之后的剧情慢慢的变得邪门起来，主角他们遇上了联盟的人，着手调查起最近人口失踪以及精灵的事情，对象已经确定是幻影队，但是无奈不管他们怎么行动，对方好像都提前预知了似的一一化解。
而那个联盟自称是警察的人，这个时侯目光转向了一脸无辜的露妮，可是因为战人根本不相信，而露妮也没表现出什么马脚，虽然依然心怀疑惑，但是也只是暗暗的调查。
当主角一行终于找到了事件的重大线索，那是一只从未见过的精灵，这资料是那个警察找到的，他当中说出了是在一个已经废弃的研究院找到的资料，传说是只要掌控了这只精灵，那么就可以统治世界。
这个时候，露妮终于表现出了不对劲，在那个警察问出露妮是不是知道什么的时候，一脸阴沉的露妮突然掐住了警察的脖子，让人震惊的是，一个瘦弱的少女，竟然能够牵制住一个男子。
当露妮解释说自己太累了之后，幻影团的人突然出现夺走了资料，抢夺无果。之后大家将目标投射到幻影队，前去一探究竟，而就在这时，露妮说身体不舒服，不准备去了。
于是，只有战人，佳丽，以及警察前去幻影队。当他们到达的时候，镜头一转，一个穿着白大衣身影，缓缓的走向两个正在大门处看守的幻影团成员，在那两个炮灰大声的喝出快滚开的时候，那个穿着白大衣的背影只是一顿，然后镜头是纤细的手从衣兜里拿出针管，之后镜头调转。
当主角一行人来到基地内部之后，看见的只有满地的尸体（？），当再一次找到幻影团的首领时，奄奄一息的首领只是说了一句，废弃研究室，然后就倒下了帝君。
所有的剧情都开始变得复杂，回去之后，开始修养的主角突然发现电视上报道了一个城市突然发生大事故的模样，警察先生第一个发现不对劲，将新闻暂停，发现了一个从未见过的黑影，可以确定，这是一只从未见过的精灵，而那精灵的身影，与从废弃的研究所拿出来的资料极其相似。
最后，众人一直决定要去那个废弃的研究所。而这个时候，战人也发现了露妮的不对劲，在赶往研究所的路上，主角遇到了幻影团的余党，那是一个研究员，当他们将那个研究员抓起来的当天晚上，佳丽发现露妮的身影，前去一看，发现露妮要伤害那个研究院，当佳丽要质问露妮的时候，一个黑影袭击了露妮，伽罗最后看到的，是一双猩红色的眼睛。
之后，战人他们终于知道了露妮是一切的事件的主谋，越往下分析，越让人心惊的是，原来露妮才是幻影团真正的幕后人，最近发生的人口精灵丢失，以及上一次那座城市的凄惨下场，都是露妮做的。
不相信的战人决定亲自去废弃研究所找露妮问清楚，而这个时候，联盟的人也知道了事情，派了大量的训练家要捉捕露妮，于是一起上路。当他们来到离研究所不远的路上时，发现一脸苍白虚弱的坐在椅子上的露妮，战人前去质问，结果被一只艾路雷朵挡住了，他抱起虚弱的露妮向废弃研究所的方向赶去。
接着就是一阵追击，这是一个经典镜头，武士模样的精灵抱着纤细的人类少女不停的穿梭在树林间，当后面的精灵快要追上的时候，艾露雷朵将身着白裙的少女放在地上，最后看了一眼少女，然后义无反顾的迎上后面追击的敌人。
不过一只精灵是打不过几只精灵的，不过，回头看一眼自己的主人已经离开，终于可以放心的倒下，然后出现了一段记忆，是艾露雷朵的记忆，一个纤瘦的女孩被关在笼子里，惶恐的看着外面那个一脸恼怒的白大衣男人，而一只奇鲁莉安靠在女孩的身边，这个时侯电影展现出一个配音“我会救你。”
主角一行沉默的看了一会儿闭上眼睛的艾露雷朵，最后留下佳丽来照顾他，然后继续去追露妮。
当看到这一幕的时候，所有的观众开始沉默，甚至有的女性观众都哭了起来，这部电影实在是太不一样了，虽然同样是拯救世界的题材，但是没想到反派居然也会有无奈的一面。
接下来，剧情到了当主角来到废弃研究所的时候，终于，最终的boss出场了，抛弃了以往喜爱的白色连衣裙，一身白大衣带着无框眼镜的露妮优雅的坐在高高的椅子上（反派都爱这个）
多说无意，最后的战役开始。最终boss就是最终boss，一只哈克龙（别说这是亚神兽，没进化快龙之前，这玩意脆着呢==）一只美纳斯，却能抵挡住几位训练家的同时攻击，当露妮就要取胜的时候，忽然她的脸色一白，捂住心口痛苦的低下头，而就在这时，一声尖锐的尖叫响彻在室内，之后一阵大爆炸，将屋子里的人全部轰飞。
让人大跌眼镜的是，露妮的美纳斯使用神秘守护保护了众人，趁着这个功夫，训练家们赶紧跑了，烟雾过后，那只从开始就非常神秘的精灵终于出现在人们的眼前，那是，一个有着人形的精灵，她的头上长着弯曲的黑色双脚，脸有些像沙乃朵，但是却多了一道长长的伤疤，右手是一个巨大的爪子，看上去可以轻易的撕碎敌人，而左手的大小与正常人差不多，可是却有着金属样的指甲，身形有些像噩梦神，被黑色雾乒着，但是双脚是露出的，有些像山羊的蹄子，而身后则拖着一条长着倒刺的尾巴。
美纳斯警惕的挡在没有逃