大约在公元前1。万年至公元前1。5万年期间，地球上发生了一次地壳的大变动，美洲的左邻右舍，即大西洋中的“大西洲”－亚特兰蒂斯大陆和太平洋中的“太平洲”－姆大陆，甚至传说的印度洋中的“南马杜赖”在同一时期沉入了海底，引发了世界性的大洪水。从压力平衡的角度来说，地球上相距遥远的两大板块下沉，必然导致中间的板块上升。美洲大陆原来可能只是刚刚露出水面的一系列岛屿，星罗棋布，就像今天太平洋上的波拉尼西亚的状态一样。和其它大洲相比，美洲的形状就像在太平洲和大西洲两大板块的缝隙中挤出来的一个长条，不断抬升，面积越来越大。
美国学者林恩。v。福斯特在《探索玛雅文明》一书中指出，在公元前1。25万年至公元前7000年，美洲开始有人居住，处于石器时期。(与东方四大文明古国不同的是，位于地中海沿岸的古希腊罗马的文明。古代希腊人和罗马人建筑城市的地点，往往选择山丘之上，如罗马城最先占据着帕拉廷山丘，在卡庇托林山丘上建筑宗教庇护下的避难所，并在以后的征战中，将被征服的居民迁入罗马，在阿芬丁山丘建立居住地。这样做的好处是显而易见的，城市居高临下，易守难攻，并能有效地防止被海潮或洪水淹没。如果将城市建于农村，则占据大量的耕地，从粮食供给的角度看，对于人多地少的岛屿显然是不合算的。而且，这种城市的防御薄弱，也容易被敌人攻破。不管出于什么原因，正在向文明过渡的玛雅人，当时所面临的环境正如古代的罗马人一样，南北狭长的岛链，就如同放大了的意大利半岛。在这种环境条件下，玛雅人的选择和罗马人如出一辙，即在山丘上修建城市，以节省平原上有限的耕地。他们创造了繁荣高超的文明，让人叹为观止。后来，随着大陆的迅速扩大，平原的面积亦急剧增加，文明的重心也转向低地。
到了公元830年，科班城浩大的工程突然停工，接着，帕伦克的金字塔神庙也停止了施工。到公元909年，玛雅人最后一个城堡，虽然石柱已经修建过半，也完全停止了。居住在四面八方的玛雅人，不约而同地离开了繁荣的城市和肥沃的耕地，向荒凉的深山老林迁移。这种背弃文明，回归蒙昧的做法，到底是什么原因呢？
海岛地区一般处在活跃的地质带上，容易发生地震和火山爆发。如意大利的维苏威火山，日本的富士山和关东大地震，地中海的桑托林火山等等。美洲大陆的不断上升也意味着地壳的反复振荡，地震、火山爆发、海啸等自然灾害频频出现，这对当时的任何民族来说都是异常恐怖的。林恩。v。福斯特对玛雅人的地理环境做了如下的描述：高地地区拥有极为复杂的地形。尤其是在危地马拉，高地地区处于海岸正中而且跨越了两个地质带。自太平洋向内陆出现的第一条高地地质带是一条极为活跃的火山链，它由恰帕斯向萨尔瓦多延伸并穿越中美洲南部。其附近的诸多裂谷是由两个地质构造板块冲压造成的。这种冲压已经造成多次火山爆发及地震，给该地区带来周期性的破坏，至今还在延续。自1542年西班牙人入侵以来，富埃戈火山爆发过不下50次，而且在危地马拉的夜空下火山焰的闪耀是一种寻常的景象。萨尔瓦多的伊萨尔科火山几乎直到十余年前仍不断爆发。然而数量最大的高地资源之一－黑曜石也正是由火山运动而形成的。群山孕育了丰饶的谷地，其中一些十分辽阔，例如危地马拉峡谷，在那里现代的首都危地马拉城在古代卡米纳尔胡尤的废墟上无规则地延伸。这些谷地曾经是，并且现在仍然是高地地区人口最为稠密的地区。这些谷地分布于海拔750至2000米的区域内，气候宜人，四季如春；它们拥有肥沃的火山土壤，并有河流穿越其间，而且湖泊星罗棋布，例如危地马拉的阿马蒂兰特兰湖和阿蒂特兰湖，或形成于死火山口之上，或由坍塌的火山锥演化而来。由于在主要谷地附近分布着黑曜石，古代玛雅人获得了宝贵的贸易资源。玛雅人始终面临巨大的环境变迁，其中最好的例证就是250年左右伊罗潘戈火山的爆发。它破坏了许多玛雅地区南部的早期玛雅文化的中心，迫使萨尔瓦多的查尔丘阿帕城遭到废弃长达数世纪之久，并导致位于危地马拉太平洋大陆斜坡东南部的遗址出现断层。火山喷发产生的火山灰堆积在高地地区的河流中造成它们改道并泛滥于低地地区的诸中心。众所周知，类似的爆发在危地马拉高地和萨尔瓦多周期性的发生，在中美洲的其他地区，包括墨西哥中部也是如此。
大约在公元9－10世纪，美洲大陆发生了最后一轮地质大变动，大陆升降剧烈，引起了玛雅人的极大恐慌。祭司们认为上天动怒，降临劫难，洪水很可能发生。于是，人们就纷纷放弃了低地平原上的城市，向高原上迁移。
在古代玛雅社会，祭司作为知识阶层，掌握着数学、天文和历法以及建筑技术。他们被誉为人和神之间的桥梁，是玛雅世界的权威人士。据说，玛雅祭司在西班牙入侵者到来之前就预见到这一事件，并且从神谕中得知，这些远道而来的人将成为玛雅人的新王。面对频繁的不可思议的地壳变动，他们总是主张用大量的人祭来平息诸神的怨怒。人祭的次数之多，规模之大，超过了世界上其它任何一个民族。16世纪西班牙人曾在祭