随着刘备等人的到来，大汉帝国光熹二年的军事改革也逐渐开始了。
由于刚刚亲政，这次的改革刘辩只局限于军队上面，只是在军职及军队编制上引入了一些现代概念。
此时的汉代的军队编制主要分为部、曲、屯，按军职从小到大可分为：伍长、什长、佰长、牙门将、骑督、部曲督、别部司马、骑都尉、部校尉、中郎将、裨将军、偏将军、杂号将军、四征将军（征南、征北、征东、征西）、四镇（镇南、镇北、镇东、镇西）、前后左右将军、卫将军、骠骑将军、车骑将军、大将军。
而为了更好的控制军队，增强军队的组织纪律性，刘辩改革了现有的军队编制，将军队重新划分为了什、佰、营、军四个等级。其中十人为一什，设什长一人；百人为一佰，设佰长和副手督佰两人；千人为一营，设校尉和副校两人；万人为一军，设中郎将和副手军司马两人，每军之中都设有军师一职，作为军中参谋，人数大概在一到五人，并设军师令一人，统领军中参谋。
每军或每营的军职称号皆以军队称号命名，如蒋奇的军队称号为西园军，蒋奇的军职名称就为西园中郎将。
军队驻扎各地，负责管理地区中所有军队的最高长官则为将军，如管理司隶州军队的最高长官称为司隶将军。
另外，四征、四镇和各个杂号将军都变成了帝国打仗或维持地方稳定时的临时性委派的军职。
为了区分军衔和军职的大小，刘辩设计了一套新式的军服，仿照现代的服装设计，抛弃了原本那令人不便的宽大袍袖，采用紧身合体的窄袖窄裤的服装，并且全军统一皆穿皂色。
卢植、荀彧等人曾以东汉为火德为理由，建议军服为红色，但被刘辩以战场上太扎眼为由拒绝了。
不过最后刘辩还是在军旗上听取了卢植的意见，将军旗设计为黄色长方形，正中绣着一条手持盾剑的红色巨龙。红龙代表的东汉火德的皇帝。龙的下面是十三片祥云，代表着大汉帝国的十三个州。
同时刘辩还取消了太尉一职，将大将军、骠骑、车骑、卫将军及前后左右将军合并为大将军府（光熹政治改革后，又改称为了军机处。），并归大将军节制。
但大将军的权利此时已经弱了许多，不但失去而来录尚书事的权利，变成了单纯的军事长官，刘辩还规定大将军只是负责管理大将军府的其他将军，召开军事会议，制定军事方针，但任何的军事活动都要上报给皇帝决策。大将军府不但被切除了对政务的影响，对于军队的控制也要经过刘辩的同意，最终只是成为刘辩领导下帝国的决策机构。
同时，刘辩还在军事改革的诏书中特地设立了“军不问政，政不管军”的规定，并将此规定推广到了地方。将州牧、刺史等官职只作为地方的行政长官，而军事长官则由州将军担任。州牧和将军同级，互不统属，双方只在战时合作，将军指挥作战，州牧提供后勤保障。
这个规定虽然可以有效的削弱灵帝下放给州牧、刺史们的权利，但是现如今大汉帝国里那些已经尝到权利甜头的州牧、刺史根本不会轻易就范，纷纷以各种理由推脱搪塞，连刘辩认为比较老实的徐州牧陶谦也都上书刘辩称境内的黄巾余党未除，不宜推行刘辩的军事改革。而那个跑到益州做土皇帝的刘焉更是过分，派张鲁据守汉中，斩杀了传诏的使节，阻断了与朝廷的联系，认真的割地自守起来。
只有幽州的刘虞表现出了对朝廷政令的顺从，主动让出了手中的兵权，并表公孙瓒为幽州的兵马将军。并且为了让朝廷放心，还特地提出了愿意将儿子刘和留在京城作为质子。刘和现在在京城中充任侍中一职，袁隗等人也认为刘虞身为皇族，盘踞幽州多年，怕他生有异心，便劝刘辩扣留刘和在京城牵制刘虞。刘辩感动于刘虞的对大汉的一片赤诚，拒绝了刘虞的提议，不顾朝中袁隗等人的反对，拜刘和为幽州别驾，派他去幽州协助照顾年迈的刘虞。并且自己还亲自写了一封信让刘和捎给了刘虞，信中不但开头称呼刘虞为皇叔，还言辞恳切的赞扬了刘虞多年来为大汉镇守边陲，劳苦功高，乃擎国之柱。并且还命魏翊在新一期的《洛阳时报》的头版高度称赞了刘虞的高风亮节，公忠体国的精神，并称刘幽州此赤心为国之意，足令天下怀私心者汗颜。
据说刘虞在看到刘辩的信和刘和特地带去的《洛阳时报》后，感动的老泪枞横，拜伏于京城方向，连称老臣愿为陛下效死。
对于地方州牧、刺史的态度刘辩早有准备，现在的大汉帝国的实力充其量只相当于一方诸侯，影响力也只有司隶州这么大，捎带着周边的颍川、陈留等郡，各个实力渐增的地方军阀自然不会将朝廷放在眼中。
不过相对于地方的那些军阀，刘辩还是拥有一定的优势的。比如这些州牧郡守虽然对朝廷阳奉阴违，可没有人敢公开的反叛朝廷。也许他们可以互相攻击，吞并地盘，可在没有取得绝对优势前谁也不敢对朝廷使用武力。这不但给了刘辩可以安稳发展自己的机会，还可以用朝廷的大义来攻击别人扩大地盘。到时中央朝廷的实力和威信越来越强，地方势力自然不敢妄动，乖乖的俯首帖耳。
因为大部分地方势力的不合作，刘辩的军事改革只局限于司隶州、并州、幽州三个地方。对于并州的军事改革，刘辩本来想让丁