之反目。利益如果无法合理分配，又不愿意用谈判来解决问题，终究是埋下了日后分裂的祸根。
1919年秋天，革命党党元老张继到了昆明，张继是支持李烈钧的，因此便在唐继尧面前放了一把火，张说：“由于李根源插手其间，驻粤滇军变成桂系和李根源个人的政治资本。”
这时唐继尧的滇军在四川和广东都有，在四川正和川军作战，而四川战场上的滇军兵力不够，驻川的滇军军长顾品珍对唐也不够忠实，唐怀疑顾品珍和李根源之间有勾结，因此联想到滇军一出滇后，就难为控制，不如把驻粤滇军调回云南。
今年2月3日桂系下手了，广东督军莫荣新命令李根源把滇军第三师师长郑开文和靖国
联军第六军参谋长杨晋对调。这个调动的目的，是要把滇系直接委派的师长调离军队，而派一个和唐继尧没有关系的人物来接收兵权。这显然是桂系想吞吃滇军的第一步。
莫荣新调换滇军师长，事先并没有征求唐继尧的同意，使唐大为光火，即于2月8日、
10日连下两道命令：解除李根源的靖国联军第六军军长一职，改派李为云南参加军政府建设会议的代表。同时声明，驻粤滇军由云南督军直接指挥，并就近秉承李参谋部长烈钧办理。这是很妙的事，云南督军支持一位江西姓李的，对抗广东督军支持一位云南姓李的。滇桂两系因为驻粤滇军的统率权而分家。
在北江的滇军。本来驻有两师，就是第三师和第四师。由于第四师方声涛部调往西江，改编为“援闽军”，所以在北江的滇军另成立一个新的第四师，由云南人朱培德为师长，保持第四师原有的编制和番号。滇军将领因为历史关系，多愿意服从江西籍的李烈钧，而反对云南籍的李根源。
当2月11日，杨晋接任第三师师长时，滇军将领秘密协议，为了反对桂系吞吃滇军，所以密谋扣留李根源，公开反对桂系。只因朱培德是李根源的学生，所以故意松了一手，让这位老师未被扣留而脱险逃回广州。
2月13日，滇军师长朱培德、旅长杨益谦、鲁子材等通电反对莫荣新更调第三师长的命令。同时第三师原来的师长郑开文及所属旅长盛荣超、鲁子材，第四师师长朱培德及所属旅长张怀信、杨益谦等联名通电，表示“愿意遵照唐督军命令办理。”
李根源回广州前，通电辞去靖国联军第六军军长，督办粤赣湘边防军务等职务。滇军抗拒桂系命令后，使到广州的军政府内部极为震动，因为滇军不仅作战力强，同时也象征云南支持军政府，如今公开反目，对军政府来说，是很严重的事。尤其是桂系认为这个钉子碰得太大了，严重地影响了他们在广东的统治地位。
2月14日，莫荣新下令慰留李根源，同时以新任第三师师长杨晋和第五旅旅长盛荣超，第七旅旅长张怀信，第廿旅旅长杨益谦的联名通电反对李根源解除职务，事实上这个电报是桂系强拉滇军将领列名以壮声势的，例如杨益谦就不是支持李根源的。
莫荣新认为支持李根源就是加强桂系的地位，现在李根源竟被滇军迫走，非用实际力量支持他不可，所以便调兵遣将。从2月14日到16日，桂系的军队源源北上，准备对滇军采取强力威胁姿态。
16日莫荣新发出通电：“所有滇军驻粤北江的两师部队，仍应由李督办根源节制指挥。”同时正式表示：“驻粤滇军军饷军械都是广东供给的，因此这支军队一向由本督军管辖节制，今后亦仍照旧。”
21日李根源通电复职。23日莫荣新竟以广东督军兼军政府陆军部长的双重身份，下
令撤销驻粤滇军第三第四两师番号，改编为边防陆军三个旅及三个独立团。这个做法简
直是和云南翻脸。
2月24日一肚子冤气的李烈钧，在军政府内找到了岑春煊，李质问岑：“桂系要吞吃驻粤滇军，军政府为什么要同意？莫荣新的命令明明无理，为什么要由军政府同意发布？”岑春煊支支吾吾以对，李烈钧为之十分不满，乃托词巡视北江防务，离开了广州，准备在北江集合滇军反抗改编。
同一天，李根源在桂系支持下也由广州回到韶关，劝告滇军接受改编。26日，唐继尧电请李烈钧责成滇军第三师官兵拘捕新任师长杨晋就地正法。
滇军分裂了，一部分留在韶关的，是服从李根源命令的，大部分由韶关向始兴集中，则是接受李烈钧号召，准备以武力抵抗桂系的改编命令。这一来，广州局势十分紧张，桂系宣布了戒严令，粤汉路火车停开。28日、29日桂军沈鸿英部在新街、太平市一线布置作战任务，广东地方派军人魏邦平、李福林等部也在桂系强大压力下出发布防。北江两李之争，使岑春煊为之寝寐难安，尤其是李烈钧的出走，使他觉得问题严重，因此他派刘德裕为代表，沿途追赶李烈钧，要刘德裕尽一切可能，劝李回广州。
26日李烈钧行抵花县平山镇，准备向源潭出发，当天追赶前来的刘德裕也到了花县，但两人没有连络得上。3月4日李烈钧通过重重难关行抵花县麻墟才接到军政府派专人调停的电报，李立刻表示愿意接受调停。
3月上旬起，滇军亲李烈钧派和亲李根源派在韶关、始兴之间曾小小开火。云南省议会、云南各团体以及云南全体军官都先后发出通电，声讨李根源，反对改编，且对莫