因全真七子死的匆忙，并未留下下任掌教的人选，固而诸弟子争斗甚烈。经过一段时间的争斗后，这些弟子大致分成了两派，一派以王处一的弟子赵志敬为首，另一派则以丘处机的弟子尹志平为首。别的弟子武功威望都不如他们两个。
赵志敬和尹志平两人武功相若，支持他们两人的弟子数量也基本相当。故而两方一直相持不下，谁也压不倒谁。
其时，蒙古人已破灭金国，入主中原。长江以北，已尽归蒙古人统治。而全真教是当时道门第一大教，尤其在北方影响甚大，无论是在达官贵人中，还是在贩夫走卒里，都信众甚多。
蒙古朝廷为了江山稳固，意图拉拢全真教，便分别派人找上了赵志敬和尹志平两人。
全真教自创教祖师王重阳以下，皆是反对异族入侵，心向故宋的。尹志平谦谦君子，继承师父遗志，断然拒绝了蒙古朝廷的拉拢。而赵志敬却是个惟利是图的小人，功利心甚重，略一犹豫，就接受了蒙古人的册封。
在蒙古人的帮助下，赵志敬终于压倒了尹志平，成为了全真教第三代掌教。而尹志平争不过赵志敬，又不愿跟他一起臣服于蒙古，便带领着一批同样不愿和赵志敬同流合污的师弟们离开了终南山，南迁至湖北武当山，另立了一个全真教。至此，全真教分为了南北两支。
其后蒙古攻宋，南北两支全真教分别襄助南宋与蒙古。郭靖镇守襄阳时，南支全真教出力甚多，和丐帮并称为保卫襄阳的两大支柱。
惜乎人力时有穷，国家运势终非一众江湖草莽所能逆转。郭靖等江湖豪杰虽然为保卫襄阳已是鞠躬尽瘁，奈何南宋朝廷上下皆整日里只谈风月，不思振作。终究还是让蒙古攻破襄阳，灭亡了南宋。
攻破南宋后，蒙古朝廷恼怒南支全真教常年在襄阳阻挡大军南下，便派兵上武当山围剿南支全真教。南支全真教寡不敌众，终被灭亡。
不过南支全真教虽然覆灭，但却有少量弟子幸存了下来。因彼时蒙古朝廷追捕甚紧，这些弟子不敢重新立教，便闲散隐居，整日里修道习武，不问世事。这其中不少人就隐居于武当山上。
当年武当派祖师张三丰在武当山隐居悟道时，和这些隐居的全真道人多有来往，并在武学道学上都深受他们的影响。否则，他一个出身禅宗祖庭少林寺的弟子，为何所创立的武当派却是道家门派？