罗素和碇真嗣在角落里商量要如何才能继续隐藏身份，罗素发现律子已经怀疑他们了：“老弟，你得学着像凌波丽点，她哪里会有你这种畏缩的表情啊，你要冷静，什么都要冷静对待。还有不要老是脸红。”“而我能也得学得像你一点，说话不能大声，脚步不能太大，我比你辛苦多了。”
碇真嗣板起脸来，努力学三无的表情，勉强凑合。
罗素也学着碇真嗣的样子变得安静和抑郁起来，总之两人都在拿出演技。
所以律子虽然怀疑却也没有发现他们根本不是本人。
德国分部要运送二号机过来，改变碇源渡在总部一手遮天的现状。负责迎接的是升官的美里，美里想起之前打败使徒之后也没有什么表示，就带上两驾驶员，算是公费旅游了。
由美国第七太平洋舰队押运，在赤红的大海上，昔日无敌的舰队孤寂远航。
“你就是那个靠关系坐上初号机的官二代么？”罗素一下飞机就见到了一个趾高气扬的少女用鼻孔瞪着他。
官二代？哦，就是说碇真嗣，也就是说现在的自己了，罗素心说现在自己还是二代了？只是点头，没有回答。
但罗素这模仿碇真嗣的动作，却被明日香认为是看不起她的傲慢：“哼，我是明日香格兰雷，二号机的驾驶员。”
“多多关照，初号机驾驶员碇真嗣。”罗素这么介绍自己。
“我是零号机的驾驶员凌波丽。”碇真嗣已经习惯板着脸了，所以也被明日香认为是目中无人。
“等我到了日本，下一次任务我就会让你们看看什么叫做真正的技术。我的二号机和你们的试验用机可不一样，那是真正可以服役的。”一见面就全是火药味。
罗素不理她，直接跟上美里进船舱。
这位二号机的少女驾驶员似乎对同行的一个大叔很有好感，看到大叔和美里似乎认识就如被踩了尾巴的小猫一样激动，插入两人之间不让他们近距离接近。
美里没想到会在航母上遇到的是她大学的同学，也是她的前男友加持良治，一位不修边幅却英俊潇洒的坏男人。
是个有故事的男人。
此时美里的表情异常精彩，好像划开的颜料一般。
年轻的时候，美里和加持的感情很好，可是加持却突然不告而别去了德国，这次是他们许久之后的重逢。一见面，加持就提起美里睡觉的坏习惯，似乎他还是美里男友一样。这让美里很不爽，明明他们都分手了，这家伙倒像是个没事人一样。
其实美里到现在都不知道为什么加持会突然离开，明明他们本来那么要好。
因为加持身上有故事，他是追寻真相的男人。现在全世界除了极少数人知道第二次冲击是由于科学家作死唤醒亚当之外，民众们只是被告知第二次冲击是由陨石造成的。
但这种谎言骗不了加持，在大学时代他就一直在追寻真相，就是为了因第二次冲击而死的弟弟和小伙伴们一个交代。
在第二次冲击中死去了一半人口和大量生物，造成了前所未有的社会动荡。人类社会一时间缺乏物资，无数孩子突然就成为了孤儿。
加持和他弟弟还有一群好友也是突然失去了父母，而他们的运气没有加持那么好，都在巨大的动乱中惨死，从那个时候加持就决心找到第二次冲击的真相。
陨石是不可能的这么杀人的，在加持的调查之中他逐渐知道了在这个世界上，在各国政府背后隐藏着一个更大的阴影，那就是。
而的总部就在德国，为了能获得更多的真相，他放下了爱情走上了这条艰辛之路。
现在加持已经是的一个密探了，他的任务其实是监视人类补完计划的执行者碇源渡。不过加持对内部的权利斗争没有兴趣，他只希望知道真相，谁能告诉他更多情报他就帮助谁。
碇源渡能，所以这一次加持来日本同时也带来了给碇源渡的礼物，已经变为胚胎的亚当。显然这位总司令大人已经开始为最后一步准备了，给自己买了的门票。
加持知道只要完成这一次任务，从碇源渡身上拿回的拼图应该就能让自己掌握真相的全貌了。
“加持，我们去甲板看风景吧。”明日香却不想让加持一直和美里打情骂俏，拉着加持就去了甲板。
太渣了，连少女都欺骗。看他们的样子，美里就气不打一处来。
舰队虽然是在海上，可是其实这里原本是陆地，在红色死寂的海水下面其实是被淹没的城市。原本生命的摇篮现在却成为了死地。
红色的海水是生物心之壁分解后形成的，就是血肉的分解物质，十几年都没有任何的改变。根据科学家的计算，净化大海可能需要几百年甚至几千年，在这段时间里人类再也得不到大海的馈赠。
大海里没有鱼，人类会少掉很多食物。就如罗素一直说的一样，这个世界现在很糟糕。
不过没有生物，不代表没有使徒，一只巨大无比的使徒正在海水中游曳，虽然微弱但它感觉到了亚当的存在。
所以在红色海水的掩护下，它在快速接近舰队。
“鱼来了，走钓鱼去。”使徒找上门来了，肯特立刻带上伽娜塔去抓鱼。之前雷使徒是给罗素和碇真嗣一次合作的机会，新来的这只使徒就不用留了，直接给伽娜塔吃了。
声呐发现海底有巨大物体高速接近，舰队司令立刻命令护航舰船准备鱼雷。
那么巨大的阴影，