这种安排，显然是抬高了北宗，降低了南宗，但在当时元室已封王玄甫、钟离权、吕岩、刘海蟾、王嚞等为‘真君‘、‘帝君‘的条件下，这是最好的安排，故终被双方所接受，完成了二宗的合并。时间大约在元代中后期。
全真道除合并南宗以外，元代中后期又合并了真大道、楼观道和部分净明道，成为唯一的一个丹鼎大派，与符箓大派正一道平行发展。
自元成宗即位，解除了对全真道的禁令以后，苗道一、孙德彧、兰道元、孙履道、完颜德明等相继掌教。自苗道一起、每任掌教皆授封为真人、演教大宗师、知集贤院道教事。这是除玄教以外，其他道派掌教皆未获得过的褒封。他们在此褒封宠遇下，都相继由清静恬淡之士变为道士官僚。他们所居之地，早已不是王嚞为之设计的远离尘嚣的茅庵，而是置诸京城的雕梁画栋的豪华宫室。平时所为，除为皇室建斋祈福外，则是忙于与通显豪家相往还。陈垣先生称全真道上层的这种变化为‘末流之贵盛‘。上层贵盛了，教务随之却退步了。前期人才济济的景象不存在了，渐显出人才凋零的景象，前期那股朝气不见了，渐显出衰老的暮气来。
衰落时期
入明以后，全真道步入衰落时期。这有它本身活力大半丧失的原因，也有明王朝所施政策的原因。明太祖为《大明玄教立成斋醮仪》所作的御制序文中说：‘禅与全真务以修身养性，独为自己而已；教与正一专以超脱。特为孝子慈亲之设，益人伦，厚风俗，其功大矣哉！‘表现出只支持正一，不支持全真的意向。后来的实际作法确是如此。朱元璋及其继任者召见的大多是正一天师及其门徒，道录司各级道官也大都以他们充任，全真道士被召见和受委任者极少。全真道首领并不住在白云观，出现群龙无首的局面。
在上述情况下，全真道分裂为诸多小派进行独自的活动，其正宗为‘七真派‘。即宗邱处机的龙门派，宗刘处玄的随山派，宗潭处端的南无派，宗马钰的遇仙派，宗王处一的嵛山派，宗郝大通的华山派，宗孙不二的清静派。其中以龙门派势力最大，记载也较多，其余六派所知甚少。至清初，龙门派经王常月之中兴，龙门派更盛于其他各派。除此全真嫡系七派外，又有明初张三丰所传的支派，万历间陆西星所传内丹东派，清嘉、道间李西月所传内丹西派，盖皆属全真道之旁系。以上派系再经繁衍，在明清时期，又分化出更多的小派。据《诸真宗派总簿》所载，即有八十六派，（含全真、正一两系），每派均有取名排辈用字。派系分衍愈多，并不表明道教的强大，恰恰反映它的衰微。
（二）
全真道是金初在中国北方相继兴起的三个新道派之一。
它与原有的道教旧派有显著的不同。
三教合一的思想
六朝以后，三教合一论逐渐成为思想界的主要潮流，儒、释、道三家，不时有头面人物出来打此旗帜，以推行其学说。
王嚞在创立全真教时，也宣扬三教合一的思想作为创教的宗旨。他在山东文登等地所建立的五个会，皆冠以‘三教‘二字。传教时，又劝人诵读佛教《般若心经》、道教《道德经》《清静经》及儒家《孝经》。在他的言论、著作中，三教合一论更是俯拾皆是。如在《金关玉锁诀》中说：‘三教者，如鼎三足，……不离真道也。喻曰：似一根树生三枝也。‘在《示学道人》诗中说：‘心中端正莫生邪，三教搜来做一家。义理显时何有界？妙玄通后更无加。‘又有诗云：‘儒门释户道相通，三教从来一祖风。‘在《答战公问先释后道》中称：‘释道从来是一家，两般形貌理无差。‘他的这种思想亦为其弟子所接受，而加以广泛宣传。如马钰有诗劝僧道合同，勿相诽谤，其《赠李大乘兼呈净公长老》诗云：‘虽有儒生为益友，不成三教不团圆。‘《丹阳真人语录》称他‘在东牟道上行，僧道往来者，识与不识，必先致拜。‘其他弟子也如此。邱处机《磻溪集》卷一有诗云：‘儒释道源三教祖，由来千圣古今同。‘
刘处玄《仙乐集》卷三也称‘三教归一，弗论道释‘。
全真道的创建者在教义、教制、教规以及内丹修炼等方面都贯彻三教合一的思想。全真道的教义集中体现于‘全真‘二字。对此二字有过多种解释，或谓使‘真性‘保全，或谓使‘精气神‘三全，或谓个人内修的‘真功‘与济世利人的‘真行‘兼备而两全。后者是全真道创建者们十分强调的。
他们以‘忍辱含垢‘为‘真功‘的重要内容，但为什么要忍辱含垢？则引进了佛教的因果报应思想。尹志平的《北游语录》中称：‘凡人无故遭人欺罔困辱，甚或杀害，莫非还宿债也。‘郝大通弟子王志谨说：‘乃至大小喜怒、毁谤、打骂、是非，见面相嫌，皆是前因所结旧冤，现世要还。须当欢喜承受，不敢辩证。承当忍耐，便是还讫。但有争竞，便同抵债不还，积累更深，冤冤重结，永无了期。‘⒆他们以‘苦己利人‘为‘真行‘，所谓苦己，就是实行绝对的禁欲主义，把生活欲求降到最低限度，实行苦行生活。他们又以履行儒家的lún_lǐ纲常为修炼‘真功‘、‘真行‘的前提。这是对道教传统的积功累行