在热烈的掌声中，他继续宣布段祺瑞继任国民政府第2任总统一职。随后，进行了简短的总统继任仪式。仪式结束后，新任总统段祺瑞郑重宣布两项任命，其一，黎元洪继续担任副总统一职，任命葛云飞就任陆军总长一职，同时宣布为袁大总统举行隆重的国葬。”葛云飞其麾下强大的军事实力，如同一鸟入林，百鸟压音，即便有人此心存不满，也只能私下发泄。
袁世凯的葬礼办的风风光光，并根据袁世凯生前个人意愿，灵柩运回老河南老家下葬。一个暂新的新时代开始了，而且是在反侵略战争的凯歌声中开始。葛云飞回归国民政府，绝大多数人认为是国民政府的福音，但是少数人认为葛云飞有野心，无非是利用强大的武装力量，借以达到自己的目的。葛云飞对于这种论调置之不理，接下来他要马不停蹄整合国民政府的所有军队。
袁世凯葬礼后的次日，葛云飞以陆军总长的身份，召开了陆军总部会议。在座的将官主要是以北洋系为主，葛云飞面对众将官道：“诸位，我现在郑重宣布，国民政府陆军总部更名为国防部，主要职责是负责国家的安全、对外反侵略战争，对内安定大局。我在重申一边，国民政府所有的武装力量，归国家所有，任何人不能以任何名义拥有自己的军队。如果有人胆敢置若罔闻必除之。”
葛云飞面对众将官继续威严道：“正人先正己，我首先承诺，山东独立纵队将改编成为国民政府中央集团军。段总统授权，为了国家的安全和内部的稳定，组建中央集团军，南方集团军，西北集团军，东北边防军。现在我来任命国防部及各集团军主要将官的人选。任命蒋方震为陆军次长，任命王士珍为陆军总参谋长。组建国民政府空军部队，空军部队直接归国防部指挥，任命丁不凡为首任空军司令。”
“任命朱明为国防部直属炮兵司令官，拟组建第4炮兵师。任命郭秉晖为国防部装备部长，任命萨镇冰为海军司令官。济南兵工厂，济南炮厂、济南飞机制造厂，青岛飞机制造厂，武汉轻武器制造厂，上海兵工厂，一律并入国防部直接管辖。中央集团军组建三大兵团，外加一支骑兵军。任命蔡锷为中央集团军司令官，任命何智为集团军副司令官，王坤为集团军参谋长。”
“任命王解放为第一兵团司令官，文彪为第2兵团司令官。任命吴佩孚担任第3兵团司令官，任命徐树铮为中央集团军骑兵独立军军长，中央集团军总部设在京城。组建南方集团军，总部设在武汉。任命冯国璋为南方集团军司令官，任命卢永祥为南方集团军第1兵团司令官，任命郭绪栋为南方集团军第2兵团司令官。组建西北集团军，总部设在兰州。任命华雄为西北集团军司令官，任命陈树藩为西北集团军第1兵团司令官，任命张怀芝为西北集团军第2兵团司令官。”
葛云飞接道：“组建东北边防军，任命张作霖为东北边防军司令官，任命孟恩远为东北边防军副司令官，东北边防军拟定4个军编制。下面请陆军次长蒋方震，颁布各军、师、旅长任命······。”由于张作霖、孟恩远私自扩军，二人没敢来京城参加袁世凯的葬礼。