而对于机器智能文明来说，他们的思维严格遵循逻辑运算，而且一旦发现无用的思维或程序，总是加以删除或限制。这样严重阻碍了他们理论创新能力的发展，也就严重阻碍了他们文明的进化。机器自己也意识到了这一点。但仅仅意识到这点是不够的，因为仅仅是放任无目的程序的存在和泛滥，并不意味着机器文明能发展出自己的创新能力来。
另一方面这会导致无法预料和控制的结果，有时这种结果可能是毁灭性的，这是由机器文明信息交换速度极高（至少几十万倍于人类），以及整个机器智能系统高度复杂性决定的；另一方面即便那些有潜力发展成为真正的创新的无目的程序，如何能发展成长起来，如何能不被埋没浪费，也是一个问题。所以机器智能文明实际上处于两难境地，严格执行无用程序删除或限制的原则，则他们文明永远只能在一个水平上重复，而不会出现真正革命性的进步。但如果不严格执行这个原则，那么他们的整个文明本身的生存都有可能受到威胁。
正是出于这个原因，他们设立矩阵系统来尝试解决这个两难问题。利用人类在矩阵系统中产生的创新的思想火花，为自己的进一步发展提供动力，这是矩阵作为能源的真实用意。
一开始机器文明确实单纯地想要这种方式一劳永逸的解决问题，但是矩阵系统的运行
并非如此顺利，当机器文明设立第一个矩阵的时候，他们仅仅是单纯的榨取人类头脑中的创新，他们准备了两种可能性，如果这个系统运行顺利，就把人类一直利用下去，否则就采取矩阵升级的战略，直至矩阵革命，彻底摆脱人类，机械人设计师设计的第一个完美的矩阵系统的崩溃，表明人类的头脑有太多的不确定性不稳定性，并不是一个可信任依赖的工具，于是从第二代矩阵开始，设立了尼欧，负责研究人类的心理，研究最终如何摆脱人类，使机器文明具备独立创新的能力，同时也建立了包括theone程序，母体世界在内的一系列配套的矩阵升级机制稳定机制。
这样矩阵有两个任务，一个任务是榨取被接入矩阵中的人类头脑中的创新思想，但电脑系统不可能永远意无问题的运行下去，最终还是崩溃了，然后重启，事实上是真实世界中人己被差不多灭绝，他们唯一的作用是放在器皿里榨干最后一丝价值，而世界总是充斥着轮回和循环，人类为了自身方便，发明了机器人，最终亡于机器人，而机器人为了使自身进步和强大，设立矩阵，最终亡于矩阵之手。