宣政院的几次废罢：
1、元武宗在位期间（公元1308-1311年），对于藏传佛教十分尊崇，以致宣政院曾经宣旨：凡俗人指斥诟詈西番僧人者都处之以截手断舌的酷刑。当时武宗的太子，即其弟弟、后来的仁宗，就加以谏阻。至大四年（公元1311年）正月武宗去世，仁宗在已亲政还未即位时，二月下令旨禁止宣政院违制度僧。同月甲寅“罢江南行通政院、行宣政院”。过了半个月，二月丁卯“罢总统所及各处僧录、僧正、都纲司，凡僧人诉讼，悉归有司”（《元史·仁宗本纪》）。他即位后，四月丁卯重申罢诸僧司这一命令。此即“除宣政院、功德使司两个衙门外”，全国各处僧官衙门一律停废，其印信一律拘收销毁，凡涉及僧人违法和诉讼案件全由地方官审理。这是仁宗锐意改革庶务中的一项重大措施。其原因是仁宗早年曾居住在怀孟（治今河南沁阳），目睹僧官贪劣腐化的种种作为，他说：“在前我栲栳山（今山西永济东北栲栳镇）回来时，至潞州（治上党，今山西长治市）呵，平阳（路名，大德九年改晋宁，治今山西临汾）的僧录，腊月八日就潞州我的陆水寺里杀羊，唤歹妇女每吃酒；又和尚每告他则潞州里要了玖拾余锭钞来。”又认为“乾净的好和尚每，在寺里住着念经，与咱每祝寿也者；不乾净的歹和尚每要做僧官有。”（18）加以陪伴他出居怀孟、他的师傅李孟等汉人学者的反佛思想对他的这一决策也起了作用。李孟在仁宗嗣立之初，看到“释、老二教，设官统治，权抗有司，挠乱政事，僧道尤苦其挠，……（李）孟言……僧道士既为出世法，何用官府绳治！乃奏……罢僧道官，天下称快”。在取消了行宣政院及其下属诸路府州县僧官衙门后，经过七年，到仁宗延佑五年（公元1318年）九月丁亥“立行宣政院于杭州，设官八员”（《元史·仁宗纪》）复置的原因不明。但仁宗在位期间，铁木迭儿为相，总领宣政院事，“纳江南诸寺贿赂”；杨琏真伽之子暗普任宣政院要职，备受宠信；仁宗及其母都崇信佛教，所以仁宗初年虽欲更张庶务，并非如儒臣所期望那样，就江南佛教事务作一番彻底改革。此外，我们看到《元史》中记皇庆元年（公元1312年）四月壬午敕：“僧人田除宋之旧有并世祖所赐外，馀悉输租如制，”《通制条格》卷二九皇庆元年四月十七日中书省奏读的是同一件事，大意说：当时中书省据江浙行省报告，宣政院官奏免僧道等税粮得到皇帝皇太后准许。中书省认为这适与一直奉行的政策相违，“省官与宣政院官互相闻奏不一”，请求前此这类圣旨懿旨应予拘收，嗣后颁旨，请依旧例。《元史》又记，皇庆二年（公元1313年）六月乙亥，“诏谕僧俗辨讼，有司及主僧同问，续置土田，如例输税。”《元典章》卷三三《和尚头目》说出颁下这道诏旨的原因，大意是以往革除了一切僧官衙门，如今帝师为首的僧人上奏反映政府叫和尚们交纳钱粮、叫寺院供应铺马、听任使臣歇宿，这样和尚们更加受罪，他们的学经和作法事更受到妨碍。从这两条史料看来，在征收税粮政策上，中书省与宣政院意见分歧，在地方官管理寺院事宜上，帝师替僧人们说话，而皇帝依违其间，谕旨更变无常。在这样的背景下，延佑五年之再立行宣政院是有其必然性的。
2、行宣政院复立后经过八年，泰定帝泰定三年（公元1326年）八月罢行宣政院及功德使司，原因和执行情况，史文不载。但《元史》又记文宗天历元年（公元1328年）十一月，从御史台臣言，罢行宣政院。此后两年内情况不明，至顺二年（公元1331年）二月戊申“立广教总管府，以掌僧尼之政，凡十六所：曰京畿山后道，曰河东山右道，曰辽东山北道，曰河南荆北道，曰两淮江北道，曰湖北湖南道，曰浙西江东道，曰浙东福建道、曰江西广东道、曰广西两海道，曰燕南诸路，曰山东诸路，曰陕西诸路，曰甘肃诸路，曰四川诸路，曰云南诸路。秩正三品。府设达鲁花赤、总管、同知府事、判官各一员，宣政院选流内官拟注以闻，总管则僧为之”（《元史·文宗本纪》）。原在杭州的行宣政院既然撤消，所辖事务归浙西江东道、浙东福建道二广教总管府处理，其上则有宣政院总领全局。通例：达鲁花赤职掌印信，僧人总管则握判署之权，这是有意抬高僧人的地位，但总管府的级别比行宣政院降低了sān_jí，官员名额也减少了。
文宗之所以在全国地方上作出这样大的更改，还不易释明。在元朝诸帝中，他是接受汉文化最深的一个。当他即位前住在建康，就认识许多南方僧人，受到汉地佛教文化的薰染。虞集颂扬他说：“天历天子，久潜金陵，清燕之暇，洗心于佛乘。凡行道明教之士莫不知名。”他在建康即游览佛寺，修建寺塔，还曾沿江东去镇江金山龙游寺揽胜；即位后将在建康的住宅改建为大龙翔集庆寺并命祥僧大欣为第一任住持。这些都说明他对江南佛教僧侣素怀好感，设总管府一举也许出于他振兴汉地佛教的心愿。
3、广教总管府只存在了四年，元顺帝元统二年（公元1334年）正月甲寅“罢广教总管府，立行宣政院”。这是《元史·顺帝本纪》的记载，同书卷九二百官志，云：“行宣政院。元统二年正月，革罢广教总管府一十六处，置行宣政院于杭州。除院使二