建军初期，全军由一名总统(即袁世凯)统率，有左右两翼(相当于旅)，每翼有一名翼长、一名统领和两名分统负责；翼下面为营，有统带官和帮统官各一名；营下面为队(相当于连)，由一名领官管理；队下面为哨(相当于排)，由一名哨官和两名哨长负责；最下面为棚(相当于班)，有正副头目各一名。(每棚十二人)
新军机关以总部为首，其下有参谋营务处、执法营务处、督操营务处、稽查营务处等。
清政府推行“新政”之后，新军改为常备军制，并因人数的增加，故以改编作镇、协、标、营、队、排、棚，各级军官改称统制﹑协统﹑标统﹑管带﹑队官﹑排长和正副目。每镇额设官兵一万二千五百一十二人，仍有步、马、炮、工程、辎重等兵种。军官大多由学习军事的留学生和国内各武备学堂的毕业生担任，士兵则采取招募制，选拔标准较以往严格，对年龄、体格和文化程度等都有明文规定。
”
“当初老皇帝不是以镇为安排吗，都说什么镇第几镇之类的……”
“确实是这么分 的。”童大磊赞许道，“当初大清总共十四镇，分别是近畿陆军第一镇（原京郊北宛，后调驻防察哈尔南部，辖步兵第一协，第二协，即步兵一至四标；炮兵第一标，骑兵第一标，工程第一队，辎重第一队。）
直隶陆军第二镇（驻防直隶保定，王占元，孙传芳曾在该镇任职。辖步兵第三协，第四协，即步兵五至八标；炮兵第二标，骑兵第二标，工程第二队，辎重第二队）
近畿陆军第三镇（驻防直隶秦皇岛，曾调东三省驻奉天，吉林等处，吴佩孚，曹锟，段祺瑞均曾在该镇任职。辖步兵第五协，第六协，即步兵九至十二标；炮兵第三标，骑兵第三标，工程第三队，辎重第三队）
直隶陆军第四镇（驻防天津马厂。辖步兵第七协，第八协，即步兵十三至十六标；炮兵第四标，骑兵第四标，工程第四队，辎重第四队）
近畿陆军第五镇（驻防山东济南，潍坊。辖步兵第九协，第十协，即步兵十七至二十标；炮兵第五标，骑兵第五标，工程第五队，辎重第五队）
近畿陆军第六镇（驻防京郊南苑。辖步兵第十一协，第十二协，即步兵二十一至二十四标；炮兵第六标，骑兵第六标，工程第六队，辎重第六队）以上即北洋系统的“北洋新军六镇”。以下为其他地区的新军：
河南暂编陆军第七镇（驻防河南。理论上辖步兵第十三协，第十四协，即暂步兵二十五至二十八标；炮兵第七标，骑兵第七标，工程第七队，辎重第七队）
湖北陆军第八镇（驻防武昌，辛亥革命首义之部队，南方新军中装备最好者，但仍不及北洋六镇。蒋翊武，蔡济民，黎元洪曾在该镇任职。辖步兵第十五协，第十六协，即步兵二十九至三十二标；炮兵第八标，骑兵第八标，工程第八队，辎重第八队）
江苏陆军第九镇（驻防江苏南京，赵声，柏文蔚曾在该部任职。理论上辖步兵第十七协，第十八协，即步兵三十三至三十六标；炮兵第九标，骑兵第九标，工程第九队，辎重第九队）
福建暂编陆军第十镇（驻防福建福州，宁德，许崇智曾在该镇任职。理论上辖步兵第十九协，第二十协，即步兵三十七至四十标；炮兵第十标，骑兵第十标，工程第十队，辎重第十队）
云南暂编陆军第十九镇（驻防云南昆明，蔡锷，唐继尧，朱德曾在该镇。理论上辖步兵第三十七协，第三十八协，即步兵六十九至七十二标；炮兵第十九标，骑兵第十九标，工程第十九队，辎重第十九队）
奉天暂编陆军第二十镇（驻防奉天盛京，冯玉祥，韩复渠，石敬亭，卢永祥曾在该镇任职。理论上辖步兵第三十九协，第四十协，即步兵七十三至七十六标；炮兵第二十标，骑兵第二十标，工程第二十队，辎重第二十队）
吉林暂编陆军第二十三镇（驻防吉林，巡防营旧军改编。理论上辖步兵第四十五协，第四十六协，即步兵八十五至八十八标；炮兵第二十三标，骑兵第二十三标，工程第二十三队，辎重第二十三队）
广东暂编陆军第二十五镇（该部沿革比较复杂，先建成广西暂编第二十五镇，同时建成广东暂编第二十六镇。后广东第二十六镇新军起义，被遣散。广西之二十五镇易驻广东，改称广东第二十五镇。因此，“防地”改变导致新军“防地＋番号”的番号体系造成混乱。 实际上，二十五镇，二十六镇为两支不同的部队，二十六镇建于广东，后因起义而遣散，二十五镇原驻广西，练成后立即紧急入粤，改为“广东部队”，广西另立一混成协。史料中有称广西新军二十五镇者，亦有称广东新军二十五镇者，也有称广东新军二十六镇者，也有称广东未练成新军（暂编未算成军）者，很多史料更称广西新