蔡锷发现北洋军新援之第八师一个旅已至合江，有沿赤水河抄袭护**侧后之势，乃下令全线停止进攻，“暂取攻势防御”。护**遂退守茶塘子至红花地一线，整顿部队，休养兵力。北洋军在占领双河场至纳溪城东一线阵地后，亦改取守势。
在这次作战，护**共毙伤敌九百余人，缴获大炮七门、机枪九挺、步枪九百余支、炮弹二百余发及子弹无数。经过一个多月的反复争夺，北洋军死伤惨重，其主力第七师“将校伤亡殆尽，士兵损失过半，已无再战之能力”。
在四川方面，陈宦也派人到大洲驿护**第一军司令部，要求停战议和。蔡锷鉴于护**经过一个多月的激烈战斗，兵员军需均待补充，遂同意停战。先议定停战一周，以后又派刘云峰与张敬尧谈判，双方继续休战。
泸纳之战是护国战争最为激烈的一战。在整个作战过程，护**以劣势兵力，在饷弹两缺，后方接济间断的情况下，始终保持旺盛的战斗意志，连续奋战，勇猛打击北洋军的精锐之师，虽未能按预定计划夺占泸州，却顶住了北洋军的攻势，牵制了北洋军的主力，有力地配合了其它方向的作战。第一军总司令蔡锷抱病亲临前线，废寝忘食，运筹决策，其舍身精神，大大鼓舞了全军将士的战斗热情。
贵州护军使刘显世在黔军团长王华等促逼下，赞成讨袁世凯，因黔省兵力薄弱，又毗连湖南，恐北洋军由湘入黔，难以抵御，故暂时隐忍不发。自戴戡率滇军徐进先遣纵队到达贵阳后，刘即亮出讨袁世凯旗帜，宣布独立。众推刘为都督。当时，贵州省仅有步兵六个团、炮兵一个营及巡防军数营，共约六千余人。贵州宣布独立后，刘显世等立即召开军事会议，商订黔军出师计划，决定编滇军炮队、机枪队及黔军第五、第六两团为护**第一军右翼军，以戴戡为总司令，率部攻打四川綦江，威胁重庆。另升任黔军第一团团长王华为贵州护**右翼东路司令，率黔军三个团和滇军徐进先遣纵队之步兵及部分湘军，进攻湘西。
黔军进攻綦江，是为了由此突破，进取川省门户重庆。北洋军以重庆为前进基地，对叙、泸方向采取攻势，对綦江方向采取守势。扼守綦江，主要为了防御从贵州攻川之黔军，保障重庆的翼侧安全。为此，北洋军以綦江为重心，右至江津、荣昌，左至南川、涪州，组成一道弧形防线，配置重兵防守。其兵力部署是：川军周骏师之第五十九团团长伍德明，以一营驻荣昌，两营驻江津；第六十团团长张鹏舞一部驻南川，一部驻涪州；北洋军第十三混成旅之第三团团长刘虎臣驻綦江。贵州独立后，北洋军又以北洋第三师之阎相团增援綦江，以北洋第六师之齐燮元旅由湘西增援南川。这样，北洋军在川黔交界地区的兵力达五六个团。黔省护**仅以两团多的兵力，企图实现由綦江进攻重庆的计划，显然是很困难的。
戴戡率队由贵阳出发，十天后抵松坎。他将黔军第五、六两团编成三个支队：熊其勋之第五团为左支队，进攻敌九盘子阵地，得手后向东溪、綦江方向发展；胡忠相指挥第六团一、二营为右支队，进攻青羊寺，尔后向南川发展；另以第六团第三营为一个支队，取道新洲袭击南川，策应主力行动。各支队同时于次日拂晓发起进攻。熊其勋率左支队次日拂晓前秘密接敌，六时对九盘子之敌发起进攻。九盘子为川南天险，两山壁立，仅通一线小路。黔军攀藤附葛，缘崖而，节节仰攻，至午后2时占领九盘子。黔军乘胜推进，三路皆捷，连克青羊寺、赶水、东溪等要地，并冲过分水岭、柑子桠等险隘，攻占马口垭，前锋进逼桥坝河，距綦江仅十余里。北洋军在桥坝河筑有坚固的防御工事，以重兵伏壕据守，封锁河谷平地。黔军左支队进攻受阻，退守两路口。
北洋军见黔军以主力进攻綦江，急欲改变不利态势，遂遣驻江津之伍德明团第一、二营，由江津向綦江西南之龙台寺、高庙一带进攻，拟从翼侧抄袭攻綦黔军之后路。时防守龙台寺的黔军仅一个连，以寡敌众，使两路口之黔军主力面临腹背受敌的威胁。戴戡急命驻青羊寺之胡忠相支队西进，在龙台寺东北之分水岭一带组织防御，以保障攻綦部队的侧后安全；另调已抵达东溪的滇军华封歌支队之部分兵力前出至高庙，增援龙台寺作战，以主力增援正面之熊其勋支队，拟合力攻下綦江，使袭击龙台寺之敌“不攻自退”。
无奈，战况并未如戴戡所预想的那样顺利。龙台寺方面的护**，由于北洋军攻势猛烈，无法守住阵地，被迫于退守东溪。在此情况下，护**不得不放弃攻綦计划，而以主力反击进据龙台寺、高庙之敌。经一日激战，终于夺回龙台寺，解除了侧后威胁。
段芝贵从看到第一条不利的消息开始觉着事情不妙，这几日一直在等京里的消息，他这次也学乖了，安排了得力人手在京城里专门 给他打探消息，尤其是南方战事的消息。现在得知了这些情况之后，段芝贵之前要到奉天“收拾张作霖”的想法基本已经打消了，现在要做的是看看南方战事是怎样的结果。如果战败了，那么自己干脆掉头回京城，因此才不下火车，害怕下去之后出了事来不及。南方战事败了，张作霖定然如同脱缰之马，没人能控制的住，自己再去奉天无异于找死。如果南方战事