清微派为符箓三宗分衍的支派之一。形成于南宋，流传于元至明初，清初间有传承。
清微道士为了将自己的道派托之古远，宣称传自元始天尊。陈采《清微仙谱》序云：‘其传始于元始，二之为玉晨（大道君）与老君，又再一传，衍而为真元、太华、关令、正一之四派。十传至昭凝祖元君（名舒），又复合于一。继是八传，至混隐真人南公（名毕道）。公学极天人，仕宋为显官，遇保一真人（陈少微）授以至道。遂役鬼神，致雷雨，动天使，陟仙曹。晚见雷渊黄先生（黄舜申），奇之，悉以其书传焉。‘该序作于元世祖至元三十年（1293），是目前所见到的清微派源流和历史最早的记载。所云元始天尊传衍为二，再衍为四派等语，事属教内传说。但所云：‘十传至昭凝祖元君，又复合于一‘云云，是否可信呢？赵道一《历世真仙体道通鉴续编》卷五《祖元君传》云：‘祖舒，又名遂道，字昉仲，唐广西零陵永川祈阳县人。……九月九日生。寿一百三十二岁。遍游名山，师事许真君（许逊）、郑真人（郑隐）、灵光圣母，……遇太玄夫人降于溪滨，又从而师之。乃授以元始大道。……由是会四派而一之。职位清微元上侍宸。复化身为清微察令昭化无君，又号通化一辉元君，统辖雷霆，变相不一。……功成冲举，居金阙昭凝宫，主清微洞照府。‘观此，即使唐代有祖舒其人，已被完全仙化，是清微派道徒所奉的一代祖师，似不可能是清微派的创始人。即清微派在后代尚未出现。该书又谓：从祖舒以后，八传而至‘混隐真人南公‘，据该书和《清微神烈秘法》《清微斋法》等所记，系指祖舒下传的休端、郭玉隆、傅央焴、姚庄、高奭、华英、朱洞元、李少微、南毕道等九代宗师（实为九传。诸书所记名字略有差异）。诸书对李少微以上八人的事迹所记极简，且未注明其活动的时代，故难据以判定清微派在当时已经成立。对南毕道的记载稍详，但仍多歧异而仿佛。《清微仙谱》云：南毕道，‘本复姓东南，名珪，丙辰十一月初三寅时生于眉山（今属四川－－引者注），幼擢儒科，登仕版。尝倅湖右。夜梦神人语以师至，达旦郊迎，果肖梦中之相，询其姓名，即保一真人（指李少微－－引者注）也。迎归待以师礼，数以难事试之，坚心如金石，遂悉付以隐奥。……后佐宋理宗，数谏不从，归隐不知所在，人以为仙去。‘《清微斋法》云：‘南毕道，字斗文，乃清微保元仙卿，眉州人，丙辰十一月初三日寅时降生眉山，性淡荣利，学通天人，仕宋累官至广西宪。
尝遇保一真人授至道，能役使神*。……隐青城山。‘《道法会元》卷二云：‘讳毕道，号西滨，眉州人。……十月初三日生。……李真人数试之，不怠，以四派玄奥授之。……后西滨仕至广西宪司，休官入青城山。‘略其岐异之文不论，南毕道盖生于宋理宗之前的丙辰年，即宁宗庆元二年（1196），至理宗即位之甲申（1224），已三十岁。他在理宗朝仕至广西宪司。曾受李少微传清微法，后隐青城山，不知所终。观南毕道一生，除传授弟子黄舜生外，别无二人，故尚未形成为一个道派。清微道派的形成，盖始于南毕道之弟子黄舜申时。黄舜申（1224～？），名应炎，字晦伯，舜申为其法名。福建建宁人。出身闽中世家，少通经史百家之学。年十六，侍父于广西幕府。某日染疾，遇官于广西的南毕道，以符疗之。病愈，授以清微雷法。宝皊（1253～1258）中，出任检阅。理宗召见，御书‘雷渊真人‘四字赐之。元世祖至元二十三年（1286）应诏赴阙，奏对明敏。未几，乞请还山，制授‘雷渊广福普化真人‘。黄舜申有弟子近百人，使清微道法大行于世。
可以说至黄舜申时，其教派组织始正式宣告成立。
黄舜申既是清微派的组成者，又是清微法理论的集大成者。陈采《清微仙谱》序云：黄舜申‘覃思著述，阐扬宗旨，而其书始大备。‘张宇初《道门十规》也称：‘清微自魏（华存）、祖（舒）二师而下，则有朱（洞元）、李（少微）、南（毕道）、黄（舜申）诸师，传衍犹盛。凡符章经道斋法雷法之文，率多黄师（舜申）所衍。‘《正统道藏》中所存的清微道法著作，如《清微元降大法》《清微神烈秘法》《清微斋法》《清微丹法》《清微玄枢奏告仪》等，盖皆出于黄舜申及其门人之手。
清微派亦以行雷法为事，其雷法理论，亦类于神霄派。仍主天人合一，内（炼）外（法）结合，而以内炼为基础。强调诚于中，方能感于天；修于内，方能发于外。《清微斋法》卷上云：‘盖行持以正心诚意为主。心不正，则不足以感物；
意不诚，则不足以通神。神运于此，物应于彼，故虽万里，可呼吸于咫尺之间。‘又：‘将吏只在身中，神明不离方寸。‘将吏、神明，皆指施行雷法时所劾召的鬼神。意谓能劾召鬼神，全在于心诚意正和深厚的内炼工夫。《道法会元》卷一《法序》也称：‘五行之妙用，寂然不动，感而遂通。夫天地以至虚中生神，至静中生气。人能虚其心则神见，静其念则气融。
……凡气之在彼，感之在我；应之在彼，行之在我。是以雷霆由我作，神明由我召，感召之机在此不在彼。‘故该宗著《清微丹法》，专言内丹修炼之道。其《发用章》引雷渊真