薛万里的话也让杨天成和王厚纯两人放下心来，几人商议已定之后立即去布置兵马开赴杭州城下，攻城兵团连同炮兵营等更是肆无忌惮的直接开到城下护城河边，开始忙碌布置准备攻城。
而此时城内的钱镠也面临着一个两难的选择。事实上在天策军渡江南下的时候钱镠就已经在考虑自己的后路，费尽心力打败自己昔日的老上司董昌之后迫不及待的准备进军福建，但是时间来不及了，天策军以迅雷不及掩耳之势就拿下了薛枚的镇海军，将金陵城控制在手中，这一下失去了长江天堑的钱镠只能北上迎战，却在苏州城外被击败。败退之后的钱镠其实损失不大，但是对于天策军的实力却有了新的认识，这也越发坚定了自己南下进入福建的决心，事实上甚至他都考虑过福建失守之后下一个落脚点在哪。
本来他的这个决定也得到了手下文武大臣的一直支持，自古以来福建和江浙等地基本上就是一体的，杭州人南下福建本来再寻常不过，但是架不住后来钱镠觉得自己白白将杭州这个乱世之中的繁华都市送给天策军不甘心，所以才想出了一个烧城的计划来。
不过钱镠的这个计划却遭到了来自刘隐以及顾全武等人的激烈反对。钱镠的武胜军几乎所有的中高层都是来自杭州附近的各州县，很多人还都是杭州人，如果火烧城池，受伤害最大的必然是杭州百姓，这样一来可能顷刻之间军心瓦解，造成不可估量的剧变。所以刘隐作为钱镠最为器重的谋士语重心长的分析其中的利害关系，希望打消钱镠的这个念头。
其实本来钱镠这个计划也只是因为不想看到自己治理多年的杭州被天策军拱手占领而产生的一个报复。在刘隐的劝说下最终还是打算放弃。奈何有的时候天不遂人愿。郭崇韬的海军舰队从运河南下在杭州城外一字排开的阵势让钱镠恍然间觉得自己安排的后路也不保险，尤其是对方那种钢铁怪兽漂浮在运河之上黑漆漆的炮口对准城墙的时候，钱镠心里的恨意再也压抑不住，果断再次捡起自己的计划，并且秘密派遣自己的亲兵八都兵负责安排烧城事宜。
可以说钱镠的这个办法还是很隐秘的，因为城外天策军大军压境，杭州城内所有的高级将领都忙着指挥军队抗击天策军的进攻，剩余人手也都被安排在城南负责掩护部分百姓以及后勤物资撤退，就连刘隐都没有察觉到钱镠的动作。不过一早关注钱镠动向的玄影卫却悄悄的在八都兵的周围安排起了秘密哨探。负责城内指挥的苏小虎更是将飞鹰旅全军和龙组的所有人手分成八个小队，悄悄跟随八都兵，准备在对方点火的时候击杀这些人。这样一来围绕着杭州城内八个主要据点天策军和武胜军双方都在抓紧时间布置，就等着城外开战。
天启二年六月中旬，薛万里指挥的攻城兵团在炮兵营的掩护下开始正式攻打杭州城，面对城外的护城河，除了海军的军舰抵近炮击之外，大队的运兵船开始组建最原始的舟桥，搭乘大量的爆破手越过护城河准备实施爆破。而城内武胜军的直接指挥将领王荣则争锋相对，从城楼上冒着隆隆的炮火指挥部队倾泻大量的河水阻拦爆破手的行动，并且为了迟滞天策军的攻击势头，派水军前出护城河和天策军打水战。在这种抵近攻击之下一度让天策的舟桥差点停止，部分运兵船甚至被火攻烧毁。
见此之下盛怒的郭崇韬放开手脚，将军舰全部散开利用自由动力的优势强行插入对方的水军舰船中央，以蛮力犁沉四艘大型战舰，随舰火炮更是频频命中对方的战舰，水战第一次交锋的结果就是天策军利用科技优势在水战经验和舰船数量都不如对方的情况下强行撕开对方的大阵，驱散了武胜军引以为傲的水军。
而且战役中期，岸上的天策军炮兵营也开始投射机械弩火箭掩护海军的行动，这种强横的箭矢对付木质帆船战舰的威力一点也不小，没有钢铁掩护的武胜军水军被这种呼啸而至的箭矢带走了无数的生命。战役达到下午，万般无奈的王荣只能让水军暂退，离开了战场。而驱逐了武胜军水军之后，海军再次将怒火发泄到杭州城的城防之上，来不及更换炮管的复兴号炮手甚至直接将河水倒在了已经发红的炮管之上，冷却之后再次填装炮弹参与炮击城楼。在水陆两军的合力之下，杭州城北城的城楼率先倒塌，临敌指挥的王荣被压在了废墟之下，生死不知。趁着城墙之上一片混乱之际，舟桥再次被接上，数不清的爆破手迅速越过护城河，抵达城门口的门洞之内，也不管对方是不是将城门用铜汁浇筑，直接就垒起了海量的爆破筒。这一次没有干扰之后的爆破组迅速点燃引线，爆炸声也随之响起，砖石垒成的城墙顷刻间被炸出了一道框十几丈的缺口，倾泻而下的砖石碎片甚至差点将爆破手都埋了进去。
“命令全军给我杀。”薛万里见此情景，指挥部队迅速越过舟桥，杀入城内。而此时的武胜军也在顾全武的指挥之下出城和天策军打起了巷战。
“命令全军撤退。”钱镠看着天策军杀进城内冷冷一笑，率队从南城撤出，往南而去。而城内那些得到命令的八都兵也随之点火，一时之间整个杭州城都笼罩在滚滚浓烟之中，八道冲天而起的黑色烟柱在黄昏时分刺眼无比。
“不。”此时仍然身处前线的顾全武见到城内的烟柱和腾空而起的火苗忍不住