《元史·顺帝本纪》记至正二十七年（公元1367年）五月“癸未，福建行宣政院以废寺钱粮由海运送京师”。这仍是原在杭州的行宣政院，因为前一年十一月明军攻下杭州路，这所机关随着元官员迁到福州，所以改称“福建行宣政院”。
总结行宣政院立废变化，大致如下：
a、1291（至元二十八年）--1311（至大四年）存在20年；
b、1311（至大四年）--1318（延佑五年）废罢7年；
c、1318（延佑五年）--1328（天历元年）存在10年；
d、1328（天历元年）--1334（元统二年）废罢6年，代替以广教总管府；
e、1334（元统二年）--1367（至元二十七年，元亡）存在33年。
如此，行宣政院共存在约63年，其所以废罢数次，与元廷收权中央、减少机构或许有关，另外，朝廷在委任俗官（从方面大员到亲民之官）以管理释教的全权抑或听任僧人自治，重用僧人参预政治这一矛盾间游移，也可能引导到机构的取消变更。顺帝之再设行宣政院则是再度把权力收归地方长官之手。行宣政院下属各级僧司（其中也有皂隶等俗人）受仁宗于至大四年那次废罢的打击，至此时迄未恢复元气，因为至正四年（公元1344年）诸山主僧向丞相兼宣政院使脱脱抱怨他们在郡县管理下很苦，如坐地狱，请恢复僧司，脱脱说：“若复僧司，何异地狱中复置地狱耶？”
附：
凉州会盟
公元1247年在中国西部凉州（今甘肃武威）西藏纳入中国版图完成祖国和平统一。公元13世纪初，蒙古汗国西凉王阔端在奉父王之命率蒙古大军挺进吐蕃雪山脚下时想起10多年前战争给吐蕃带来的灾难和被藏族姑娘卓玛所救的往事时，他毅然决定抗旨撤兵。为了祖国和平统一，阔端忍辱负重，放弃汗位，以汗国名义颁发诏书，亲派助手多达那布将军为金子使者和女儿萨日朗一起前去邀请西藏高僧萨班来凉州会谈。吐蕃高僧接受了邀请，并说服众僧族人，毅然率侄儿八思巴和那多吉等僧人赴凉州与阔端举行了举世瞩目的“凉州会盟”。从此使西藏纳入了中国版图，实现了蒙藏汉及多民族之间的世代团结和睦。
白塔寺
白塔寺是西藏宗教领袖萨迦班智达（萨班）与蒙元代表、西路军统帅阔端举行“凉州会盟”的地方，正是这个会盟，让吐蕃（现在的西藏）则会正式归入中国版图（那时候是在元朝忽必烈掌权时代）。因此，萨班也就成为西藏归入中国的重要推进者。除了这个历史事件之外，白塔寺其实还是萨班领导下的众多僧侣传播佛教思想的集中地儿，据说最辉煌的时候有3万多僧侣居住在白塔寺。