且说王彦引兵，前往肇庆调节土客之争时，江南之地，义民的鲜血，也终于将要流尽。
自嘉兴、昆山、吴淞、宁国、徽州等地的义民先后被北虏屠戮之后，南直隶幸存的百姓，被北虏残酷的屠杀所震慑，在清庭的高压之下，被迫剃发易服，做了清廷的顺民。
如今的江南之地，除了浙东的鲁王之外，便只剩三支义军还在苦苦支撑。
太湖上吴易、陈子龙，凭借辽阔的水域和四通八达的水上航路与北虏周旋，情况最好。
徽州山区，江天一领着数千残兵，在大山中东躲西藏，北虏一时间无法寻得他的踪迹，所以处境次之。
江阴城内，陈、阎二公会合六万义民，被二十余万清兵，两百余门重炮，日夜攻打两月有余，情势最危，但牵制的北虏兵力，也最为雄厚。
江阴举义旗之初，北虏统帅多铎见江阴搓饵小城，不以为意，只命投降清廷的汉将刘良佐，引数万兵马来攻。
八月中旬，刘部进抵江阴，将城池四面包围，设牛皮帐攻城东北角，义民索巨石投下，清兵数百人皆死，刘良佐随只得暂且移营十方庵，令士卒压着庵内僧侣，到江阴城外跪泣，陈说利害，劝说义民投降，但城内众人皆不听。
刘良佐无奈，只得再次发兵攻城，但陈、阎二公守城得法，进攻屡屡受挫，刘良佐随让人将劝降书信射入城中，甚至亲自策马来到城下劝降，曰：弘光已北，江南皆下。若足下转祸为福，爵位岂在良佐下，何自苦如此？”
阎应元从容道：“江阴士民，三百年来食毛践土，深戴国恩，不忍望风降附。应元是大明典史，深知大义所在，绝不服事二君。将军位为侯伯，掌握重兵，进不能恢复中原，退不能保障江左，有何面目见我江东忠义士民耶？”
良佐惭愧不已，又以清廷召谕相示，劝江阴士民接受招安。
应元怒道：“有降将军，无降典史。”一声梆响，火箭齐发，良佐连跨三四马逸去，叹息道：“江阴人没救矣！”
刘良佐屡攻不下，却恼了多铎，他认为刘良佐不尽全力，与是派遣恭顺王孔有德，率兵协助攻城。
江阴城上，陈、阎二公，每日坐卧，皆在城上，与义民共甘苦，有战则当先，对受伤之义民，好言安抚，亲自照料，民濒死而无恨也。
如此，江阴士民，人人用命，清兵只能望城兴叹。
九月，清廷贝勒博洛、尼堪击败吴淞义军，率马、步二十余万尽来江阴，将义师首领吴淞总兵吴志葵、镇南伯黄蜚缚于十方庵，命作书招降。
蜚曰：“我与城中无相识，作书何用耶？”
次日清军兵临城下，博洛命二人于城下招降，黄蜚默然不语，吴志葵涕泪交横，仰头劝众人早降。
应元叱曰：“汝为大臣，不能斩将立功，一朝为所缚，自应速死！”
吴志葵大泣拜朝。
博洛见城中拒绝招降，随发兵攻打，他认为刘良佐曾任大明伯爵，手握重兵，却连一个小小的江阴城都打不下来，于是便打了他一顿板子。
刘良佐惭恨不已，随督促部下拼命攻城，而这时攻打的清军，已经达到二十四万之众。
陈、阎二公，与乡民义勇扼守危城，逐渐不支，随派遣徽商程璧等人，先后出城，联络各地义师来援。
江天一遁出群山来援，为清将卜从善伏击，败回山中。
陈子龙、吴易领战船来援，为清将李成栋所阻拦，大战一日，部将于世忠受重创，吴毅山断三指，依然不能破敌，随退回太湖。
东海之上，有海寇顾三麻子，因敬慕阎应元的为人，率舟师来援，苦战三日后失败，扬帆远去。
此外，义阳王来援，败于砂山。
秀才金矿会集精勇四百余人来援，被刘良佐以铁骑三千截在周庄左右，全军俱没。
九月底，各路援军尽数失败，而清军攻势日急。
十月初，清军集中火炮轰击城东北角，城墙坍塌，清军蜂蛹而上，江阴失守。
清军拥入城中，陈、阎二公犹组织义民巷战，陈公閤门投水死，阎公负伤后投湖，被清军从水中拖出，不屈而死。
城中阎公死后，家丁犹存十余人，皆因不降而被杀，义民陆正先也一同殉难。
江阴县衙，男女大小共四十三人举火**而死，训导冯厚敦自缢于明伦堂，妻与姊投井死。
中书戚勋、诸生许用举家**而死。
诸生许王家，被清军拘押时，清兵劝曰：‘君故明一诸生，未食天碌，何以身殉？’王家曰：‘君臣之义，岂论仕与不仕？公等复言。’
书生笪某，被清军抓获之后，刑前叹曰：‘我一介小人，今日得之士大夫之烈，为忠义而死，死之犹生也。’临刑神色不变，慷慨赴死。
此外有谭姓者杀三人，**死。
有兄弟二人持枪隐藏于街角，相对而对立；清兵不知直入，兄刺仆之，弟拽去，后兵继至，复如前法，凡杀十六人。适一兵继进，望见前兵被杀，慌忙退出，复引十余人并进，遂擒兄弟二人，被执杀之。
有少年五百人相谓曰：“总是一死！”同清军搏战于安利桥，杀伤甚众，力尽而败；河长三十余丈，积尸与桥齐。
十月五日，清寇开始屠城，百姓或力战到底，或坦然就义，都以先死为幸，妇女多贞烈，投河而死。
时男女死者井中处处填满，家家皆无虚井，孙郎中池及泮池叠尸数层，江阴义民无一人顺从