康有为认为“王莽以伪行篡汉国，刘歆以伪经篡孔学，二者同伪，二者同篡。”故撰《新学伪经考》一书。书中又称秦焚书并未厄及六经，汉朝六经博士所读儒家足本，并无残缺。而且孔子所用的字即秦汉时的篆书，根本伪经考》其实是再一次托古改制，一经出版即造成轰动。光绪二十年遭朝廷降旨以“惑世诬民”为由加以毁版。戊戌变法中再刻，戊戌变法失败又遭朝廷降旨毁版。庚子事变，满清朝廷再次降旨毁版。
西晋永嘉之乱，大量古籍流失，今古文《尚书》随之亡佚。东晋初年，豫章内史梅赜突然献上一部用“隶古定”字体书写、由孔安国作传的古文《尚书》，并序共五十九篇。由于经文完整和注解详明，该书受到朝野上下的重视，以《书》经的地位确立并流传开来。唐代儒学地位衰微，唐玄宗天宝，奉诏改古文《尚书》从今文，纠错多处。开成年间将改后的今文本刻在“唐石经”中，成为版刻本之祖。经学大家孔颖达据此撰写了《尚书正义》二十卷，南宋时期与“孔传”合刊为《尚书注疏》所谓“孔传”为注，《正义》为疏，明、清时期刻在《十三经注疏》中。通过隋唐间孔颖达整理国故，在中唐之后韩愈发起古文运动，再次复兴儒家，尊敬孟子为亚圣后的儒家各派祖师，对经文的纷争采取淡化的态度。儒学才重新因为韩愈的原道复古回光返照。可惜从唐代起，开始有人对梅赜所献古文《尚书》置疑，至宋代吴棫提出辨析后，经元代吴澄、明代梅鷟、清代阎若璩和惠栋等人的严密考证，最后判定其中二十五篇为“伪古文
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《尚书》”，“孔安国传”是“伪孔传”，该本属“伪孔本”。但伪孔本中所保存的今文《尚书》二十八篇，却是商周文献的唯一遗存，是极为珍贵的文献资料。
宋儒大兴，一前一后以王荆公新学、二程洛理学为魁首，不过横渠关学、梅花易理象数学、涑水司马虚天学、三教纵横的蜀学、也是割据一方，而从宋儒延续到明儒的理学与心学互不相容，为双方调和的南宋经世婺学与曾经三足鼎立的考据事功学已衰败。这些儒者拥有无比坚定的信念，他们的意志力绝非常人可比，由于意识到了自身的缺点，儒者对修身的意识也在逐步提高，可惜物极必反。“我注六经，六经注我”就是儒家利用六经篇章，哪怕是故意误读，都要得到自己想要的效果。以皇帝天人感应神祗的新学三不畏、跟墨家相似的关学气学、专修卜筮的象数学、注重历史的涑水、学习纵横传承的蜀学三苏都败在朱子理学的手中，以理杀人的程朱理学凭借极端的秩序成了最后的胜利者。南宋后来出现博览众家的杂家婺学、以经济为中心的考据事功学、都无法动摇理学的地位。
直到在土木堡之变后，意图以内阁相权架空皇权的儒家势力需要摆脱理学“君要臣死臣不得不死”的纲伦，阳明心学由此崛起。所谓明儒之学用以应事，清儒之学用以保身；言语中的浩然正气，面目中的无比仁爱，再借以强大皇权之力，使儒者倍受人们的尊敬，成为古代的微博大v，养成了东林这样的怪物。清学起而代谢，以实证为功夫，自有其内在的历史合理性。然而“学术本以救偏，而迹之所寄，偏亦由生”。与这种代谢