尽管孙传庭率领的秦军在对抗李自成、张献忠、罗汝才等流寇中获得辉煌战果，可谓是各省官军最强，但崇祯皇帝觉得北直隶不安稳，下旨调孙传庭为保定总督。
主事围剿农民军的督臣杨嗣昌极力反对，但是在蓟辽总督洪承畴的建议下，秦军还是从陕西前线被调离，转进负责北直隶等地的防御。
至于洪承畴为什么向崇祯皇帝建议，有人说洪承畴私下与督臣杨嗣昌不合，所以才在朝堂上对着干，也有人说洪承畴是收了什么人的好处，众说纷纭......
孙传庭之后的陕西三边总督是兵部侍郎郑恭俭，郑恭俭到任的时候，陕西三边的流寇由于没了秦军的压制，如同蝗虫一般蜂拥再起，已经是横行无阻。
郑恭俭和孙传庭不同，他没有亲自统率的兵马，在三军也没有绝对的威权，各部总兵皆是阳奉阴违，对总督军令不闻不问，自扫门前雪而已。
新任的陕西三边总督郑恭俭由于没有听调的兵马，在各处的守备与调遣上兵力顿显不足，捉襟见肘，致使陕西三边的贼寇迅速做大。