南京的孙传庭知道这消息后，顿时大怒，在内阁会议上痛骂了一顿左良玉。不过他并没有惊慌失措，因为对这事早有布置。他马上以朝廷的名义起草了份讨伐檄文，并在通报曹越后，调留守长江一线的三个近卫师，沿江西进，准备讨伐左良玉。
卫戍南京的两个近卫师并没有动作，依然驻囤南京。
随后，大明朝廷向天下广发勤王诏令，要附近的镇军不得与左良玉苟合，并将左良玉所领的湖北军视作敌人。诏令中同时劝诫湖北军的将士，不要做出大逆不道的事，如果他们不追随左良玉叛乱，迷途知返，朝廷不会责他们的罪。但要是继续和左良玉一条道走到黑，那定严惩不怠。
曹越在收到消息后冷笑一声，马上就传令已经待命许久的红娘子部，依计划向湖北进军，准备消灭左良玉部，同时传令留守南京江北的几个近卫师，狠狠打击左良玉部，在最短的时间内平定叛乱，决不能让左良玉的叛乱祸及更多地方。
曹越同时传密信给南京的孙传庭，要他密切注意朝堂上众官员的动向，防止朝中官员暗中支持左良玉。他再令锦衣卫的常延龄、曹超等人，严密监视南京城内的一举一动，避免有人趁机作乱。他再给钱谦益、吕大器、方以智等人密令，要他们发动东林党、复社成员，群起声讨左良玉的叛乱。
虽然说以前的周皇后现在的周太后及小皇帝朱慈炯的身份南京官员基本没有怀疑，但左良玉打出了“清君侧”的旗号，说朱慈炯是假冒的，周太后是被曹越所迫，那就必须要做出应对，掌握天下言论，避免不明真相的军是被左良玉蛊惑，南京城内的言论必须要控制，东林党和复社的作用也要发挥出来。还有，周太后及那些有幸逃出北京的皇室成员。还有朱媺娖这些最能证明朱慈炯身份的人也要站出来表态。尽量孤立左良玉。
《大明近卫军报》也要用更多的版面报道这件事，将左良玉那些见不得人的事都报道出来，并隐指其得到建奴的支持才有胆量造反。
“大明王师与建奴正在聊城血战，逆贼左良玉竟然趁机作乱。与建奴苟合，甘愿与吴三桂、唐通等人同流合污，妄图将大明江山献与外虏，几万万大明军民定不会答应。所有有血性的大明军民，拿起你们手中的武器。以最大的决心、饱满的信心与一切反明反力做斗争!”近卫军报大大的红字檄文将军方的态度完全表明，许多人正是看到了军报的檄文，被里面的内容鼓动，加入大明近卫军的行列。
在曹越率军北伐后，大明近卫军的募兵工作一直在进行，规模还在不断扩大。短短一个半月之内，就募集了近十万新兵。这些新兵，都是精心挑选出来，只方面都不错的青壮年。他们也在第一、第十两个近卫师所派出一部将士的带领下，开始了新兵的训练。三个月的新兵训练后。他们将被编到新组建的近卫师或者前面那些近卫师中。
为了战争的需要，曹越的计划是募集三十到五十个近卫师，将大明的军力扩展到近百万人。百万人的军队是不可能一下子就扩编完成的，必须一部部来。最初十个近卫师的编制是第一批次的募兵成果，第十一到第二十近卫师的编制，曹越准备在北伐结束后组建完成。
北伐的过程中，募兵计划并没停止，这一方面是为了应付战争的需要，万一前方战事不利，或者损耗很多。那兵员可以源源不断地补充。另一方面，万一战争很快就暂停，那募集后开始训练的这么新兵，与其他老兵混编后。很快就可以成军，不至于延缓军制改革的步伐。
左良玉起兵反叛后，继续扩大募兵规模朝中肯定不会有人反对。
多尔衮也很快就收到了左良玉起兵作乱的消息。
鼓动左良玉造反的计划实现了，多尔衮也终于松了口气。
战争依然进展不顺利，这段时间多尔衮采取各种办法，对明军阵地发动攻击。但收效甚微。天也下雨过，但多尔衮失望地发现，大雨并没给明军造成很大的麻烦，明军的火枪和火炮依然能在大雨中使用，这让他非常不解。不过他也明白，明军肯定改进了火炮和火枪的制造工艺，在雨天时候能方便射击。明军的弹药好像消耗并不多，连续十几天的攻击下来，他们的火炮和火枪射击依然非常密集，这让多尔衮忧心忡忡。
大清军队已经付出了至少五万人的代价，虽然他们在攻击时候曾取得了一些战果，但战果都是非常小，据估计明军的损失最多不过几千人。这些战果并不是主阵地上收获的，而是多尔衮派出偏师，偷袭大明的运输车队而得。
运河上的战船，他们没有攻击得手，倒是通过陆路运输的车队被他们几次攻击得手，缴获和毁坏了明军的一些弹药和粮草。不过从总体数量上来看，明军的这些损失，基本可以忽略不计，几千石的粮草、几千斤的弹药，并不会对明军造成什么麻烦。
大清的精骑，想尽办法都没办法突破明军以火炮、火枪和火药组成的防线，多尔衮的自信心严重地下降。他不得不下令暂缓大规模的攻击，只派小股人马对明军袭扰，同时派出人马，向山东、北直隶、山东一带百姓征粮。这次征粮，也不再打着满汉友好的旗帜，而是公然抢掠了。这是没办法的办法，大清军队的口粮将要用尽，再不想办法筹集粮食，将士们都没东西充饥了。
局势让多尔衮非常头疼，他清楚，想取