再后来魏王相位被罢免，第一次夺嫡大战告一段落。从这件事中可以看出，一开始武则天借口谋反，诛杀岑长倩等反对势力，是有意扶植武承嗣的，岑长倩为武则天称帝立过大功，肯定知道他没有谋反之心，谋反罪只是借口罢了。
同时也可以看出，在李昭德这些人潜意识中，武则天只是暂行家长职权，过后还是要恢复李唐的，人心，这也是武则天立太子事上最直接最强大的阻力。
第二次夺嫡大战发生在长寿二年（693年）正月初一，万象神宫（明堂）祭天大典后。这件事万金油并未提到，但是很重要。
此次祭祀初献武则天，亚献魏王武承嗣，终献梁王武三思。这次祭天大典简直重磅炸弹，让皇嗣李旦胆战心惊！因为它释放了极其重大的政治信号！
因为四年前明堂落成时的祭天大典上，初献是太后身份的武则天，亚献是太子李旦，终献是李旦的儿子李成器。而自古以来亚献惯例都是皇太子！武则天此时的所思所想已经昭然若揭，这还是还位李唐的迹象吗？第二天正月初二，李旦正妃刘氏、德妃窦氏给武则天拜年，随后二人直接人间蒸发。
此前武则天的宠婢韦团儿勾引李旦，想要给自己加一些政治筹码，但此时李旦犹如惊弓之鸟，拒绝了她，韦团儿便先诬告刘氏和德妃行巫蛊之术诅咒武则天，当时武则天并没有任何表示。接着韦团儿又诬告李旦，这次反被揭发而处死。
李旦两位爱妃死不见尸，人间蒸发，但他仍然装作没有发生任何事情，并让家中不许任何人再提及此事，自己每日请安问好，若无其事。人的心中该掩藏多大的悲愤和屈辱才能做到这样啊！很明显，武则天在打压李旦，只要他一去问武则天，他便给了武则天一个清清楚楚的信号：你对我不满！偏就此时，武承嗣诬告李旦谋反，武则天竟然派千古大名鼎鼎的酷吏来俊臣去审问东宫属官，刑讯逼供李旦谋反的实情。
这一次李旦真是必死无疑！但东宫乐工安金藏以剖腹掏心的义举，想证明李旦清白，武则天得知此事，命全力救活安金藏。让来俊臣停止审理，李旦才得以幸免。我们想想当时武则天身边仅剩这一个儿子，如果想将来还位李唐，她会给将来的国君安上一个谋反的罪名吗？
她即便想在自己死后还位李唐，想在李氏与武氏的势力之间搞平衡，但形势还没到非杀李旦不可的程度吧？而武承嗣这边先是长寿二年率领五千人请愿，请求武则天加尊号为“金轮圣神皇帝”，长寿三年又率领两万多人再次请愿，请求武则天加尊号为“越古金轮圣神皇帝”，武承嗣投其所好，甚得武则天欢心。
圣历元年三月。一天武则天梦到一只折翅的鹦鹉飞不起来，就找国老狄仁杰解梦，足智多谋的狄仁杰借题发挥说“武者，陛下之姓，两翼，二子也。陛下起用二子，即可振翅高飞。”狄仁杰深得武则天倚重，同时年龄相仿，像个小老头和小老太太聊天那样，这些话武则天是很听得进去的。
此外，武氏子弟的昏庸无能，也是武则天心中很大的后顾之忧，武承嗣武三思，只知逢迎奉承，性格跋扈，得罪了不少人，而且政治能力低下，两人均出任过宰相一职，但最终都被武则天罢免，武则天是看到武氏子弟个个窝囊，再加上臣僚软硬劝谏，心中才渐渐确定了死后还政李唐的方针，而张易之张昌宗的枕边风就像临门一脚，让她最终定下立太子的决心。
也正是二张受人指使，向武则天提出不立李旦，而立李显为太子的。
从长寿二年（693年）的祭天大典到圣历元年（698年）九月重立庐陵王李显为太子，这两件事恰恰反映了武则天的心理变化过程。
久视元年（700年）十月，武则天下诏恢复李唐夏历，不再使用周历，这标志着她最终完全放弃大周王朝。长安元年，武则天大赦天下，重返长安，准备在长安交班。
但长安三年（703年）九月，二张兄弟气焰嚣张，诬告检校太子左庶子魏元忠和司礼卿高戬。由于证人张说临时倒张（张易之张昌宗），才不致牵连太子李显，但此案闹得君臣关系紧张，母子猜忌。武则天，大为不快，于十月下令重返洛阳！一时朝野云诡波谲，再次动荡不安。重回东都洛阳，这说明此案再次触动了武则天的心结，也再次印证了武则天心中仍然割舍不下她的武周王朝，接受不了武周一代而亡这种残酷的现实。
人心都是肉长的。再理性的头脑有时也要被情感左右。二张兄弟的倒行逆施，专权跋扈，是后来的神龙政变的直接原因。
关于大足元年，武则天“赐死”李显儿子女儿女婿一事，罗逸认为“赐死”的说法有待商榷。
此前一年久视元年（700年），武则天大宴李唐宗室和武氏子弟，缓和两家关系，这表明武则天已经开始处理身后事，做长远的政治安排了，气氛应当是和谐的。
大足元年为公元701年，李显儿子女儿女婿死亡。而在一个月后，武则天决定重返长安，太子李显随行护驾，相王李旦知左右羽林军事，改元长安（701年），大赦天下，准备将来在长安交班。可以看得出当时的政治气氛总体是很平和的，武则天已经准备将来向李显交班，试问他还有什么理由要杀死李显的孩子、自己的