刑部除了掌管刑罚之外，三娘设立了监察司，主要就是负责监察百官的规行。同时刑部被剥夺了颁布刑法的权利，刑部今后就只管查案、审案、断案，扈元朝所有的法令皆由中书令颁布。刑部多出的一个司部是警察司，刑部掌管的警察司负责管理各地设立的警察所，就是负责维持地方治安。
工部的职司除了之前的兴修水利、修桥铺路、营造屋宇、宫殿、城垣之外，三娘新设了火器司、船舶司、机械司三个司部。火器司就是负责制造、研发各种火器、火炮、火药的司部，该司部早在山东路时就存在，当时的山东路的工匠们都被集中到一起，专门修缮火器和配制火药，如今只是正式挂牌而已。船舶司也是在山东路时就有，负责管理船只、建造船只。同时船舶司还要该管内河航运往来的各种船舶，也算是江海事局的前身。机械司负责的事也不少，从矿产勘探到开采、冶炼，以及各种机械的制造等等。
六部官员和属员大都是由山东路出身的文官担任，他们在山东路实行的新政已经有了很好的经验，接下来只是推广全国的问题而已。而梁山出身的老兄弟中，只因很多都是武将出身，是以在六部担任官职的并不多，只有穆弘为兵部尚书，韩韬、彭玘、黄信、孙立等人在兵部任侍郎，铁面孔目裴宣为刑部尚书，蔡福、蔡庆在刑部任职，九尾龟陶宗旺在户部农林司任职，孟康在船舶司任职，汤隆在兵甲司任职，金大坚、萧让在礼部任职。
其余梁山老兄弟都是武将出身，三娘在全国设立了东西南北中五大军区，负责统领天下兵马，负责戍边和保卫地方。其余梁山武将及田虎、方腊麾下降将都在五大军区之内担任军职，此间就不一一赘述。总之三娘为跟随自己的一干老兄弟都安排好了，除了担任军职之外，三十六天罡正将都按战功封了侯爵或伯爵之位，其余将佐或封男爵、子爵，都有爵位封赏。
扈元朝将地方行政体系也做了改变，将宋朝的一路行政单位改为行省，比如山东路改为山东行省，三娘还是习惯用行省划分地方行政区域，而没有沿用宋朝的什么一路军州。行省之下便是府，府之下是州，州之下是县，县之下是乡，乡之下便是村。三娘在地方管治上一改前朝通病，那便是县以下便没有很好的管治，多是乡民自治。扈元朝在县之下还设了乡和村两级单位，乡长和村长一般也是由村民自己推选，不过朝廷加入了监察和政绩考核，同时也给朝廷俸禄，对县以下更小的地方行政也有效管治了起来。
同时三娘还设立了御史监察台，负责监察全国官吏，设立了宗正府管理宗室以及各级爵位的公侯们，设立宣政院管理天下教义，设立了宣慰司负责管理少数民族事务。而公孙胜、鲁智深、武松等出家人多被封了护国真人、国师等职位，便在宣政院内任职。
而一应女军们也在朝中设了官职，允许女子出任朝中官职，虽然朝廷允许女子出任官职，但真正在朝廷任职的也只是琼英、孙二娘、庞秋霞、顾大嫂等跟随三娘起家的女将，很少有女子真正通过科举考试做官的。直到后来三娘之子扈宗明继位后的第五年上，才正式有第一位元朝女子正正经经通过科举做官的，到扈宗明登基十年后才出现了第一位科举女状元，那都是二三十年之后的事了。