪是世人有目共睹的，只要法官和检察官的金日一开，大笔一落，就能使战犯受到公正的惩处，因此没有准备足够的人证和物证材料。更重要的是法庭采用的是中方代表所不熟悉的美英模式，而美国政府极力把持操作程序，根据自己的需要，任意提出种种有碍审判工作正常进行的规定，如对每个战犯除设有自聘的律师及辩护人外，都配置了一名美国律师，这些美国律师在辩护中或诡辩狡赖，或横生枝节，故意延宕审判时间，以便为那些没有直接危害